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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nr7 | ||||||
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タイトル | Structural Genomics, the crystal structure of putative secretion activator protein from Porphyromonas gingivalis W83 | ||||||
要素 | Secretion activator protein, putative | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / APCC85792 / Secretion activator / Porphyromonas gingivalis W83 / PSI-2 / Protein structure initiative / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TtsA-like, Glycoside hydrolase family 108 domain / Peptidoglycan binding domain / Glycosyl hydrolase 108 / Predicted Peptidoglycan domain / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Bigelow, L. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of putative secretion activator protein from Porphyromonas gingivalis W83 著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Gu, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nr7.cif.gz | 104.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nr7.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nr7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/2nr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/2nr7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22279.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 株: W83 / プラスミド: pMCGS19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7MXB3 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis Tris pH5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月13日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→26.93 Å / Num. all: 42196 / Num. obs: 42196 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 38 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.31 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / Num. unique all: 1024 / % possible all: 68.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→26.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.774 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.437 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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