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- PDB-7qyz: Crystal structure of a DyP-type peroxidase 6E10 variant from Pseu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qyz | |||||||||
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Title | Crystal structure of a DyP-type peroxidase 6E10 variant from Pseudomonas putida | |||||||||
![]() | Dyp-type peroxidase family protein | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DyP / heme / Pseudomonas putida / directed evolution | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Borges, P.T. / Silva, D. / Martins, L.O. / Frazao, C. | |||||||||
Funding support | European Union, ![]()
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![]() | ![]() Title: Unveiling molecular details behind improved activity at neutral to alkaline pH of an engineered DyP-type peroxidase. Authors: Borges, P.T. / Silva, D. / Silva, T.F.D. / Brissos, V. / Canellas, M. / Lucas, M.F. / Masgrau, L. / Melo, E.P. / Machuqueiro, M. / Frazao, C. / Martins, L.O. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 100.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 847.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qyqC ![]() 7qzaC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31379.344 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 Gene: PP_3248 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 0.075 M sodium bromide, 0.05 M sodium fluoride, 0.1 M HEPES pH 7.8, 22.5 % v/v PEG Smear Broad and 0.075 M sodium iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→48.622 Å / Num. obs: 14987 / % possible obs: 93.5 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 65.78 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 17 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.54 Å / Num. unique obs: 2546 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 0.319 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PpDyP WT Resolution: 2.452→48.622 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.02 / Stereochemistry target values: LS_WUNIT_K1 Details: THE REFINEMENT CONVERGED TO RWORK AND R-FREE OF 0.222 AND 0.255, RESPECTIVELY. THE FINAL MODEL WAS THEN REFINED VERSUS THE FULL DATA SET.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 203.8 Å2 / Biso mean: 80.786 Å2 / Biso min: 42.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.452→48.622 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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