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- PDB-7r1w: E. coli BAM complex (BamABCDE) bound to dynobactin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r1w
タイトルE. coli BAM complex (BamABCDE) bound to dynobactin A
要素
  • (Outer membrane protein assembly factor ...) x 5
  • Dynobactin A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Beta-Barrel / outer membrane / protein insertion / protein folding / protein maturation / antibiotic / natural product / cyclized peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / protein insertion into membrane / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Outer membrane protein assembly factor BamD ...Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Uncharacterized protein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Photorhabdus australis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Hiller, S. / Maier, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation177084 スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Computational identification of a systemic antibiotic for gram-negative bacteria.
著者: Ryan D Miller / Akira Iinishi / Seyed Majed Modaresi / Byung-Kuk Yoo / Thomas D Curtis / Patrick J Lariviere / Libang Liang / Sangkeun Son / Samantha Nicolau / Rachel Bargabos / Madeleine ...著者: Ryan D Miller / Akira Iinishi / Seyed Majed Modaresi / Byung-Kuk Yoo / Thomas D Curtis / Patrick J Lariviere / Libang Liang / Sangkeun Son / Samantha Nicolau / Rachel Bargabos / Madeleine Morrissette / Michael F Gates / Norman Pitt / Roman P Jakob / Parthasarathi Rath / Timm Maier / Andrey G Malyutin / Jens T Kaiser / Samantha Niles / Blake Karavas / Meghan Ghiglieri / Sarah E J Bowman / Douglas C Rees / Sebastian Hiller / Kim Lewis /
要旨: Discovery of antibiotics acting against Gram-negative species is uniquely challenging due to their restrictive penetration barrier. BamA, which inserts proteins into the outer membrane, is an ...Discovery of antibiotics acting against Gram-negative species is uniquely challenging due to their restrictive penetration barrier. BamA, which inserts proteins into the outer membrane, is an attractive target due to its surface location. Darobactins produced by Photorhabdus, a nematode gut microbiome symbiont, target BamA. We reasoned that a computational search for genes only distantly related to the darobactin operon may lead to novel compounds. Following this clue, we identified dynobactin A, a novel peptide antibiotic from Photorhabdus australis containing two unlinked rings. Dynobactin is structurally unrelated to darobactins, but also targets BamA. Based on a BamA-dynobactin co-crystal structure and a BAM-complex-dynobactin cryo-EM structure, we show that dynobactin binds to the BamA lateral gate, uniquely protruding into its β-barrel lumen. Dynobactin showed efficacy in a mouse systemic Escherichia coli infection. This study demonstrates the utility of computational approaches to antibiotic discovery and suggests that dynobactin is a promising lead for drug development.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年9月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id ..._em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entry_details.compound_details / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.52025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: Outer membrane protein assembly factor BamB
C: Outer membrane protein assembly factor BamC
D: Outer membrane protein assembly factor BamD
E: Outer membrane protein assembly factor BamE
G: Dynobactin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,8456
ポリマ－212,8456
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13250 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area69690 Å2
手法PISA

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要素

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Outer membrane protein assembly factor ... , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85


分子量: 90457.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0A940
#2: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamB


分子量: 42961.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P77774
#3: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamC


分子量: 36875.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0A903
#4: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamD


分子量: 27858.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0AC02
#5: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量: 13382.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0A937

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 G

#6: タンパク質・ペプチド Dynobactin A


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1311.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Photorhabdus australis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1C0U7H2, BIRD: PRD_002404

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詳細

構成要素の詳細Dynobactin A is a decapeptide (1-WNSNVHSYRF-10) with 2 closed rings. One carbon-carbon bond formed ...Dynobactin A is a decapeptide (1-WNSNVHSYRF-10) with 2 closed rings. One carbon-carbon bond formed between the C6 of Trp (W1) and the beta-carbon of Asn (N4). Second an unusual nitrogen-carbon linkage formed between the imidazole N-Epsilon-2 of His (H6) and the beta-carbon of Tyr (Y8).
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1BAM complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2BAMCOMPLEX#1-#51RECOMBINANT
3Dynobactin ACOMPLEX#61RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
33Photorhabdus australis (バクテリア)286156
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008C41
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.05% (w/v) n-dodecyl Beta-D-maltopyranoside (DDM)
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 290 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4499

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8画像取得
8PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 154281
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68478 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00412094
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64216443
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.511694
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471786
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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