PDB-7qyi: Solution structure of the DNA-binding minor pilin FimT from Legio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyi

タイトル

Solution structure of the DNA-binding minor pilin FimT from Legionella pneumophila

要素

Pilus assembly protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / type IV pilin

機能・相同性

General secretion pathway, GspH / Type II transport protein GspH / Prokaryotic N-terminal methylation site. / protein secretion by the type II secretion system / Prokaryotic N-terminal methylation site / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Pilus assembly protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics

データ登録者

Braus, S.A.G. / Hospenthal, M.K. / Gossert, A.D.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The molecular basis of FimT-mediated DNA uptake during bacterial natural transformation.
著者: Braus, S.A.G. / Short, F.L. / Holz, S. / Stedman, M.J.M. / Gossert, A.D. / Hospenthal, M.K.

履歴

登録	2022年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyi.cif.gz	800.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyi.ent.gz	677.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qyi_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qyi_full_validation.pdf.gz	988.3 KB	表示
XML形式データ	7qyi_validation.xml.gz	82.2 KB	表示
CIF形式データ	7qyi_validation.cif.gz	102.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2cpj-d 4x5n-1 1vdy-d 4pav-2 6k6m-d 6erz-1 2nr7-d 2koj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34704Solution structure of the DNA-binding minor pilin FimT from Legionella pneumophila

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pilus assembly protein

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: NMR relaxation study

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質	Pilus assembly protein 分子量: 14379.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_06370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F8Q3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	3D NOESY combined
1	2	1	isotropic	2	3D (H)CCH-TOCSY
1	3	1	isotropic	3	3D HN(CA)CB
1	4	1	isotropic	3	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	6	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 580 uM [U-13C; U-15N] FimT, 25 mM NaPi, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: u-15N,13C FimT / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
580 uM	FimT	[U-13C; U-15N]	1
25 mM	NaPi	natural abundance	1
150 mM	sodium chloride	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 150 mM NaCl mM / Label: Conditions_1 / pH: 7.2 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HD	Bruker	AVANCE III HD	900	1
Bruker AVANCE III HD	Bruker	AVANCE III HD	600	2
Bruker AVANCE NEO	Bruker	AVANCE NEO	700	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CARA		Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	2.51	CCPN	peak picking
CYANA	3.98.2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Amber	20	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	geometry optimization
TopSpin	4.07	Bruker Biospin	collection

精密化

手法	ソフトェア番号
simulated annealing	3
molecular dynamics	4

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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