PDB-7qyr: Crystal structure of RimK from Pseudomonas aeruginosa PAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyr

タイトル

Crystal structure of RimK from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Probable alpha-L-glutamate ligase
poly-glutamate

キーワード

LIGASE / ATP-grasp fold / glutamate ligase / ribosomal modification

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosomal S6-glutamic acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / SOS response / protein modification process / translation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Thompson, C.M.A. / Little, R.H. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Malone, J.G.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R018154/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBS/E/J/000PR9797	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBS/E/J/000PR9790	英国

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the mechanism of adaptive ribosomal modification by Pseudomonas RimK.
著者: Thompson, C.M.A. / Little, R.H. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Malone, J.G.

履歴

登録	2022年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyr.cif.gz	882.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyr.ent.gz	739.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qysC 4iwxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (3) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Probable alpha-L-glutamate ligase

B: Probable alpha-L-glutamate ligase

C: Probable alpha-L-glutamate ligase

D: Probable alpha-L-glutamate ligase

E: Probable alpha-L-glutamate ligase

F: Probable alpha-L-glutamate ligase

G: Probable alpha-L-glutamate ligase

H: Probable alpha-L-glutamate ligase

K: poly-glutamate

L: poly-glutamate

M: poly-glutamate

N: poly-glutamate

O: poly-glutamate

P: poly-glutamate

Q: poly-glutamate

T: poly-glutamate

ヘテロ分子

339 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable alpha-L-glutamate ligase

C: Probable alpha-L-glutamate ligase

D: Probable alpha-L-glutamate ligase

F: Probable alpha-L-glutamate ligase

K: poly-glutamate

M: poly-glutamate

N: poly-glutamate

P: poly-glutamate

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable alpha-L-glutamate ligase

E: Probable alpha-L-glutamate ligase

G: Probable alpha-L-glutamate ligase

H: Probable alpha-L-glutamate ligase

L: poly-glutamate

O: poly-glutamate

Q: poly-glutamate

T: poly-glutamate

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.898, 153.586, 138.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	1 - 292	1 - 292
2	1	PRO	PRO	B	B	1 - 292	1 - 292
1	2	ASN	ASN	A	A	1 - 289	1 - 289
2	2	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
1	3	GLY	GLY	A	A	1 - 291	1 - 291
2	3	GLY	GLY	D	D	1 - 291	1 - 291
1	4	ASN	ASN	A	A	1 - 289	1 - 289
2	4	ASN	ASN	E	E	1 - 289	1 - 289
1	5	GLY	GLY	A	A	1 - 290	1 - 290
2	5	GLY	GLY	F	F	1 - 290	1 - 290
1	6	GLY	GLY	A	A	1 - 290	1 - 290
2	6	GLY	GLY	G	G	1 - 290	1 - 290
1	7	GLY	GLY	A	A	1 - 290	1 - 290
2	7	GLY	GLY	H	H	1 - 290	1 - 290
1	8	LYS	LYS	B	B	1 - 288	1 - 288
2	8	LYS	LYS	C	C	1 - 288	1 - 288
1	9	PRO	PRO	B	B	1 - 292	1 - 292
2	9	PRO	PRO	D	D	1 - 292	1 - 292
1	10	GLY	GLY	B	B	1 - 290	1 - 290
2	10	GLY	GLY	E	E	1 - 290	1 - 290
1	11	GLY	GLY	B	B	1 - 290	1 - 290
2	11	GLY	GLY	F	F	1 - 290	1 - 290
1	12	GLY	GLY	B	B	1 - 290	1 - 290
2	12	GLY	GLY	G	G	1 - 290	1 - 290
1	13	GLY	GLY	B	B	1 - 290	1 - 290
2	13	GLY	GLY	H	H	1 - 290	1 - 290
1	14	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
2	14	ASN	ASN	D	D	1 - 289	1 - 289
1	15	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
2	15	ASN	ASN	E	E	1 - 289	1 - 289
1	16	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
2	16	ASN	ASN	F	F	1 - 289	1 - 289
1	17	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
2	17	ASN	ASN	G	G	1 - 289	1 - 289
1	18	ASN	ASN	C	C	1 - 289	1 - 289
2	18	ASN	ASN	H	H	1 - 289	1 - 289
1	19	ASN	ASN	D	D	1 - 289	1 - 289
2	19	ASN	ASN	E	E	1 - 289	1 - 289
1	20	GLY	GLY	D	D	1 - 290	1 - 290
2	20	GLY	GLY	F	F	1 - 290	1 - 290
1	21	GLY	GLY	D	D	1 - 290	1 - 290
2	21	GLY	GLY	G	G	1 - 290	1 - 290
1	22	GLY	GLY	D	D	1 - 290	1 - 290
2	22	GLY	GLY	H	H	1 - 290	1 - 290
1	23	GLY	GLY	E	E	1 - 290	1 - 290
2	23	GLY	GLY	F	F	1 - 290	1 - 290
1	24	GLY	GLY	E	E	1 - 290	1 - 290
2	24	GLY	GLY	G	G	1 - 290	1 - 290
1	25	GLY	GLY	E	E	1 - 290	1 - 290
2	25	GLY	GLY	H	H	1 - 290	1 - 290
1	26	GLY	GLY	F	F	1 - 290	1 - 290
2	26	GLY	GLY	G	G	1 - 290	1 - 290
1	27	GLY	GLY	F	F	1 - 290	1 - 290
2	27	GLY	GLY	H	H	1 - 290	1 - 290
1	28	GLY	GLY	G	G	1 - 290	1 - 290
2	28	GLY	GLY	H	H	1 - 290	1 - 290

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Probable alpha-L-glutamate ligase 分子量: 34176.707 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: An affinity tag with sequence KLAAALEHHHHHH was appended to the C-terminus of the wild-type sequence 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rimK, PA5197 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HTZ2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質	poly-glutamate 分子量: 7764.839 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成詳細: Poly-glutamate was not explicitly added to the sample but was presumed to have been synthesized by the enzyme. 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 % / 解説: NULL
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→45.1 Å / Num. obs: 105678 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 59.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.44	6.8	2.049	35144	5171	0.438	0.845	2.219	0.9	98.8
13.15-45.1	5.9	0.036	3857	653	0.998	0.016	0.04	40.7	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IWX

4iwx

解像度: 2.4→44.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 23.973 / SU ML: 0.237 / SU R Cruickshank DPI: 0.4036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2317	5200	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2116	-	-	-
obs	0.2126	100447	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.12 Å² / B_iso mean: 70.8 Å² / B_iso min: 30.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.36 Å²	-0 Å²	2.32 Å²
2-	-	-0.28 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→44.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17536	0	152	102	17790
B_iso mean	-	-	101.06	54.61	-
残基数	-	-	-	-	2345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	17940
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	17546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.637	24227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.161	1.575	40286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.576	5	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.798	21.141	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.649	15	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.307	15	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	20241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3863

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8466	0.04
1	2	B	8466	0.04
2	1	A	8250	0.07
2	2	C	8250	0.07
3	1	A	8384	0.06
3	2	D	8384	0.06
4	1	A	8406	0.06
4	2	E	8406	0.06
5	1	A	8187	0.05
5	2	F	8187	0.05
6	1	A	8424	0.03
6	2	G	8424	0.03
7	1	A	8108	0.07
7	2	H	8108	0.07
8	1	B	8163	0.07
8	2	C	8163	0.07
9	1	B	8236	0.06
9	2	D	8236	0.06
10	1	B	8240	0.07
10	2	E	8240	0.07
11	1	B	8156	0.06
11	2	F	8156	0.06
12	1	B	8254	0.04
12	2	G	8254	0.04
13	1	B	8102	0.06
13	2	H	8102	0.06
14	1	C	8291	0.06
14	2	D	8291	0.06
15	1	C	8387	0.04
15	2	E	8387	0.04
16	1	C	8060	0.07
16	2	F	8060	0.07
17	1	C	8170	0.05
17	2	G	8170	0.05
18	1	C	8158	0.06
18	2	H	8158	0.06
19	1	D	8444	0.05
19	2	E	8444	0.05
20	1	D	8060	0.06
20	2	F	8060	0.06
21	1	D	8269	0.05
21	2	G	8269	0.05
22	1	D	8215	0.05
22	2	H	8215	0.05
23	1	E	8095	0.06
23	2	F	8095	0.06
24	1	E	8327	0.05
24	2	G	8327	0.05
25	1	E	8191	0.05
25	2	H	8191	0.05
26	1	F	8127	0.03
26	2	G	8127	0.03
27	1	F	8017	0.07
27	2	H	8017	0.07
28	1	G	7995	0.06
28	2	H	7995	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	384	-
R_work	0.343	7350	-
all	-	7734	-
obs	-	-	98.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.612	0.1506	-1.177	0.9351	-0.3026	2.4314	-0.0941	0.0734	0.0775	-0.214	-0.0172	0.0966	0.0782	-0.0876	0.1113	0.1131	0.01	-0.0004	0.0064	-0.0068	0.1701	47.4911	12.3464	49.0373
2	0.9612	0.1338	-0.0611	0.8583	-0.3564	3.1808	-0.0209	0.0076	-0.1458	-0.2474	-0.0293	-0.2619	0.0822	0.1248	0.0502	0.2467	0.0379	0.0567	0.0461	0.0507	0.2466	49.0852	60.095	120.4717
3	0.1432	0.3921	-0.0577	2.316	1.0175	3.0546	0.0492	-0.052	-0.0841	0.3589	-0.0098	-0.1476	-0.2318	0.2517	-0.0394	0.2745	-0.0269	-0.0469	0.0429	0.0208	0.1755	60.3281	55.8387	41.1324
4	1.8886	-0.5987	-0.928	0.7148	-0.2763	1.9997	-0.0106	-0.0838	0.2956	0.1738	-0.1344	-0.2946	-0.339	0.652	0.145	0.164	-0.1284	-0.0298	0.2628	0.0586	0.282	67.8395	23.669	67.0477
5	1.1725	0.8742	-1.086	1.8332	-0.9999	2.8198	0.0174	-0.0635	0.0833	0.1195	0.0113	0.1802	-0.3026	-0.1909	-0.0287	0.3228	0.0232	0.0601	0.042	-0.0301	0.1968	40.3551	16.8295	107.6033
6	0.7976	0.0214	0.5509	1.639	0.0748	3.6754	-0.0152	0.0652	-0.0275	0.3136	-0.0198	0.585	-0.37	-0.8531	0.035	0.2933	0.0751	0.1313	0.284	0.0259	0.4686	33.468	50.0025	50.4798
7	2.0956	0.7595	-0.9458	1.4596	-0.2553	2.9217	-0.0896	-0.3493	-0.0264	0.2654	0.0939	-0.3731	-0.0741	0.685	-0.0044	0.4517	-0.004	-0.0173	0.2445	-0.0935	0.3548	60.9856	21.9823	128.1365
8	1.4601	0.1169	-0.0984	0.574	-0.6373	2.954	-0.0677	0.4845	-0.1925	-0.2874	0.1178	0.1714	0.4253	-0.5534	-0.0501	0.3025	-0.0894	-0.0556	0.2681	-0.0269	0.2248	23.5243	49.0951	127.9513
9	2.9248	-0.5886	-0.6307	2.9255	5.8569	11.8557	-0.0252	-0.3427	-0.3001	0.0192	0.0097	-0.0147	0.0207	-0.0438	0.0156	0.4241	0.0167	-0.026	0.3495	-0.0433	0.5306	40.2447	18.6309	49.2823
10	4.5141	-4.9535	3.1967	6.7413	-5.9729	6.9717	0.2427	0.1949	0.3009	-0.2289	-0.2808	-0.1686	0.163	0.341	0.0381	0.4559	0.0233	0.0309	0.5006	0.0197	0.4833	55.7938	53.7053	123.4867
11	0.0465	0.2081	0.0769	8.578	1.8084	0.4089	0.1289	0.056	0.036	0.2591	-0.2538	0.4788	0.1397	0.0222	0.1249	0.4772	-0.0467	0.0348	0.6209	-0.0189	0.4431	66.1656	52.249	48.135
12	11.1113	6.8988	-14.3156	4.6661	-8.7003	18.5367	0.6968	0.3703	0.6135	0.4383	0.3547	-0.1477	-0.886	-0.4301	-1.0515	0.4903	0.0441	0.0709	0.6569	-0.0495	0.7843	72.3297	29.9591	62.9244
13	0.2757	-1.8399	-2.1109	12.8329	14.6146	16.6742	0.0228	-0.057	0.0181	-0.567	0.0798	-0.0382	-0.6035	0.1935	-0.1026	0.4306	0.0116	0.0336	0.7218	0.0213	0.348	31.9568	18.7252	111.1897
14	2.3767	2.5655	-2.2393	4.573	-2.6494	2.1441	0.333	0.1663	0.3911	-0.0088	-0.0098	0.1226	-0.2345	-0.1299	-0.3232	0.4666	0.0216	-0.0177	0.5827	-0.0342	0.4582	32.1733	40.1613	49.0728
15	8.9884	-3.9485	7.0095	7.5168	2.7221	11.3039	0.4607	-0.2503	-0.2896	-0.4075	-0.1307	-0.0247	0.0867	-0.4353	-0.33	0.423	-0.0574	-0.0048	0.4422	-0.0211	0.4186	63.2796	31.144	126.6505
16	7.0695	2.2832	-0.8194	9.309	0.389	8.1485	0.3267	-0.7025	0.7175	0.5296	-0.3591	-0.0586	-0.5145	0.1868	0.0324	0.3626	0.0047	-0.0665	0.5309	-0.0025	0.5332	73.3933	64.8911	142.1252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 300
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 300
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 300
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 300
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 300
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 300
9	X-RAY DIFFRACTION	9	K	1 - 300
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	1 - 300
11	X-RAY DIFFRACTION	11	M	1 - 300
12	X-RAY DIFFRACTION	12	N	1 - 300
13	X-RAY DIFFRACTION	13	O	1 - 300
14	X-RAY DIFFRACTION	14	P	1 - 300
15	X-RAY DIFFRACTION	15	Q	1 - 300
16	X-RAY DIFFRACTION	16	T	1 - 300

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)