PDB-7qz1: Formate dehydrogenase from Starkeya novella

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qz1

タイトル

Formate dehydrogenase from Starkeya novella

要素

Formate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / apo protein / formate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Starkeya novella DSM 506 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Pontillo, N. / Slotboom, D.J. / Guskov, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural insight into the chemical resistance and cofactor specificity of the formate dehydrogenase from Starkeya novella.
著者: Partipilo, M. / Whittaker, J.J. / Pontillo, N. / Coenradij, J. / Herrmann, A. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2022年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qz1.cif.gz	714.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qz1.ent.gz	491.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qz1_validation.pdf.gz	480.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qz1_full_validation.pdf.gz	491.9 KB	表示
XML形式データ	7qz1_validation.xml.gz	57.1 KB	表示
CIF形式データ	7qz1_validation.cif.gz	80.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/7qz1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nacS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formate dehydrogenase

B: Formate dehydrogenase

C: Formate dehydrogenase

D: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

188 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Formate dehydrogenase

C: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.255, 59.481, 122.673
Angle α, β, γ (deg.)	79.894, 85.405, 63.153
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase 分子量: 46474.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Starkeya novella DSM 506 (バクテリア) 株: ATCC 8093 / DSM 506 / JCM 20403 / CCM 1077 / IAM 12100 / NBRC 12443 / NCIMB 10456 遺伝子: Snov_3272 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: D7A8L2, formate dehydrogenase

#1: タンパク質

Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase

分子量: 46474.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Starkeya novella DSM 506 (バクテリア)
株: ATCC 8093 / DSM 506 / JCM 20403 / CCM 1077 / IAM 12100 / NBRC 12443 / NCIMB 10456
遺伝子: Snov_3272 / 発現宿主:

Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: D7A8L2, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 525分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5-20% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.8-7.2 / Temp details: 5.8-7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→52.87 Å / Num. obs: 79594 / % possible obs: 91.53 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.96 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.89
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 7804 / CC_1/2: 0.595

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NAC

2nac

解像度: 2.1→52.87 Å / SU ML: 0.2572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.4749
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	3958	5.03 %
R_work	0.1756	74661	-
obs	0.178	78619	91.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→52.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11622	0	117	501	12240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	12041
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8839	16364
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0525	1795
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	2116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.7281	1679

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.3561	154	0.3023	2686	X-RAY DIFFRACTION	90.79
2.13-2.15	0.37	125	0.2896	2636	X-RAY DIFFRACTION	91.21
2.15-2.18	0.307	150	0.2794	2596	X-RAY DIFFRACTION	90.96
2.18-2.21	0.2897	144	0.2571	2695	X-RAY DIFFRACTION	90.64
2.21-2.24	0.2824	147	0.2393	2580	X-RAY DIFFRACTION	91.11
2.24-2.28	0.2665	145	0.2361	2690	X-RAY DIFFRACTION	90.78
2.28-2.31	0.2952	172	0.2328	2591	X-RAY DIFFRACTION	90.15
2.31-2.35	0.2831	163	0.2196	2594	X-RAY DIFFRACTION	90.81
2.35-2.39	0.3107	154	0.2212	2662	X-RAY DIFFRACTION	90.58
2.39-2.43	0.2859	153	0.2141	2567	X-RAY DIFFRACTION	90.61
2.43-2.48	0.3122	132	0.2153	2730	X-RAY DIFFRACTION	91.18
2.48-2.53	0.2721	154	0.2117	2629	X-RAY DIFFRACTION	92.34
2.53-2.59	0.283	148	0.1983	2788	X-RAY DIFFRACTION	92.59
2.59-2.65	0.2474	131	0.1937	2619	X-RAY DIFFRACTION	93.13
2.65-2.71	0.2519	121	0.1892	2783	X-RAY DIFFRACTION	92.78
2.71-2.79	0.2501	104	0.1761	2702	X-RAY DIFFRACTION	92.94
2.79-2.87	0.228	129	0.1698	2740	X-RAY DIFFRACTION	92.85
2.87-2.96	0.2393	121	0.1765	2742	X-RAY DIFFRACTION	92.62
2.96-3.07	0.2306	127	0.1756	2653	X-RAY DIFFRACTION	91.9
3.07-3.19	0.2421	154	0.1675	2642	X-RAY DIFFRACTION	91.46
3.19-3.33	0.2292	164	0.1627	2646	X-RAY DIFFRACTION	91
3.33-3.51	0.197	121	0.1598	2667	X-RAY DIFFRACTION	90.52
3.51-3.73	0.206	119	0.1534	2639	X-RAY DIFFRACTION	89.98
3.73-4.02	0.2026	125	0.1536	2615	X-RAY DIFFRACTION	89.95
4.02-4.42	0.1768	151	0.1399	2626	X-RAY DIFFRACTION	89.73
4.42-5.06	0.1834	177	0.1422	2648	X-RAY DIFFRACTION	92.53
5.06-6.37	0.1998	142	0.1826	2776	X-RAY DIFFRACTION	95.48
6.37-52.87	0.1792	131	0.1547	2719	X-RAY DIFFRACTION	92.59

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.22734249461	0.412383178026	-0.672105747861	1.88756409668	0.060779145464	2.87754632269	-0.0233857478973	0.184906453018	0.0762809159944	-0.290318821858	0.104501646882	0.104658719219	-0.168834550264	-0.18240536459	-0.054533025766	0.245999909139	0.0587754052133	-0.0112434612016	0.209396883121	0.0234080145194	0.241060927629	-2.4558734626	11.6480495605	-11.3336190895
2	1.51538842048	0.296047103784	0.455148175186	1.58990124331	0.653077290775	2.80912718634	-0.0368493081872	-0.0943624047544	0.154648069743	0.0531249882036	0.033643916622	-0.176737852315	-0.323975936042	0.0304271373971	0.0267307916401	0.296659435044	0.0427007382019	-0.0254720175438	0.265903603019	0.024443260004	0.346361678905	1.41191941795	16.5673374468	2.44823173005
3	0.457696318744	0.233383069696	-0.385170391792	1.68754018936	0.190467547755	2.2885723647	-0.0226602718925	0.0214846464312	-0.109541964519	-0.148728567424	0.0203196228352	-0.00125423754711	0.159273400839	0.0638892937778	-0.00885814411463	0.222342541042	0.0195600420951	-0.0216651628839	0.223883084957	0.00106728481128	0.214294595228	1.60269115641	-14.222200445	-14.0252505826
4	5.85222362397	-2.91363697243	-3.37544514113	5.851427833	4.34670464984	9.89771464751	-0.39467423469	-0.15099732537	-0.188552235091	0.222386903546	0.263306249512	0.709340980523	0.453063641623	-0.37936617518	0.118012626449	0.302801670967	-0.0630120944097	0.0419905708102	0.313484766645	0.069213140948	0.425555407952	-14.7467817564	-16.1260170815	0.74535760226
5	3.05557285468	1.37118824035	0.615577091112	1.75262479584	0.114438649206	2.92088370206	-0.0373193528975	-0.422530242094	-0.0763098751543	0.357373167943	0.0363264635218	0.0947731901926	0.324157568444	0.0266844991817	0.052777297208	0.409298252766	0.0548007603773	-0.00217290156152	0.293294642549	0.0227233615998	0.331406851532	0.149974836242	-17.7163193523	4.08349259618
6	0.44322051825	-0.432596498616	-0.349977537625	2.81682871609	0.575366319107	1.45821483744	-0.0395564241527	-0.151846792312	0.118651067677	0.115975393433	0.0576626310014	-0.226576152055	0.0340069413067	0.0216632164833	-0.0123575597012	0.196949907423	0.0124179577393	-0.0221545815246	0.264308605636	-0.00803582840379	0.230159830709	3.08461421884	0.105662675702	-1.52766716672
7	1.27906662209	0.00943100860104	0.0879636420213	1.68640014931	-0.0649470579532	2.89463115349	-0.0635844025382	0.0803334920988	-0.22229721655	0.082885928951	0.0614858615531	-0.381695170099	0.0221537005211	0.745907849977	-0.0248379314229	0.233847117808	0.0414581613618	-0.00615341736926	0.494346143328	-0.054524454566	0.374752055563	37.1208537534	8.50351590483	28.8115491278
8	1.77583996183	0.48366114109	-1.47893319998	4.37140931488	1.49073251338	3.43081385476	0.0746314110299	0.713258733527	-0.229128150944	-0.556565397373	-0.0601887114647	-0.215383001463	0.128887756163	0.307332906063	-0.0336748360103	0.313947549373	0.0222973654492	0.0320988445627	0.559717240401	-0.0755416319383	0.341883149465	32.7180752535	3.65612239172	12.3281304835
9	1.09832663061	0.406818653105	1.35783702435	1.24778795387	0.494316091998	1.78025236552	0.144620203602	0.143924798293	-0.164105079087	-0.114015272709	-0.193618866138	0.247287268271	0.0963192438533	-0.121627107751	0.0484924848836	0.333312793962	0.0498939234038	-0.00145776410179	0.432325924034	-0.104941005043	0.403952947719	22.437866393	-0.766066159631	19.3812451081
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21	3.79812932547	0.205290750024	-0.0972711602768	3.85106425806	-1.37572604096	4.362279353	-0.00201804246772	-0.468341905133	-0.0591223078076	0.629493500255	-0.0491582966272	-0.466664745129	-0.0305839887093	0.735631290815	0.0341615518156	0.457342011716	0.0121639470082	-0.0921404367349	0.446175471257	-0.00536824726994	0.347249522555	1.1653094872	-54.852828822	-61.3946093347
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23	1.61631820748	-0.316864090632	-0.50480722543	1.75575733804	0.572905614055	2.52133916405	-0.153128702672	-0.574358127241	0.0729138888759	0.525125270095	-0.331679828419	0.484038077117	0.148909237904	-0.595347560181	0.480987388101	0.460703408875	-0.056826447847	0.0776186751827	0.521588108193	-0.101137395129	0.426156680359	-24.7703044492	-36.7193362571	-49.5522005294

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 38 )	A	A	2 - 38	1 - 37
2	2	chain 'A' and (resid 39 through 148 )	A	A	39 - 148	38 - 147
3	3	chain 'A' and (resid 149 through 215 )	A	A	149 - 215	148 - 214
4	4	chain 'A' and (resid 216 through 235 )	A	A	216 - 235	215 - 234
5	5	chain 'A' and (resid 236 through 283 )	A	A	236 - 283	235 - 282
6	6	chain 'A' and (resid 284 through 373 )	A	A	284 - 373	283 - 372
7	7	chain 'B' and (resid 2 through 61 )	B	D	2 - 61	1 - 60
8	8	chain 'B' and (resid 62 through 97 )	B	D	62 - 97	61 - 96
9	9	chain 'B' and (resid 98 through 148 )	B	D	98 - 148	97 - 147
10	10	chain 'B' and (resid 149 through 215 )	B	D	149 - 215	148 - 214
11	11	chain 'B' and (resid 216 through 234 )	B	D	216 - 234	215 - 233
12	12	chain 'B' and (resid 235 through 291 )	B	D	235 - 291	234 - 290
13	13	chain 'B' and (resid 292 through 358 )	B	D	292 - 358	291 - 357
14	14	chain 'B' and (resid 359 through 376 )	B	D	359 - 376	358 - 375
15	15	chain 'C' and (resid 2 through 148 )	C	F	2 - 148	1 - 147
16	16	chain 'C' and (resid 149 through 371 )	C	F	149 - 371	148 - 370
17	17	chain 'D' and (resid 2 through 38 )	D	I	2 - 38	1 - 37
18	18	chain 'D' and (resid 39 through 97 )	D	I	39 - 97	38 - 96
19	19	chain 'D' and (resid 98 through 148 )	D	I	98 - 148	97 - 147
20	20	chain 'D' and (resid 149 through 215 )	D	I	149 - 215	148 - 214
21	21	chain 'D' and (resid 216 through 255 )	D	I	216 - 255	215 - 254
22	22	chain 'D' and (resid 256 through 339 )	D	I	256 - 339	255 - 338
23	23	chain 'D' and (resid 340 through 372 )	D	I	340 - 372	339 - 371

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

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非ポリマー , 5種, 525分子

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実験情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)