PDB-7r0d: Structure of NUDT15 in complex with Geranyl monophosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r0d

タイトル

Structure of NUDT15 in complex with Geranyl monophosphate

要素

Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15

キーワード

HYDROLASE / NUDT15 / NUDIX / MTH2 / terpenes

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Scaletti, E.R. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Kinetic and structural characterization of NUDT15 and NUDT18 as catalysts of isoprene pyrophosphate hydrolysis.
著者: Scaletti, E.R. / Unterlass, J.E. / Almlof, I. / Koolmeister, T. / Vallin, K.S. / Kapsitidou, D. / Tsuber, V. / Helleday, T. / Stenmark, P. / Jemth, A.S.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r0d.cif.gz	83.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r0d.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r0d_validation.pdf.gz	837.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r0d_full_validation.pdf.gz	864.5 KB	表示
XML形式データ	7r0d_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	7r0d_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lpgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15

BBB: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15

ヘテロ分子

37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.642, 48.269, 135.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15 / 8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / ...8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 分子量: 18635.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-RDZ / Geranyl phosphate / [(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] dihydrogen phosphate / [(2~{E})-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] dihydrogen phosphate / りん酸3,7-ジメチル-2,6-オクタジエニル分子量: 234.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₉O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, 30 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.64 Å / Num. obs: 34417 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 1759 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LPG

5lpg

解像度: 1.7→45.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.407 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	1722	5.014 %
R_work	0.1841	32621	-
all	0.186	-	-
obs	-	34343	99.64 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.836 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.551 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.346 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.795 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2471	0	32	172	2675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.642	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.432	1.581	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.03	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.385	23.669	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.891	15	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.083	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.099	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.06	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.523	2.608	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.517	2.605	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.366	3.899	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.368	3.902	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.795	3.174	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.788	3.171	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.837	4.561	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.835	4.561	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.444	31.603	2865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.434	31.426	2838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.251	96	0.268	2327	X-RAY DIFFRACTION	96.7652
1.744-1.792	0.311	116	0.245	2334	X-RAY DIFFRACTION	99.6745
1.792-1.844	0.274	127	0.213	2234	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.901	0.232	106	0.2	2171	X-RAY DIFFRACTION	99.6935
1.901-1.963	0.238	97	0.21	2159	X-RAY DIFFRACTION	99.5587
1.963-2.032	0.263	119	0.2	2094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.108	0.241	106	0.207	1967	X-RAY DIFFRACTION	99.6156
2.108-2.194	0.278	111	0.192	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.292	0.25	97	0.192	1834	X-RAY DIFFRACTION	99.7417
2.292-2.403	0.23	94	0.177	1776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.403-2.533	0.195	86	0.182	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.687	0.28	90	0.198	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.8828
2.687-2.872	0.258	91	0.195	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-3.102	0.299	75	0.194	1413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.102-3.397	0.198	67	0.189	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.797	0.187	66	0.162	1181	X-RAY DIFFRACTION	99.8399
3.797-4.382	0.168	45	0.148	1079	X-RAY DIFFRACTION	100
4.382-5.361	0.164	67	0.151	899	X-RAY DIFFRACTION	100
5.361-7.557	0.272	43	0.178	719	X-RAY DIFFRACTION	100
7.557-45.5	0.233	23	0.184	438	X-RAY DIFFRACTION	99.7836

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)