PDB-7r1k: Phosphorylated Bacillus pumilus Lipase A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1k

タイトル

Phosphorylated Bacillus pumilus Lipase A

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / lipase / esterase / intermediate / complex

機能・相同性

Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / DIETHYL PHOSPHONATE / OXALOACETATE ION / Lipase

機能・相同性情報

生物種

Bacillus pumilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lund, B.A.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structure and Mechanism of a Cold-Adapted Bacterial Lipase
著者: Lund, B.A. / Svalberg, L. / Purg, M. / Chukwu, G. / Widersten, M. / Isaksen, G.V. / Brandsdal, B.O. / Aqvist, J.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7r1k_validation.pdf.gz	673 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1k_full_validation.pdf.gz	673.8 KB	表示
XML形式データ	7r1k_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	7r1k_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7r25C 1ispS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipase

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.396, 42.843, 62.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.280, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- HOH

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 20483.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: L5 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico21(DE3) / 参照: UniProt: W8FKE7
#2: 化合物	ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION 分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃O₅
#3: 化合物	ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル分子量: 138.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁O₃P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 18-22 % PEG 4000 0.1-0.5 M lithium citrate 1:100 diluted paraoxon-ethyl mixed with enzyme Temp details: room temperature

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データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20.93 Å / Num. obs: 47178 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 12.89 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.05036 / Net I/σ(I): 9.42
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 1.492 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 4727 / CC_1/2: 0.399 / R_pim(I) all: 0.8465 / % possible all: 98.51

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc4_4425	精密化
APEX 2		データ収集
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1isp

1isp

解像度: 1.5→20.93 Å / SU ML: 0.1767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.4494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1652	2291	4.86 %
R_work	0.1408	44856	-
obs	0.1419	47147	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.4 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1358	0	17	99	1474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	1440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8729	1949
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0595	217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	258
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4366	522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.53	0.3154	137	0.3105	2746	X-RAY DIFFRACTION	98.26
1.53-1.57	0.2993	180	0.2739	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.57-1.61	0.2417	130	0.2493	2809	X-RAY DIFFRACTION	98.96
1.61-1.65	0.2659	173	0.234	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.65-1.7	0.2514	150	0.2111	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.7-1.75	0.2395	141	0.1928	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.75-1.82	0.1979	148	0.1748	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.82-1.89	0.172	124	0.1406	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.89-1.98	0.1722	154	0.1231	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.08	0.1564	159	0.1148	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.08-2.21	0.1594	149	0.1142	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.21-2.38	0.1173	146	0.1007	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.38-2.62	0.1703	108	0.117	2738	X-RAY DIFFRACTION	95.79
2.62-3	0.1104	130	0.116	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3-3.77	0.1261	161	0.1132	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.77-20.93	0.1362	101	0.1276	2691	X-RAY DIFFRACTION	93.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.70271174361	-3.97460086986	0.745916542626	8.49654899536	-3.2736757637	3.18238090676	0.0890967279646	0.0466816862177	-0.223274319923	-0.0113255903381	0.0359047710574	0.421154074068	-0.0219338461914	0.0543478567638	-0.0796949288856	0.0982120160252	-0.00431301836215	-0.0150172549864	0.112600045622	-0.00817586888406	0.0934253059367	-12.8770000883	-14.1505653849	9.73068771383
2	5.58535405352	-0.929341080706	1.33050135027	4.56082238727	-0.204312300169	3.60349365631	-0.0611176793493	0.128691984319	-0.256060906016	-0.0810006182966	0.0776036489789	0.227925314578	0.0181529761034	-0.113926847411	-0.0294293018365	0.0959595454958	-0.0175116443308	-0.0089515466428	0.111125046186	-0.0133861515713	0.0747996112833	-20.8634039317	-18.7046946987	6.41453236028
3	2.17635502379	-1.32328399929	-0.473949512378	1.21709214621	0.123326420766	0.170261888092	0.114672716867	0.589108086482	0.0695507297092	-0.156033418518	-0.053053392982	0.135369275218	0.16585903632	-0.0355625252692	-0.0645799289888	0.189895969234	0.00803889639297	-0.0161781119947	0.22542597402	0.0126247542412	0.116155164725	-18.9090597515	-11.2055452571	1.13322096688
4	4.71720591805	-2.30592209169	5.05971681021	2.84167994027	-2.62765075312	5.44086352951	-0.0025467119918	0.0769512106284	-0.0662928107959	0.100008659204	-0.0367953648532	-0.00367414593894	0.00786134671019	0.152789216801	0.0607513187522	0.122619414042	0.025441703397	0.0149767756596	0.143263193493	-0.00187284200716	0.132360026334	-2.76377475147	-20.358877648	12.0806302822
5	3.99918369451	-2.95093499194	3.50642611512	4.28668585721	-3.36949288193	6.95614918435	0.0188312254572	0.188757809034	0.0436854311298	-0.127758999072	-0.0882939289074	-0.19631103395	0.0763540774175	0.197114543864	0.0179558769415	0.0950422712731	0.000111578102295	0.00979470211389	0.118214405044	-0.00108963112681	0.116609859171	-3.15813922085	-9.79075338415	6.59310026503
6	1.93193609061	0.280863149372	0.0418413166906	2.37265691206	-0.833455522937	2.86752456346	-0.0123421623788	-0.0749144449212	0.0325792642596	0.031878906852	0.0453502801185	-0.142695202248	-0.107817347396	0.132683057699	-0.00924726451223	0.0961589466392	0.00708482605971	0.010373683692	0.0995347843435	-0.0129618985309	0.0845529397568	-8.48840192624	-8.23638251036	14.5714139794
7	2.22909431122	0.628838483821	-0.717294579207	1.01326271959	-0.344270951085	1.00571912082	0.0243023165212	-0.0851983624433	0.118789117251	0.0490479609607	0.0116994127012	-0.0738839328611	-0.0692356347684	0.0456480893726	-0.0549626262138	0.115833290373	-0.000781426626793	0.000280138590782	0.099516351815	-0.0194056532946	0.0930836805559	-10.3048791652	-6.86595969841	16.4780605453
8	4.17421690832	-0.394981454078	-0.648909007157	4.99714348705	-0.317275039768	2.69484659459	-0.0419613834579	-0.0984258293005	0.507317738187	0.0907160726024	0.077202216934	0.138750337778	-0.387819985522	0.0818730937712	-0.107293740128	0.148020365381	-0.0189393728298	-0.00284114888388	0.137912989036	-0.0353289895157	0.185029699368	-10.2040876221	1.24729913574	20.0830069869
9	1.06842777299	-0.183168790867	0.0673772345599	2.74014980393	-0.251490206587	1.46854197915	0.032012332312	-0.135564391583	-0.0859406252977	0.152022438173	-0.0299519338367	0.0962126030647	0.107221757382	-0.0571560575806	0.024778535423	0.135270059366	-0.00558275068477	0.0176138455669	0.134442568879	0.00166736228078	0.0955861042775	-18.6224299268	-14.8975439958	25.5994237823
10	2.24988572183	1.12263326628	0.208227255914	7.21016584956	0.355731640638	1.15227502448	0.0648191648929	-0.106604286246	0.0640876858931	0.17764890162	-0.106332226598	0.210907673883	0.0509503718332	-0.0707021241181	0.0121574753575	0.0963813580471	-0.00660677413802	-0.00196881905704	0.135521221074	-0.00436282815432	0.0956389619343	-25.0516137043	-14.7831521336	15.452663166
11	3.78621566306	2.18396095868	5.10096472855	3.69148620549	3.27475147623	8.21644435584	-0.104400056537	0.0208347883394	0.223965620948	-0.00325039703977	0.109412525355	0.0289325640611	-0.488871076053	0.128598508611	-0.11576776383	0.174746260717	0.000807336723126	0.0106445971298	0.135231025613	-0.0371188044283	0.158055273858	-17.8324380429	1.73232502569	21.6992671661

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 16 )	4 - 16	1 - 13
2	2	chain 'A' and (resid 17 through 30 )	17 - 30	14 - 27
3	3	chain 'A' and (resid 31 through 39 )	31 - 39	28 - 36
4	4	chain 'A' and (resid 40 through 48 )	40 - 48	37 - 45
5	5	chain 'A' and (resid 49 through 67 )	49 - 67	46 - 64
6	6	chain 'A' and (resid 68 through 90 )	68 - 90	65 - 87
7	7	chain 'A' and (resid 91 through 109 )	91 - 109	88 - 106
8	8	chain 'A' and (resid 110 through 124 )	110 - 124	107 - 121
9	9	chain 'A' and (resid 125 through 158 )	125 - 158	122 - 155
10	10	chain 'A' and (resid 159 through 174 )	159 - 174	156 - 171
11	11	chain 'A' and (resid 175 through 184 )	175 - 184	172 - 181

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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