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- PDB-7qzq: Crystal structure of the kelch domain of human KBTBD12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qzq
タイトルCrystal structure of the kelch domain of human KBTBD12
要素Kelch repeat and BTB domain-containing protein 12
キーワードLIGASE / E3 ligase / Kelch / BTB-Kelch
機能・相同性
機能・相同性情報


BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. ...BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch repeat and BTB domain-containing protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Manning, C.E. / Chen, Z. / Chen, X. / Bradshaw, W.J. / Bakshi, S. / Mckinley, G. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Bullock, A.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative875510 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the kelch domain of human KBTBD12
著者: Manning, C.E. / Chen, Z. / Chen, X. / Bakshi, S. / Mckinley, G. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Bullock, A.N.
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 12
B: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8114
ポリマ－81,7262
非ポリマー852
水8,035446
1
A: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9252
ポリマ－40,8631
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8862
ポリマ－40,8631
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.379, 55.078, 95.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kelch repeat and BTB domain-containing protein 12 / Kelch domain-containing protein 6


分子量: 40863.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KBTBD12, KLHDC6 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda multiple nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q3ZCT8
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 8% PEG4000 -- 0.1M acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→65.63 Å / Num. obs: 57704 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 32.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 3.1 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2827 / CC1/2: 0.268 / % possible all: 97.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.88 Å65.63 Å
Translation1.88 Å65.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSFeb 5, 2021 (BUILT 20210323)データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VPJ

2vpj


解像度: 1.88→45.08 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 2868 5.06 %
Rwork0.1947 53847 -
obs0.1971 56715 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.14 Å2 / Biso mean: 40.4986 Å2 / Biso min: 22.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5282 0 5 446 5733
Biso mean--41.3 43.94 -
残基数----685
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.88-1.920.37961150.38822085220077
1.92-1.950.39631100.35542545265591
1.95-1.990.38241280.33732667279598
1.99-2.030.34881500.30532727287799
2.03-2.070.34411350.289327352870100
2.07-2.120.34081350.273727102845100
2.12-2.170.30651500.247926902840100
2.17-2.230.29191490.243427142863100
2.23-2.30.29381330.214727162849100
2.3-2.370.26081600.208427202880100
2.37-2.460.29991460.212727232869100
2.46-2.560.27671380.205927542892100
2.56-2.670.2531400.199227262866100
2.67-2.810.22441380.184527512889100
2.81-2.990.26951500.190927432893100
2.99-3.220.24081210.187627772898100
3.22-3.550.22721390.175627492888100
3.55-4.060.21841780.165427392917100
4.06-5.110.18941780.142427462924100
5.11-45.080.19971750.179228303005100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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