PDB-7qys: Crystal structure of RimK from Pseudomonas syringae DC3000

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qys

タイトル

Crystal structure of RimK from Pseudomonas syringae DC3000

要素

Probable alpha-L-glutamate ligase

キーワード

LIGASE / ATP-grasp fold / glutamate ligase / ribosomal modification

機能・相同性

機能・相同性情報

acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / protein modification process / translation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Thompson, C.M.A. / Little, R.H. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Malone, J.G.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R018154/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBS/E/J/000PR9797	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBS/E/J/000PR9790	英国

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the mechanism of adaptive ribosomal modification by Pseudomonas RimK.
著者: Thompson, C.M.A. / Little, R.H. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Malone, J.G.

履歴

登録	2022年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qys.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qys.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qys	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qyrC 4iwxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (3) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Probable alpha-L-glutamate ligase

B: Probable alpha-L-glutamate ligase

C: Probable alpha-L-glutamate ligase

D: Probable alpha-L-glutamate ligase

E: Probable alpha-L-glutamate ligase

F: Probable alpha-L-glutamate ligase

G: Probable alpha-L-glutamate ligase

H: Probable alpha-L-glutamate ligase

I: Probable alpha-L-glutamate ligase

J: Probable alpha-L-glutamate ligase

K: Probable alpha-L-glutamate ligase

L: Probable alpha-L-glutamate ligase

M: Probable alpha-L-glutamate ligase

N: Probable alpha-L-glutamate ligase

O: Probable alpha-L-glutamate ligase

P: Probable alpha-L-glutamate ligase

ヘテロ分子

545 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Probable alpha-L-glutamate ligase

B: Probable alpha-L-glutamate ligase

C: Probable alpha-L-glutamate ligase

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ヘテロ分子

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2

E: Probable alpha-L-glutamate ligase

F: Probable alpha-L-glutamate ligase

G: Probable alpha-L-glutamate ligase

H: Probable alpha-L-glutamate ligase

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3

I: Probable alpha-L-glutamate ligase

J: Probable alpha-L-glutamate ligase

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4

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.905, 96.091, 156.992
Angle α, β, γ (deg.)	88.940, 84.370, 89.970
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	1	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
1	2	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	2	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
1	3	ASN	ASN	A	A	1 - 289	1 - 289
2	3	ASN	ASN	D	D	1 - 289	1 - 289
1	4	ASN	ASN	A	A	1 - 289	1 - 289
2	4	ASN	ASN	E	E	1 - 289	1 - 289
1	5	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	5	SER	SER	F	F	1 - 290	1 - 290
1	6	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	6	SER	SER	G	G	1 - 290	1 - 290
1	7	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	7	SER	SER	H	H	1 - 290	1 - 290
1	8	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	8	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
1	9	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	9	SER	SER	J	J	1 - 290	1 - 290
1	10	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	10	SER	SER	K	K	1 - 290	1 - 290
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1	12	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
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1	13	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	13	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	14	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	14	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	15	SER	SER	A	A	1 - 290	1 - 290
2	15	SER	SER	P	P	1 - 290	1 - 290
1	16	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	16	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
1	17	GLY	GLY	B	B	1 - 291	1 - 291
2	17	GLY	GLY	D	D	1 - 291	1 - 291
1	18	PRO	PRO	B	B	1 - 292	1 - 292
2	18	PRO	PRO	E	E	1 - 292	1 - 292
1	19	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	19	SER	SER	F	F	1 - 290	1 - 290
1	20	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	20	SER	SER	G	G	1 - 290	1 - 290
1	21	PRO	PRO	B	B	1 - 292	1 - 292
2	21	PRO	PRO	H	H	1 - 292	1 - 292
1	22	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	22	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
1	23	PRO	PRO	B	B	1 - 292	1 - 292
2	23	PRO	PRO	J	J	1 - 292	1 - 292
1	24	GLY	GLY	B	B	1 - 291	1 - 291
2	24	GLY	GLY	K	K	1 - 291	1 - 291
1	25	PRO	PRO	B	B	1 - 292	1 - 292
2	25	PRO	PRO	L	L	1 - 292	1 - 292
1	26	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	26	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
1	27	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	27	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	28	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	28	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	29	PRO	PRO	B	B	1 - 292	1 - 292
2	29	PRO	PRO	P	P	1 - 292	1 - 292
1	30	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	30	SER	SER	D	D	1 - 290	1 - 290
1	31	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	31	SER	SER	E	E	1 - 290	1 - 290
1	32	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	32	SER	SER	F	F	1 - 290	1 - 290
1	33	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	33	SER	SER	G	G	1 - 290	1 - 290
1	34	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
2	34	ASN	ASN	H	H	1 - 289	1 - 289
1	35	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	35	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
1	36	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	36	SER	SER	J	J	1 - 290	1 - 290
1	37	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
2	37	ASN	ASN	K	K	1 - 289	1 - 289
1	38	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	38	SER	SER	L	L	1 - 290	1 - 290
1	39	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	39	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
1	40	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
2	40	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	41	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
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1	42	SER	SER	C	C	1 - 290	1 - 290
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1	44	SER	SER	D	D	1 - 290	1 - 290
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2	45	SER	SER	G	G	1 - 290	1 - 290
1	46	GLY	GLY	D	D	1 - 291	1 - 291
2	46	GLY	GLY	H	H	1 - 291	1 - 291
1	47	SER	SER	D	D	1 - 290	1 - 290
2	47	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
1	48	GLY	GLY	D	D	1 - 291	1 - 291
2	48	GLY	GLY	J	J	1 - 291	1 - 291
1	49	GLY	GLY	D	D	1 - 291	1 - 291
2	49	GLY	GLY	K	K	1 - 291	1 - 291
1	50	SER	SER	D	D	1 - 290	1 - 290
2	50	SER	SER	L	L	1 - 290	1 - 290
1	51	ASN	ASN	D	D	1 - 289	1 - 289
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1	57	PRO	PRO	E	E	1 - 292	1 - 292
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1	60	GLY	GLY	E	E	1 - 291	1 - 291
2	60	GLY	GLY	K	K	1 - 291	1 - 291
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2	72	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
1	73	SER	SER	F	F	1 - 290	1 - 290
2	73	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	74	SER	SER	F	F	1 - 290	1 - 290
2	74	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	75	ASN	ASN	F	F	1 - 289	1 - 289
2	75	ASN	ASN	P	P	1 - 289	1 - 289
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2	76	ASN	ASN	H	H	1 - 289	1 - 289
1	77	SER	SER	G	G	1 - 290	1 - 290
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1	87	SER	SER	H	H	1 - 290	1 - 290
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2	88	PRO	PRO	L	L	1 - 292	1 - 292
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2	94	ASN	ASN	K	K	1 - 289	1 - 289
1	95	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
2	95	SER	SER	L	L	1 - 290	1 - 290
1	96	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
2	96	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
1	97	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
2	97	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	98	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
2	98	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	99	SER	SER	I	I	1 - 290	1 - 290
2	99	SER	SER	P	P	1 - 290	1 - 290
1	100	GLY	GLY	J	J	1 - 291	1 - 291
2	100	GLY	GLY	K	K	1 - 291	1 - 291
1	101	PRO	PRO	J	J	1 - 292	1 - 292
2	101	PRO	PRO	L	L	1 - 292	1 - 292
1	102	SER	SER	J	J	1 - 290	1 - 290
2	102	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
1	103	SER	SER	J	J	1 - 290	1 - 290
2	103	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	104	SER	SER	J	J	1 - 290	1 - 290
2	104	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	105	PRO	PRO	J	J	1 - 292	1 - 292
2	105	PRO	PRO	P	P	1 - 292	1 - 292
1	106	GLY	GLY	K	K	1 - 291	1 - 291
2	106	GLY	GLY	L	L	1 - 291	1 - 291
1	107	SER	SER	K	K	1 - 290	1 - 290
2	107	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
1	108	SER	SER	K	K	1 - 290	1 - 290
2	108	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	109	SER	SER	K	K	1 - 290	1 - 290
2	109	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	110	GLY	GLY	K	K	1 - 291	1 - 291
2	110	GLY	GLY	P	P	1 - 291	1 - 291
1	111	ASN	ASN	L	L	1 - 289	1 - 289
2	111	ASN	ASN	M	M	1 - 289	1 - 289
1	112	ASN	ASN	L	L	1 - 289	1 - 289
2	112	ASN	ASN	N	N	1 - 289	1 - 289
1	113	ASN	ASN	L	L	1 - 289	1 - 289
2	113	ASN	ASN	O	O	1 - 289	1 - 289
1	114	PRO	PRO	L	L	1 - 292	1 - 292
2	114	PRO	PRO	P	P	1 - 292	1 - 292
1	115	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
2	115	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
1	116	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
2	116	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	117	SER	SER	M	M	1 - 290	1 - 290
2	117	SER	SER	P	P	1 - 290	1 - 290
1	118	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
2	118	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
1	119	SER	SER	N	N	1 - 290	1 - 290
2	119	SER	SER	P	P	1 - 290	1 - 290
1	120	SER	SER	O	O	1 - 290	1 - 290
2	120	SER	SER	P	P	1 - 290	1 - 290

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Probable alpha-L-glutamate ligase 分子量: 33795.316 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現詳細: An affinity tag with sequence LEHHHHHH was appended to the C-terminus of the wild-type sequence 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア) 株: ATCC BAA-871 / DC3000 / 遺伝子: rimK, PSPTO_0234 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q88AZ9, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 % / 解説: NULL
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→49.8 Å / Num. obs: 122285 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 47.2 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.161 / R_pim(I) all: 0.102 / R_rim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.9-2.95	3.3	0.976	19555	6015	0.43	0.644	1.174	1.1	98.6
15.88-49.8	3.1	0.048	2249	726	0.989	0.034	0.059	13.4	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IWX

4iwx

解像度: 2.9→49.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU ML: 0.411 / SU R Cruickshank DPI: 0.4023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2479	5892	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2372	-	-	-
obs	0.2377	116340	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.73 Å² / B_iso mean: 61.215 Å² / B_iso min: 31.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.21 Å²	-0.19 Å²	-0.27 Å²
2-	-	-2.52 Å²	0.43 Å²
3-	-	-	3.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→49.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33996	0	297	0	34293
B_iso mean	-	-	86.13	-	-
残基数	-	-	-	-	4587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	34806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	34036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.635	47157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.09	1.571	78098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.67	5	4562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.826	21.049	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.57	15	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.179	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	39143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7394

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7930	0.05
1	2	B	7930	0.05
2	1	A	8067	0.04
2	2	C	8067	0.04
3	1	A	8183	0.05
3	2	D	8183	0.05
4	1	A	8120	0.06
4	2	E	8120	0.06
5	1	A	8086	0.04
5	2	F	8086	0.04
6	1	A	8045	0.04
6	2	G	8045	0.04
7	1	A	8048	0.05
7	2	H	8048	0.05
8	1	A	7994	0.03
8	2	I	7994	0.03
9	1	A	7986	0.04
9	2	J	7986	0.04
10	1	A	8040	0.05
10	2	K	8040	0.05
11	1	A	8149	0.05
11	2	L	8149	0.05
12	1	A	8207	0.04
12	2	M	8207	0.04
13	1	A	8030	0.04
13	2	N	8030	0.04
14	1	A	8176	0.04
14	2	O	8176	0.04
15	1	A	8037	0.05
15	2	P	8037	0.05
16	1	B	7922	0.04
16	2	C	7922	0.04
17	1	B	7936	0.05
17	2	D	7936	0.05
18	1	B	7843	0.06
18	2	E	7843	0.06
19	1	B	7953	0.05
19	2	F	7953	0.05
20	1	B	7910	0.05
20	2	G	7910	0.05
21	1	B	7919	0.04
21	2	H	7919	0.04
22	1	B	7822	0.04
22	2	I	7822	0.04
23	1	B	7891	0.04
23	2	J	7891	0.04
24	1	B	7917	0.05
24	2	K	7917	0.05
25	1	B	7944	0.05
25	2	L	7944	0.05
26	1	B	7890	0.04
26	2	M	7890	0.04
27	1	B	7780	0.04
27	2	N	7780	0.04
28	1	B	7866	0.04
28	2	O	7866	0.04
29	1	B	7907	0.05
29	2	P	7907	0.05
30	1	C	8047	0.04
30	2	D	8047	0.04
31	1	C	7950	0.06
31	2	E	7950	0.06
32	1	C	8080	0.04
32	2	F	8080	0.04
33	1	C	8067	0.04
33	2	G	8067	0.04
34	1	C	8003	0.03
34	2	H	8003	0.03
35	1	C	7967	0.03
35	2	I	7967	0.03
36	1	C	8010	0.03
36	2	J	8010	0.03
37	1	C	8033	0.04
37	2	K	8033	0.04
38	1	C	8024	0.05
38	2	L	8024	0.05
39	1	C	8054	0.03
39	2	M	8054	0.03
40	1	C	7884	0.04
40	2	N	7884	0.04
41	1	C	8043	0.03
41	2	O	8043	0.03
42	1	C	8004	0.04
42	2	P	8004	0.04
43	1	D	8092	0.07
43	2	E	8092	0.07
44	1	D	8067	0.05
44	2	F	8067	0.05
45	1	D	8046	0.05
45	2	G	8046	0.05
46	1	D	8119	0.04
46	2	H	8119	0.04
47	1	D	7942	0.04
47	2	I	7942	0.04
48	1	D	8011	0.05
48	2	J	8011	0.05
49	1	D	8039	0.05
49	2	K	8039	0.05
50	1	D	8166	0.05
50	2	L	8166	0.05
51	1	D	8143	0.05
51	2	M	8143	0.05
52	1	D	7975	0.04
52	2	N	7975	0.04
53	1	D	8128	0.05
53	2	O	8128	0.05
54	1	D	8087	0.04
54	2	P	8087	0.04
55	1	E	7965	0.06
55	2	F	7965	0.06
56	1	E	7950	0.05
56	2	G	7950	0.05
57	1	E	7969	0.06
57	2	H	7969	0.06
58	1	E	7881	0.05
58	2	I	7881	0.05
59	1	E	7948	0.06
59	2	J	7948	0.06
60	1	E	7948	0.05
60	2	K	7948	0.05
61	1	E	8096	0.06
61	2	L	8096	0.06
62	1	E	8122	0.05
62	2	M	8122	0.05
63	1	E	7926	0.06
63	2	N	7926	0.06
64	1	E	8084	0.05
64	2	O	8084	0.05
65	1	E	7962	0.05
65	2	P	7962	0.05
66	1	F	8054	0.04
66	2	G	8054	0.04
67	1	F	8024	0.05
67	2	H	8024	0.05
68	1	F	7980	0.02
68	2	I	7980	0.02
69	1	F	7997	0.04
69	2	J	7997	0.04
70	1	F	8057	0.04
70	2	K	8057	0.04
71	1	F	8074	0.05
71	2	L	8074	0.05
72	1	F	8046	0.04
72	2	M	8046	0.04
73	1	F	7906	0.04
73	2	N	7906	0.04
74	1	F	8010	0.04
74	2	O	8010	0.04
75	1	F	8005	0.05
75	2	P	8005	0.05
76	1	G	8009	0.04
76	2	H	8009	0.04
77	1	G	7958	0.03
77	2	I	7958	0.03
78	1	G	7969	0.04
78	2	J	7969	0.04
79	1	G	8062	0.04
79	2	K	8062	0.04
80	1	G	8030	0.04
80	2	L	8030	0.04
81	1	G	8011	0.03
81	2	M	8011	0.03
82	1	G	7884	0.04
82	2	N	7884	0.04
83	1	G	8023	0.03
83	2	O	8023	0.03
84	1	G	7993	0.04
84	2	P	7993	0.04
85	1	H	7919	0.04
85	2	I	7919	0.04
86	1	H	7970	0.04
86	2	J	7970	0.04
87	1	H	8015	0.04
87	2	K	8015	0.04
88	1	H	8054	0.05
88	2	L	8054	0.05
89	1	H	8023	0.04
89	2	M	8023	0.04
90	1	H	7862	0.04
90	2	N	7862	0.04
91	1	H	7987	0.03
91	2	O	7987	0.03
92	1	H	8078	0.04
92	2	P	8078	0.04
93	1	I	7898	0.03
93	2	J	7898	0.03
94	1	I	7936	0.03
94	2	K	7936	0.03
95	1	I	7938	0.04
95	2	L	7938	0.04
96	1	I	7955	0.03
96	2	M	7955	0.03
97	1	I	7803	0.04
97	2	N	7803	0.04
98	1	I	7919	0.03
98	2	O	7919	0.03
99	1	I	7908	0.04
99	2	P	7908	0.04
100	1	J	7987	0.04
100	2	K	7987	0.04
101	1	J	8000	0.05
101	2	L	8000	0.05
102	1	J	7983	0.04
102	2	M	7983	0.04
103	1	J	7834	0.04
103	2	N	7834	0.04
104	1	J	7963	0.04
104	2	O	7963	0.04
105	1	J	7971	0.04
105	2	P	7971	0.04
106	1	K	8037	0.04
106	2	L	8037	0.04
107	1	K	8009	0.03
107	2	M	8009	0.03
108	1	K	7865	0.04
108	2	N	7865	0.04
109	1	K	8011	0.04
109	2	O	8011	0.04
110	1	K	8012	0.04
110	2	P	8012	0.04
111	1	L	8126	0.04
111	2	M	8126	0.04
112	1	L	7991	0.05
112	2	N	7991	0.05
113	1	L	8081	0.05
113	2	O	8081	0.05
114	1	L	8047	0.04
114	2	P	8047	0.04
115	1	M	8005	0.04
115	2	N	8005	0.04
116	1	M	8169	0.03
116	2	O	8169	0.03
117	1	M	8015	0.04
117	2	P	8015	0.04
118	1	N	7983	0.04
118	2	O	7983	0.04
119	1	N	7858	0.04
119	2	P	7858	0.04
120	1	O	8004	0.04
120	2	P	8004	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	416	-
R_work	0.361	8560	-
all	-	8976	-
obs	-	-	98.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3437	-1.3742	0.7275	5.1935	-0.7524	0.1852	0.0103	0.285	-0.4203	0.0266	0.0423	-0.6168	0.0385	0.0555	-0.0527	0.3119	-0.0711	-0.0785	0.1872	-0.139	0.3639	-33.5978	-28.4122	-2.796
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44	5.8025	1.0212	1.9139	4.9487	-1.2335	2.5695	0.0295	-0.0257	-0.5123	0.0032	0.1367	-0.1847	0.2026	0.2174	-0.1662	0.2101	-0.0359	-0.051	0.1666	-0.0091	0.1336	-77.0896	11.0777	83.4401
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49	9.0323	1.0078	-2.3143	4.7893	0.6133	3.0853	0.2113	0.0882	-0.557	0.4191	-0.1423	0.3228	0.3465	-0.6459	-0.069	0.5089	-0.1084	-0.1447	0.3458	0.0783	0.3125	-8.964	-30.9636	75.931
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51	2.5501	-2.6646	2.2946	2.7975	-2.5738	6.3987	0.4666	0.041	0.3016	-0.4883	0.0248	-0.2606	0.3395	-0.1717	-0.4915	0.6192	-0.077	0.0264	0.6746	0.0734	0.6836	8.0286	-16.8969	51.9264
52	5.4703	1.7852	-2.4032	6.9274	-0.1185	4.5753	0.3449	-0.3635	-0.0406	-0.0062	-0.387	-0.5775	-0.1964	0.2078	0.0421	0.1275	-0.0022	-0.1297	0.3084	-0.1085	0.2836	6.7264	-15.3993	71.6928
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56	5.3145	2.2253	-0.9681	7.0077	-3.6115	3.9491	0.4132	-0.2275	0.0111	0.4971	-0.3835	1.7037	0.4814	-0.663	-0.0296	0.5267	-0.0897	0.2794	0.8119	-0.3601	1.1445	-38.7915	-9.6338	79.6852
57	2.1089	-2.0116	-1.0667	6.8136	-2.6447	4.0503	0.0107	-0.0748	-0.0448	0.3049	0.044	0.2955	-0.008	0.2092	-0.0547	0.2134	-0.0455	-0.1124	0.2238	-0.0564	0.5362	-43.4149	-21.3455	36.7218
58	3.3005	-0.4911	3.6624	2.1912	-1.2943	4.3983	0.017	-0.3203	0.2396	0.1369	-0.0423	0.2171	-0.0644	-0.362	0.0253	0.226	-0.0533	0.0015	0.2252	0.0063	0.445	-14.0078	-15.0918	32.3938
59	5.7016	0.3592	2.3461	0.0294	0.1509	0.9669	0.0046	-0.4579	0.2183	0.0422	-0.0796	-0.0075	0.0147	-0.2152	0.075	0.6318	-0.0441	0.024	0.6616	0.091	0.6645	-19.3994	1.265	33.9345
60	6.3128	-0.5193	-1.5802	4.1183	-0.3348	1.6871	0.1026	0.2795	0.3159	-0.538	-0.0353	0.2281	-0.0696	0.0805	-0.0673	0.3766	-0.0094	-0.1928	0.3055	0.0175	0.2185	-29.8926	-11.1386	22.1878
61	3.0773	-0.1369	-0.8023	11.9279	-1.5656	0.5548	0.2036	0.0726	0.2263	-0.2299	-0.2237	-0.0951	0.0106	0.1918	0.0201	0.1877	0.0244	-0.0726	0.2907	0.049	0.2542	-5.2259	-38.8908	37.0474
62	8.4434	1.6652	-4.3342	0.3317	-0.8587	2.2727	0.1339	-0.1065	0.2506	0.0403	-0.0272	0.0868	-0.1992	0.0489	-0.1067	0.3507	0.0028	-0.0297	0.1964	-0.0128	0.563	-23.0273	-37.7182	36.095
63	4.7164	1.6966	-0.2594	8.9318	-3.8386	5.8351	0.1226	-0.0803	-0.3516	0.3687	-0.0455	-0.187	-0.0423	0.4729	-0.0771	0.3438	-0.0588	-0.0507	0.2655	-0.064	0.3999	-40.273	-35.3968	54.923
64	8.704	-0.3791	-1.1544	4.1612	-1.2174	1.1035	-0.1857	-0.3118	-0.4663	0.3264	0.1148	0.2171	0.0871	-0.083	0.0709	0.3332	-0.0666	-0.1033	0.1211	-0.0626	0.3014	-25.4231	-53.3258	42.0467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	182 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	231 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	73 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	122 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	172 - 292
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	59 - 111
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	112 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	187 - 290
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	99 - 205
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	206 - 221
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	222 - 291
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 95
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	96 - 206
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	207 - 221
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	222 - 292
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	1 - 107
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	108 - 187
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	188 - 229
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	230 - 290
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	1 - 61
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	62 - 111
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	112 - 186
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	187 - 290
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	1 - 61
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	62 - 117
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	118 - 184
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	185 - 292
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	1 - 62
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	63 - 119
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	120 - 185
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	186 - 290
37	X-RAY DIFFRACTION	37	J	1 - 72
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	73 - 118
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	119 - 186
40	X-RAY DIFFRACTION	40	J	187 - 292
41	X-RAY DIFFRACTION	41	K	1 - 62
42	X-RAY DIFFRACTION	42	K	63 - 119
43	X-RAY DIFFRACTION	43	K	120 - 185
44	X-RAY DIFFRACTION	44	K	186 - 291
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	1 - 98
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47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	207 - 221
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	222 - 294
49	X-RAY DIFFRACTION	49	M	1 - 95
50	X-RAY DIFFRACTION	50	M	96 - 205
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63	X-RAY DIFFRACTION	63	P	118 - 184
64	X-RAY DIFFRACTION	64	P	185 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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