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- PDB-7qxm: Crystal structure of the Vibrio cholerae replicative helicase (DnaB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qxm
タイトルCrystal structure of the Vibrio cholerae replicative helicase (DnaB)
要素Replicative DNA helicase
キーワードREPLICATION / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. ...DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Legrand, P. / Quevillon-Cheruel, S. / Walbott, H. / Cargemel, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: The apo-form of the Vibrio cholerae replicative helicase DnaB is a labile and inactive planar trimer of dimers.
著者: Cargemel, C. / Walbott, H. / Durand, D. / Legrand, P. / Ouldali, M. / Ferat, J.L. / Marsin, S. / Quevillon-Cheruel, S.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
E: Replicative DNA helicase
F: Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,6266
ポリマ－317,6266
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Hexameric Ring
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34540 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area107550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.230, 150.099, 188.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Replicative DNA helicase


分子量: 52937.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: dnaB, BC353_11625, C9J66_17780, ERS013165_03687, ERS013200_03939, ERS013206_03692, F0315_03560, FLM02_14585, HPY05_12185
プラスミド: pET21
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A085R2T8, DNA helicase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate 1.2M Sodium Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月21日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→32.63 Å / Num. obs: 40084 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.761 % / Biso Wilson estimate: 113.28 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.408 / Rrim(I) all: 0.424 / Χ2: 0.717 / Net I/σ(I): 4.84 / Num. measured all: 551596 / Scaling rejects: 97
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.8-3.913.9673.5830.2740854292629250.2413.719100
3.9-4.0114.262.8410.4640412283628340.3122.94699.9
4.01-4.1214.1522.4510.6639428278727860.3982.543100
4.12-4.2514.0351.8521.0237642268326820.5731.922100
4.25-4.3913.7571.4861.3936180263126300.6571.543100
4.39-4.5413.2771.1621.8533869255125510.7661.209100
4.54-4.7113.1070.9662.2432008244224420.7961.005100
4.71-4.9113.9550.8492.6532697234423430.8670.882100
4.91-5.1213.2960.7932.8230181227022700.8750.825100
5.12-5.3713.9610.7663.0230504218521850.8730.795100
5.37-5.6614.5320.7223.3129777204920490.90.748100
5.66-6.0114.4220.663.6828382196819680.9150.684100
6.01-6.4214.230.5454.4926340185118510.9440.565100
6.42-6.9414.0370.4016.1924369173617360.9690.417100
6.94-7.613.6550.2679.2221861160116010.9840.277100
7.6-8.512.810.16613.818561144914490.9930.173100
8.5-9.8112.9450.10620.0316841130113010.9970.111100
9.81-12.0212.7470.0823.9714073110411040.9980.083100
12.02-16.9913.4770.08524.82118738818810.9980.088100
16.99-32.6311.5810.07724.5357445234960.9980.08194.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEMar 15, 2019データスケーリング
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSMar 15, 2019データ削減
MOLREPVers 11.7.01位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T66

6t66


解像度: 3.8→32.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.947
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2736 1408 4.84 %RANDOM
Rwork0.2655 ---
obs0.2659 29095 72.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 263.36 Å2 / Biso mean: 177.98 Å2 / Biso min: 114.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6164 Å20 Å20 Å2
2--6.782 Å20 Å2
3----4.1657 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.8 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→32.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20679 0 0 0 20679
残基数----2651
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7647SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3638HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20975HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2804SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15237SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d20975HARMONIC20.004
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg28363HARMONIC20.61
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.52
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3036 31 5.33 %
Rwork0.2333 551 -
all0.2373 582 -
obs--14.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1925-0.08410.28290.43120.03920.1796-0.0014-0.221-0.1050.01240.12730.04450.0967-0.013-0.1259-0.304-0.017-0.0103-0.304-0.1414-0.304-4.668823.12944.4693
20.580.19330.17160-0.23920.0075-0.07510.1535-0.1918-0.01020.0044-0.10570.0935-0.01260.0707-0.27470.0441-0.0118-0.304-0.0868-0.304-3.984420.34173.7447
30.576-0.1618-0.2990.07460.083100.1340.2965-0.0822-0.2583-0.1436-0.02850.2528-0.07780.00970.304-0.0414-0.02580.0595-0.04730.282-1.7575-12.7242-11.0267
40.94470.0307-0.44140.2927-0.22840.435-0.00220.3584-0.1043-0.1569-0.06450.10510.29-0.15610.06670.304-0.0583-0.00440.304-0.1520.304-1.5295-12.2341-11.3715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 174
2X-RAY DIFFRACTION1C13 - 174
3X-RAY DIFFRACTION1E22 - 174
4X-RAY DIFFRACTION2B21 - 174
5X-RAY DIFFRACTION2D22 - 174
6X-RAY DIFFRACTION2F21 - 174
7X-RAY DIFFRACTION3A175 - 461
8X-RAY DIFFRACTION3C175 - 460
9X-RAY DIFFRACTION3E175 - 465
10X-RAY DIFFRACTION4B175 - 460
11X-RAY DIFFRACTION4D175 - 460
12X-RAY DIFFRACTION4F175 - 460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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