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- PDB-7qnp: Designed Armadillo repeat protein N(A4)M4C(AII) co-crystallized w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qnp | ||||||
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Title | Designed Armadillo repeat protein N(A4)M4C(AII) co-crystallized with hen egg white lysozyme | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE / armadillo / protein engineering / repeat protein / capping repeat | ||||||
Function / homology | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | synthetic construct (others)![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michel, E. / Mittl, P.R.E. / Plueckthun, A. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
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![]() | ![]() Title: Improved Repeat Protein Stability by Combined Consensus and Computational Protein Design. Authors: Michel, E. / Cucuzza, S. / Mittl, P.R.E. / Zerbe, O. / Pluckthun, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 156.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 458.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 462.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7r0rC ![]() 5aeiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25261.428 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() | ||||||
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#2: Protein | Mass: 14331.160 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-DIO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 35% (v/v) dioxane, pH undefined |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.586→42 Å / Num. obs: 53083 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 13.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 22.36 |
Reflection shell | Resolution: 1.586→1.65 Å / Redundancy: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 5191 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.384 / % possible all: 99.98 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5aei Resolution: 1.586→41.997 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.013 / SU ML: 0.067 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.885 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.586→41.997 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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