PDB-7r0p: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r0p

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT F254I COMPLEXED WITH FE, NAD+, AND ETHYLENE GLYCOL

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Shruthi, S. / Tiila, R.K. / Rikkert, W. / Mikael, W.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structures of lactaldehyde reductase, FucO, link enzyme activity to hydrogen bond networks and conformational dynamics.
著者: Zavarise, A. / Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r0p.cif.gz	310.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r0p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r0p_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r0p_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	7r0p_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	7r0p_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qnfC 7qniC 7qnjC 7r3dC 7r5tC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

BBB: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.980, 86.161, 147.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 3 - 386 / Label seq-ID: 3 - 386

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41531.320 Da / 分子数: 2 / 変異: F254I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.5, 15% w/v PEG 3350, 0.25M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→42.77 Å / Num. obs: 98360 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.12 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 10.77 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4837 / CC_1/2: 0.854 / R_pim(I) all: 0.309 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 1.6→42.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.534 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1771	4792	4.876 %
R_work	0.1561	93476	-
all	0.157	-	-
obs	-	98268	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.691 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.968 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.659 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5712	0	158	555	6425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	6057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.645	8243
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.578	13382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.368	5	790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.852	22.286	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.749	15	945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.73	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	5647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.09	1.639	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.087	1.638	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.629	2.458	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.629	2.459	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.87	1.895	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.87	1.896	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.876	2.73	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.876	2.731	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.291	21.063	6999
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.154	20.653	6867
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.067	0.05	12675

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06729	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06729	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.211	330	0.211	6856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.642-1.687	0.238	361	0.206	6631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.687-1.735	0.231	317	0.195	6500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.735-1.789	0.229	337	0.187	6282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.848	0.189	297	0.172	6127	X-RAY DIFFRACTION	100
1.848-1.912	0.188	299	0.165	5922	X-RAY DIFFRACTION	99.9839
1.912-1.985	0.185	308	0.158	5721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.985-2.066	0.181	274	0.155	5525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.066-2.157	0.174	244	0.151	5314	X-RAY DIFFRACTION	99.982
2.157-2.263	0.157	264	0.142	5033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.263-2.385	0.157	243	0.134	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.53	0.161	239	0.137	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.704	0.159	209	0.141	4285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.704-2.921	0.175	210	0.149	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.921-3.199	0.165	205	0.155	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.199-3.577	0.173	181	0.155	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
3.577-4.13	0.163	139	0.146	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-5.057	0.164	156	0.141	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
5.057-7.148	0.21	113	0.181	2018	X-RAY DIFFRACTION	100
7.148-42.77	0.16	66	0.151	1168	X-RAY DIFFRACTION	99.1961

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関連情報:EMDBヘッダ

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