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- PDB-7qyz: Crystal structure of a DyP-type peroxidase 6E10 variant from Pseu... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyz

タイトル

Crystal structure of a DyP-type peroxidase 6E10 variant from Pseudomonas putida

要素

Dyp-type peroxidase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DyP / heme / Pseudomonas putida / directed evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.452 Å

データ登録者

Borges, P.T. / Silva, D. / Martins, L.O. / Frazao, C.

資金援助

European Union,

英国, 2件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Unveiling molecular details behind improved activity at neutral to alkaline pH of an engineered DyP-type peroxidase.
著者: Borges, P.T. / Silva, D. / Silva, T.F.D. / Brissos, V. / Canellas, M. / Lucas, M.F. / Masgrau, L. / Melo, E.P. / Machuqueiro, M. / Frazao, C. / Martins, L.O.

履歴

登録	2022年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyz.cif.gz	128.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyz.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qyz_validation.pdf.gz	843.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qyz_full_validation.pdf.gz	847.9 KB	表示
XML形式データ	7qyz_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7qyz_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qyqC 7qzaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

A: Dyp-type peroxidase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.721, 108.721, 108.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	195
Space group name H-M	P23

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要素

#1: タンパク質	Dyp-type peroxidase family protein 分子量: 31379.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 遺伝子: PP_3248 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88HV5
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.075 M sodium bromide, 0.05 M sodium fluoride, 0.1 M HEPES pH 7.8, 22.5 % v/v PEG Smear Broad and 0.075 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→48.622 Å / Num. obs: 14987 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 65.78 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / Num. unique obs: 2546 / CC_1/2: 0.461 / R_pim(I) all: 0.319

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PpDyP WT

解像度: 2.452→48.622 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
詳細: THE REFINEMENT CONVERGED TO RWORK AND R-FREE OF 0.222 AND 0.255, RESPECTIVELY. THE FINAL MODEL WAS THEN REFINED VERSUS THE FULL DATA SET.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	14985	100 %
R_work	0.222	14985	-
obs	-	14985	93.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 203.8 Å² / B_iso mean: 80.786 Å² / B_iso min: 42.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.452→48.622 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2173	0	43	1	2217
B_iso mean	-	-	71.59	74.92	-
残基数	-	-	-	-	282

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.452-2.4799	0.381	546	0.381	546	100
2.4799-2.509	0.3721	517	0.3721	517	100
2.509-2.5396	0.3627	527	0.3627	527	100
2.5396-2.5718	0.3705	510	0.3705	510	100
2.5718-2.6056	0.3543	540	0.3543	540	100
2.6056-2.6413	0.3523	510	0.3523	510	100
2.6413-2.679	0.4203	385	0.4203	385	97
2.679-2.719	0.345	228	0.345	228	96
2.719-2.7615	0.3365	499	0.3365	499	99
2.7615-2.8068	0.308	549	0.308	549	100
2.8068-2.8552	0.3103	532	0.3103	532	100
2.8552-2.9071	0.2944	517	0.2944	517	100
2.9071-2.963	0.2977	539	0.2977	539	100
2.963-3.0235	0.3101	521	0.3101	521	100
3.0235-3.0892	0.3034	522	0.3034	522	100
3.0892-3.161	0.3019	530	0.3019	530	100
3.161-3.2401	0.2815	530	0.2815	530	100
3.2401-3.3277	0.2573	534	0.2573	534	100
3.3277-3.4256	0.2471	538	0.2471	538	100
3.4256-3.5361	0.2344	324	0.2344	324	62
3.5361-3.6624	0.2296	508	0.2296	508	98
3.6624-3.809	0.2055	374	0.2055	374	99
3.809-3.9823	0.2127	405	0.2127	405	75
3.9823-4.1922	0.187	549	0.187	549	100
4.1922-4.4546	0.1787	515	0.1787	515	100
4.4546-4.7983	0.1644	542	0.1644	542	99
4.7983-5.2807	0.1847	535	0.1847	535	97
5.2807-6.0436	0.2225	539	0.2225	539	99
6.0436-7.6095	0.1963	546	0.1963	546	99
7.6095-48.622	0.1595	574	0.1595	574	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1539	-0.1208	-0.1008	0.0872	0.1324	0.1825	-0.5729	0.2274	-0.441	-0.1254	0.3107	0.0881	0.1798	0.3858	0.0339	1.017	-0.2809	0.4084	0.4191	0.1104	0.7392	37.602	26.9684	-5.131
2	0.4737	-0.3988	-0.2928	0.3814	0.0619	0.392	-0.6133	0.0555	-0.1015	-0.5514	0.7527	-0.2605	-0.0052	0.3508	0.1051	0.7855	-0.3572	0.0434	0.6521	0.0782	0.3582	40.2693	45.1835	-15.3521
3	0.1157	0.1261	0.0339	0.0584	0.0284	0.0088	-0.4518	0.1521	-0.3854	-0.6938	0.5357	0.325	0.2031	-0.1773	0.0685	0.9156	-0.3135	0.0047	0.6544	0.1021	0.7121	36.0283	38.453	-15.3137
4	0.0147	0.0082	-0.0179	-0.0002	-0.0134	0.0097	-0.0055	0.0989	-0.1302	0.1313	-0.0337	0.1248	0.0485	-0.6113	-0.0065	0.9513	-0.3199	-0.0872	0.7548	0.2613	0.7656	22.1593	44.504	-16.1502
5	0.2366	0.0219	0.1348	0.5384	0.1384	0.5222	-0.4377	-0.0245	-0.2041	0.0607	0.5879	0.4595	0.0001	0.0432	0.2506	0.6521	-0.0947	0.0599	0.5538	0.2305	0.639	32.8131	46.1859	-1.773
6	0.1293	-0.0862	-0.0595	-0.0174	-0.0341	-0.0017	-0.3102	0.0432	0.071	-0.6316	0.5059	-0.105	0.1699	0.3793	0.0001	0.7547	-0.2649	0.2315	0.7157	-0.1157	0.4605	51.5529	37.7028	-10.9745
7	0.1663	-0.0155	-0.192	0.0797	0.0312	0.0775	-0.5904	0.1784	-0.2341	-0.1436	0.0534	-0.0977	-0.0872	0.5531	-0.0921	0.7789	-0.195	0.0964	0.6062	0.1157	0.5427	45.7924	42.2604	-6.8726
8	0.0035	-0.0091	-0.0088	0.0251	-0.0091	0.004	-0.3915	-0.4899	-0.0755	-0.0622	0.1017	0.2676	0.1228	0.2414	0.0001	0.6549	0.1848	0.2436	0.5803	0.221	0.648	43.9591	33.3408	13.3049
9	0.0271	-0.0256	-0.0188	0.0145	-0.0068	0.0282	-0.1379	0.0582	-0.1068	-0.0956	-0.1332	-0.2406	0.2329	0.0982	-0.0001	1.2707	-0.2523	0.2458	0.9063	0.2864	1.6895	31.6503	24.8533	5.9647
10	0.1492	0.0886	-0.0543	0.1938	-0.1586	0.1451	-0.0228	0.1683	0.0191	0.0456	-0.01	0.0621	0.0926	-0.1637	-0.0556	0.9177	-0.5974	0.1306	0.7303	0.5534	1.4552	24.5072	28.0256	-6.157
11	0.576	0.5471	0.475	1.0749	0.3919	1.3879	-0.6759	-0.2257	-0.1715	0.1133	0.3917	0.3738	-0.0927	0.4197	-0.4037	0.6982	0.2312	0.3098	0.7435	0.3142	0.5652	40.2835	39.6973	15.3888
12	0.5653	0.3234	-0.116	0.3892	-0.0918	-0.0283	-0.3888	0.9827	0.017	0.8371	0.5633	0.1706	-0.0337	-0.7884	-0.0216	0.4507	0.1813	0.4369	0.77	0.5396	0.794	28.3591	34.2817	18.771
13	0.0017	-0.0026	0.0121	0.0552	-0.0336	0.0321	0.0148	-0.0388	-0.0225	-0.0296	-0.0029	-0.1761	-0.1404	-0.1589	-0.1008	0.9006	-0.1509	0.5613	0.7387	0.6443	1.3465	22.1773	33.0988	6.6465
14	0.217	-0.0919	-0.1106	0.2504	-0.0961	0.0292	-0.4887	-0.8885	-0.2446	0.1444	0.366	-0.0394	0.0343	0.0002	0.0575	0.6379	0.047	0.3036	0.5327	0.4117	0.6284	41.1683	39.5674	3.1311
15	0.3373	-0.1307	0.4572	0.1687	0.0012	0.8062	-1.0161	-0.13	0.0346	0.2458	-0.3682	0.5678	0.329	-0.29	-0.2525	0.5365	0.0306	0.2761	0.7428	0.4755	0.9737	24.0264	40.6485	4.7832
16	0.1816	-0.0481	0.0149	1.7842	0.8158	1.8588	-0.27	-0.5964	0.1548	-0.0263	1.0059	0.4052	-0.4932	-0.2286	1.0156	0.7668	0.4497	0.3018	0.6848	0.5754	0.6847	31.3936	46.5813	15.0229
17	0.4755	-0.5758	-0.0118	0.6615	0.3559	0.3096	-0.3717	-0.067	-0.171	0.1302	0.4903	0.3676	0.5504	-0.4694	0.1422	0.7239	-0.4262	-0.0043	0.5223	0.3033	0.673	30.3383	37.4425	-13.5836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:13)	A	4 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 14:34)	A	14 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 35:56)	A	35 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 57:63)	A	57 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 64:89)	A	64 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 90:103)	A	90 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 104:123)	A	104 - 123
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 124:131)	A	124 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 132:142)	A	132 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 143:151)	A	143 - 151
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 152:185)	A	152 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 186:207)	A	186 - 207
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 208:212)	A	208 - 212
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 213:233)	A	213 - 233
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 234:245)	A	234 - 245
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 246:263)	A	246 - 263
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 264:285)	A	264 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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