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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7qyr | ||||||||||||
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| Title | Crystal structure of RimK from Pseudomonas aeruginosa PAO1 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / ATP-grasp fold / glutamate ligase / ribosomal modification | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationribosomal S6-glutamic acid ligase activity / Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) / SOS response / protein modification process / translation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria)synthetic construct (others) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||||||||
Authors | Thompson, C.M.A. / Little, R.H. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Malone, J.G. | ||||||||||||
| Funding support | United Kingdom, 3items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2023Title: Structural insights into the mechanism of adaptive ribosomal modification by Pseudomonas RimK. Authors: Thompson, C.M.A. / Little, R.H. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Malone, J.G. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7qyr.cif.gz | 882.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7qyr.ent.gz | 739.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7qyr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7qyr_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7qyr_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
| Data in XML | 7qyr_validation.xml.gz | 77.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 7qyr_validation.cif.gz | 105 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyr | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7qysC ![]() 4iwxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _
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Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 3items
Citation

PDBj





