PDB-7qx8: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 7 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qx8

タイトル

Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 7 from Arabidopsis thaliana (SHM7)

要素

Serine hydroxymethyltransferase 7

キーワード

TRANSFERASE / one-carbon metabolism / tetrahydrofolate

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfate ion homeostasis / S-adenosylmethionine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / response to cadmium ion / pyridoxal phosphate binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Sekula, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2022
タイトル: Arabidopsis thaliana serine hydroxymethyltransferases: functions, structures, and perspectives.
著者: Nogues, I. / Sekula, B. / Angelaccio, S. / Grzechowiak, M. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2022年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qx8.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qx8.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pzzSC 7q00C 7qpeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase 7

B: Serine hydroxymethyltransferase 7

C: Serine hydroxymethyltransferase 7

D: Serine hydroxymethyltransferase 7

E: Serine hydroxymethyltransferase 7

F: Serine hydroxymethyltransferase 7

G: Serine hydroxymethyltransferase 7

H: Serine hydroxymethyltransferase 7

I: Serine hydroxymethyltransferase 7

J: Serine hydroxymethyltransferase 7

K: Serine hydroxymethyltransferase 7

L: Serine hydroxymethyltransferase 7

638 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Serine hydroxymethyltransferase 7

B: Serine hydroxymethyltransferase 7

C: Serine hydroxymethyltransferase 7

D: Serine hydroxymethyltransferase 7

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
213 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Serine hydroxymethyltransferase 7

F: Serine hydroxymethyltransferase 7

G: Serine hydroxymethyltransferase 7

H: Serine hydroxymethyltransferase 7

登録者が定義した集合体
213 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Serine hydroxymethyltransferase 7

J: Serine hydroxymethyltransferase 7

K: Serine hydroxymethyltransferase 7

L: Serine hydroxymethyltransferase 7

登録者が定義した集合体
213 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	199.832, 123.955, 290.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.170, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase 7 / AtSHMT7 / Glycine hydroxymethyltransferase 7 / Serine methylase 7 分子量: 53156.672 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SHM7, SHMT7, At1g36370, F7F23.9 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q84WV0, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine hydroxymethyltransferase 7 / AtSHMT7 / Glycine hydroxymethyltransferase 7 / Serine methylase 7

分子量: 53156.672 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SHM7, SHMT7, At1g36370, F7F23.9
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q84WV0, glycine hydroxymethyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 75 mM magnesium chloride, 75 mM sodium citrate tribasic, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 18 % v/v PEG Smear Broad (based on G8 condition of the BCS screen, Molecular Dimensions). Cryoprotection was ...詳細: 75 mM magnesium chloride, 75 mM sodium citrate tribasic, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 18 % v/v PEG Smear Broad (based on G8 condition of the BCS screen, Molecular Dimensions). Cryoprotection was obtained by supplementation of the original condition with 25% ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.32 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 75 mM magnesium chloride, 75 mM sodium citrate tribasic, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 18 % v/v PEG Smear Broad (based on G8 condition of the BCS screen, Molecular Dimensions). Cryoprotection was ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→58 Å / Num. obs: 121503 / % possible obs: 65.8 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.74→3.07 Å / 冗長度: 4.36 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6069 / CC_1/2: 0.841 / R_rim(I) all: 0.627 / % possible all: 65.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7pzz

7pzz

解像度: 2.74→58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 32.758 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2269	1220	1 %	RANDOM
R_work	0.1871	-	-	-
obs	0.1875	120290	65.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 226.33 Å² / B_iso mean: 76.571 Å² / B_iso min: 14.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	-1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.74→58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41391	0	0	256	41647
B_iso mean	-	-	-	41.13	-
残基数	-	-	-	-	5305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	42290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.015	40289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.645	57115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.333	1.58	92847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.844	5	5271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.711	21.774	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.27	15	7372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.497	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	5577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	47747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	9693

LS精密化シェル

解像度: 2.74→2.808 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	3	-
R_work	0.264	320	-
obs	-	-	2.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8166	-0.2943	0.2738	0.8737	0.0026	0.5071	0.0164	-0.0576	-0.0705	0.1904	0.0032	0.0543	0.0871	-0.0153	-0.0196	0.4813	0.0096	0.0334	0.7411	-0.0016	0.3706	94.6153	23.4462	102.5954
2	0.2775	-0.3797	-0.3453	1.2003	0.187	0.7486	0.141	-0.0561	-0.0459	-0.3011	-0.2173	0.0344	-0.0888	-0.1107	0.0763	0.547	0.1269	-0.078	0.6797	-0.0801	0.4034	89.1389	33.9506	75.0099
3	0.3088	0.2742	-0.0981	1.0969	0.3604	0.8304	0.1492	-0.0614	-0.0514	-0.2093	-0.1983	-0.0061	-0.0932	-0.1396	0.0491	0.4733	0.0908	-0.0432	0.6888	-0.0291	0.4048	91.6086	39.0432	86.9097
4	1.921	-0.1162	-1.2404	1.2598	-0.7694	1.5228	0.062	-0.1206	-0.0413	-0.0086	-0.2829	-0.154	-0.1282	-0.0066	0.221	0.49	0.0302	-0.0112	0.6717	-0.0179	0.422	108.2856	50.9868	94.2335
5	1.0459	-0.4099	-0.5205	1.3916	0.263	0.3216	0.1315	-0.1362	-0.0606	0.2265	-0.0268	-0.0745	-0.0526	-0.0301	-0.1046	0.4837	-0.0005	-0.0307	0.7544	0.0252	0.3561	97.6361	25.0606	102.781
6	0.242	-0.2914	-0.0645	1.3196	-0.0439	1.0685	0.0811	-0.0636	-0.1095	-0.0575	-0.0062	-0.0504	0.1789	0.1246	-0.0748	0.5343	0.1147	-0.0548	0.5667	-0.0163	0.5337	108.6092	5.3542	82.9865
7	0.8638	0.2344	-0.6645	1.8892	-0.1696	1.4645	-0.0404	-0.1087	-0.188	0.0413	-0.0168	0.2749	0.2619	-0.1322	0.0572	0.4998	0.0146	-0.0467	0.5763	0.109	0.478	94.5355	-0.0842	98.2534
8	1.6181	-0.1648	-0.2294	1.562	-0.2909	0.4728	0.0036	0.0323	0.1776	-0.4344	-0.0131	0.0436	0.0577	-0.1312	0.0095	0.6687	0.069	-0.0423	0.5347	0.0325	0.3731	100.5816	7.6026	23.5118
9	0.2653	-0.6224	-0.3289	2.011	0.3969	1.2815	-0.133	-0.13	0.0507	0.136	0.1057	0.0384	0.2201	-0.0515	0.0274	0.5466	-0.0023	0.0251	0.6166	0.0067	0.4308	98.2399	-5.0574	52.7361
10	0.8974	-0.7749	-0.3214	0.7594	0.1093	1.0223	0.006	0.0179	0.0682	-0.0082	-0.0602	0.0672	0.1884	-0.1197	0.0541	0.6065	-0.0477	-0.016	0.5492	-0.0269	0.4123	100.6464	-7.9691	39.8762
11	2.9642	0.7274	0.3432	1.6787	-0.3353	2.5977	0.1361	-0.16	0.1401	-0.0672	-0.3104	-0.1473	0.0486	0.3595	0.1743	0.5905	0.0262	0.1059	0.545	0.0348	0.417	121.7724	-13.307	38.1961
12	6.2606	-0.6374	3.439	1.4997	-1.3609	4.6844	0.2567	0.1828	0.7611	-0.3627	-0.7389	-0.4369	0.3455	0.5217	0.4821	0.402	0.0138	0.2398	0.6094	0.1231	0.4389	128.9871	-8.8058	28.9221
13	0.9909	0.01	-0.2771	1.8912	0.4159	0.2892	0.0987	0.0784	0.2304	-0.4842	-0.0465	-0.1347	0.1088	-0.0099	-0.0522	0.6766	0.0574	0.0364	0.5599	0.0662	0.3429	104.1881	5.7067	23.6617
14	0.4313	-0.3712	0.1669	1.4948	-0.0765	1.6672	-0.0336	-0.0943	0.3487	-0.0293	0.2043	-0.1229	-0.0911	-0.107	-0.1707	0.5157	0.0102	0.0549	0.3569	-0.0771	0.7591	104.0718	29.7067	43.9174
15	0.4532	-0.5744	0.1868	1.4291	0.4933	1.069	0.0902	-0.0416	0.124	-0.3146	0.0345	-0.0084	-0.1864	0.0275	-0.1247	0.5274	0.0526	0.0614	0.3559	0.1506	0.7239	97.4802	28.4116	31.1227
16	3.9024	0.3411	0.1902	2.4842	2.0985	1.824	-0.119	0.0332	0.3105	-0.5818	-0.4792	0.7231	-0.3361	-0.3367	0.5982	0.6325	0.2908	-0.27	0.5934	0.2593	0.6694	77.2229	27.9019	19.4642
17	1.7308	0.7245	0.0172	2.0759	1.0115	1.3377	-0.4355	-0.342	-0.4106	0.2453	0.2139	-0.1932	0.1395	-0.0449	0.2216	0.5275	-0.0136	0.2004	0.5156	0.116	0.5372	36.0965	-2.3466	70.3833
18	1.766	-0.9158	-0.8295	1.4896	-0.2612	1.3589	-0.3033	0.349	-0.3081	-0.2013	-0.028	-0.0901	0.0729	-0.4516	0.3313	0.5516	-0.2497	0.0823	0.656	-0.2334	0.3797	24.7486	1.9725	43.057
19	0.6416	-0.8299	-0.5381	2.1302	0.4223	1.8149	-0.2887	0.1846	-0.1918	-0.0351	0.0533	-0.1086	-0.1106	-0.5152	0.2353	0.5097	-0.1121	0.0926	0.5512	-0.0563	0.439	24.5962	12.0976	56.8385
20	1.7491	0.6414	-1.4165	2.7485	-1.3313	2.4734	-0.1862	0.1271	-0.2198	-0.0151	0.0681	-0.2033	-0.3985	-0.3162	0.1181	0.641	0.016	-0.0615	0.5231	-0.0564	0.3835	27.1562	26.9411	59.5209
21	1.5905	3.2514	-1.7111	7.2061	-4.3384	4.554	-0.1686	-0.0857	-0.4406	0.208	-0.2522	-0.7436	-0.6484	0.2601	0.4209	0.7395	-0.0813	-0.0118	0.5828	-0.0518	0.4315	34.5255	28.7886	69.6506
22	1.9089	-0.4991	-1.0177	1.1132	0.2116	0.6318	-0.3554	-0.3272	-0.2186	0.0462	0.1343	-0.0956	0.0614	0.0808	0.2211	0.5731	0.0233	0.0908	0.563	0.087	0.4943	36.8652	1.2529	70.9147
23	1.4151	-0.4722	-0.711	0.8416	0.1555	1.3213	-0.3317	-0.1273	-0.263	-0.2896	-0.0201	-0.2171	0.0317	0.1424	0.3519	0.438	0.0054	0.382	0.4438	0.0319	0.7709	57.4179	-5.2779	50.4553
24	0.7883	-0.1995	-0.4617	2.1945	-0.2527	0.9894	-0.4652	-0.3267	-0.3861	-0.2836	0.0589	-0.22	0.2949	0.2002	0.4062	0.5092	0.2485	0.4627	0.2644	0.3356	0.8969	52.9505	-24.1491	67.0023
25	2.3184	-0.3618	0.9812	1.4016	-0.1575	0.4292	-0.505	0.1417	-0.7428	0.0507	0.6956	0.4979	-0.148	0.0994	-0.1906	0.8153	0.1167	0.6785	0.5061	0.4749	1.1458	38.9776	-32.0563	72.8843
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39	1.8091	0.2104	0.1419	0.2621	0.4104	1.1089	-0.0609	-0.7284	0.6095	-0.1785	-0.1729	0.0939	0.0136	-0.2436	0.2338	0.3717	0.177	-0.0268	0.8786	-0.395	0.4858	30.0305	50.5936	113.1236
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42	2.0016	0.7154	-0.0301	0.5206	-0.5838	2.0344	0.2152	0.0572	-0.3969	0.0838	-0.1181	-0.0346	0.1382	-0.4983	-0.0971	0.4492	-0.188	-0.1145	0.9332	-0.4042	0.5192	36.1146	38.8878	148.8096
43	1.9301	-0.1794	0.1929	0.0893	0.1481	0.9036	0.0723	-0.035	-0.1311	-0.0029	-0.1286	-0.0814	0.2705	-0.7118	0.0564	0.415	-0.2018	-0.0074	0.8979	-0.2386	0.4508	32.1592	45.8276	161.1532
44	2.2069	-0.1843	0.3843	2.7497	1.0087	0.4657	0.1439	-0.4924	0.4833	-0.1564	-0.5506	0.8242	-0.057	-0.3035	0.4067	0.3139	0.1543	0.1607	1.2425	-0.3769	0.5161	19.1378	64.0456	169.7204
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46	2.3833	0.2849	0.1153	0.2479	0.4191	2.5018	0.0807	0.2247	-0.1588	-0.1302	-0.3179	0.0388	-0.5711	-0.1348	0.2372	0.8414	0.1826	-0.0639	0.6581	-0.0731	0.1419	61.4968	63.7668	142.828
47	1.6539	-0.1666	0.6899	0.2024	-0.0185	2.9398	0.148	-0.0321	-0.0784	-0.1241	-0.3192	0.0234	-0.544	0.1136	0.1712	0.6761	0.038	-0.0408	0.563	-0.0504	0.3087	66.004	62.1073	154.8816
48	1.2655	-0.4028	0.3597	1.9121	-0.3161	2.3048	0.0729	-0.1257	-0.107	-0.1277	-0.2665	-0.0589	0.255	0.5008	0.1937	0.6044	-0.0072	-0.0904	0.6802	0.1674	0.3196	80.5055	48.0899	162.6679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	125 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	217 - 377
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	378 - 498
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	499 - 594
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	124 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	217 - 383
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	384 - 593
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	123 - 216
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	217 - 367
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	368 - 487
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	488 - 555
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	556 - 594
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	121 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	216 - 377
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	378 - 532
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	533 - 593
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	125 - 216
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	217 - 405
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	406 - 498
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	499 - 557
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	561 - 594
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	121 - 216
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	217 - 423
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	424 - 556
25	X-RAY DIFFRACTION	25	F	557 - 594
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	126 - 216
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	217 - 414
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	415 - 498
29	X-RAY DIFFRACTION	29	G	499 - 593
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	124 - 216
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	217 - 405
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	406 - 532
33	X-RAY DIFFRACTION	33	H	533 - 593
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	121 - 216
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	217 - 423
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	424 - 556
37	X-RAY DIFFRACTION	37	I	557 - 593
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	123 - 216
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	217 - 439
40	X-RAY DIFFRACTION	40	J	440 - 594
41	X-RAY DIFFRACTION	41	K	122 - 216
42	X-RAY DIFFRACTION	42	K	217 - 377
43	X-RAY DIFFRACTION	43	K	378 - 532
44	X-RAY DIFFRACTION	44	K	533 - 593
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	124 - 216
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	217 - 377
47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	378 - 498
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	499 - 594

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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