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万見
- PDB-7r0r: Solution structure of the designed Armadillo repeat protein N(A4)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r0r
タイトルSolution structure of the designed Armadillo repeat protein N(A4)M4C(AII) refined by pseudocontact shifts
要素Designed Armadillo Repeat Protein N(A4)M4C(AII)
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / repeat protein / designed Armadillo repeat protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Cucuzza, S. / Zerbe, O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation122686 スイス
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Improved Repeat Protein Stability by Combined Consensus and Computational Protein Design.
著者: Michel, E. / Cucuzza, S. / Mittl, P.R.E. / Zerbe, O. / Pluckthun, A.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed Armadillo Repeat Protein N(A4)M4C(AII)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9071
ポリマ－61,9071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)3 / 400structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Designed Armadillo Repeat Protein N(A4)M4C(AII)


分子量: 61907.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
133isotropic12D 1H-15N HSQC
155isotropic12D 1H-15N HSQC
1126isotropic12D 1H-15N HSQC
1117isotropic12D 1H-15N HSQC
1810isotropic12D 1H-15N HSQC
1711isotropic12D 1H-15N HSQC
11313isotropic12D 1H-15N HSQC
1142isotropic13D 1H-15N NOESY
1156isotropic13D 1H-15N NOESY
11610isotropic13D 1H-15N NOESY
1171isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution120 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 300 uM [U-15N] A4M4C, 90% H2O/10% D2Owt-A4M4C15N_sample_wt90% H2O/10% D2O
solution220 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM [U-100% 15N] A4M4C, 90% H2O/10% D2O(C-Cap)S21C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the diamagnetic Lutetium ion15N_sample_mut1a90% H2O/10% D2O
solution320 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM [U-100% 15N] A4M4C, 90% H2O/10% D2O(C-Cap)S21C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the paramagnetic Tulium ion15N_sample_mut1b90% H2O/10% D2O
solution520 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM 15N-Leu A4M4C, 90% H2O/10% D2O(C-Cap)S21C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the paramagnetic Tulium ion15N_sample_mut1c90% H2O/10% D2O
solution620 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM [U-15N] A4M4C, 90% H2O/10% D2O(M2)Q18C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the diamagnetic Lutetium ion15N_sample_mut2a90% H2O/10% D2O
solution720 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM [U-15N] A4M4C, 90% H2O/10% D2O(M2)Q18C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the paramagnetic Tulium ion15N_sample_mut2b90% H2O/10% D2O
solution1020 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM [U-15N] A4M4C, 90% H2O/10% D2O(NA)E15C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the diamagnetic Lutetium ion15N_sample_mut3a90% H2O/10% D2O
solution1120 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM [U-15N] A4M4C, 90% H2O/10% D2O(NA)E15C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the paramagnetic Tulium ion15N_sample_mut3b90% H2O/10% D2O
solution1320 mM sodium phosphate, 2 mM TMSP, 150 uM 15N-Leu A4M4C, 90% H2O/10% D2O(NA)E15C mutant coupled to the metal chelator Tm-4R4S-DOTA-M8 loaded with the paramagnetic Tulium ion15N_sample_mut3c90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenone1
2 mMTMSPnone1
300 uMA4M4C[U-15N]1
20 mMsodium phosphatenone2
2 mMTMSPnone2
150 uMA4M4C[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphatenone3
2 mMTMSPnone3
150 uMA4M4C[U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphatenone5
2 mMTMSPnone5
150 uMA4M4C15N-Leu5
20 mMsodium phosphatenone6
2 mMTMSPnone6
150 uMA4M4C[U-15N]6
20 mMsodium phosphatenone7
2 mMTMSPnone7
150 uMA4M4C[U-15N]7
20 mMsodium phosphatenone10
2 mMTMSPnone10
150 uMA4M4C[U-15N]10
20 mMsodium phosphatenone11
2 mMTMSPnone11
150 uMA4M4C[U-15N]11
20 mMsodium phosphatenone13
2 mMTMSPnone13
150 uMA4M4C15N-Leu13
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: 15N_sample / pH: 7 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AV600 Neo / 製造業者: Bruker / モデル: AV600 Neo / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Peter Guntert精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: PCS were determined for 3 different attachment sites. During the refinement the tensor is updatexd in an iterative fashion as described by Cucuzza et al., JNMR 2020. Scaffold restraints are ...詳細: PCS were determined for 3 different attachment sites. During the refinement the tensor is updatexd in an iterative fashion as described by Cucuzza et al., JNMR 2020. Scaffold restraints are supplied by the regularization macro from CYANA. Three differnt starting sdtrucutres were refined, and for each, the strucutre with the lowest Q factor is submitted
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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