PDB-7qwh: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of a vanadium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qwh

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of a vanadium hydroxyquinoline complex with RNase A

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / metallodrug / protein-metal interaction / vanadium / oxo-vanadium

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.573 Å

データ登録者

Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2023
タイトル: Interaction of VIVO-8-hydroxyquinoline species with RNase A: the effect of metal ligands in the protein adduct stabilization
著者: Ferraro, G. / Vitale, L. / Sciortino, G. / Pisanu, F. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qwh.cif.gz	74.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qwh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qwh_validation.pdf.gz	795.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qwh_full_validation.pdf.gz	798.3 KB	表示
XML形式データ	7qwh_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	7qwh_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jvtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.740, 32.470, 72.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.511, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-210- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-I3Y / 2,2-bis($l^{1}-oxidanyl)-3-oxa-1$l^{4}-aza-2$l^{4}-vanadatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-1(12),4,6,8,10-pentaene 分子量: 229.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈NO₃V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG4K, 10 mM sodium citrate buffer pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.573→50.368 Å / Num. obs: 33104 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.573→1.6 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1547 / CC_1/2: 0.645 / R_pim(I) all: 0.384 / R_rim(I) all: 0.826 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1jvt

1jvt

解像度: 1.573→50.368 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.937 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	1553	4.691 %
R_work	0.1742	31551	-
all	0.176	-	-
obs	-	33104	98.951 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.521 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.055 Å²	-0 Å²	0.122 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.573→50.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	14	297	2213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.736	1.653	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.508	1.58	4095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.051	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.035	24.369	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.55	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.976	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	966
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.872	3.045	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.866	3.045	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.293	4.561	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.294	4.562	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.368	3.297	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.367	3.306	995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.215	4.795	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.226	4.802	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.357	37.485	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.23	36.577	2256

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.573-1.611	0.298	128	0.278	2187	X-RAY DIFFRACTION	93.6489
1.611-1.655	0.343	110	0.254	2231	X-RAY DIFFRACTION	97.827
1.655-1.703	0.302	129	0.232	2182	X-RAY DIFFRACTION	99.3551
1.703-1.755	0.253	102	0.205	2111	X-RAY DIFFRACTION	99.595
1.755-1.813	0.217	122	0.192	2085	X-RAY DIFFRACTION	99.5041
1.813-1.876	0.25	80	0.2	2020	X-RAY DIFFRACTION	99.5733
1.876-1.947	0.248	104	0.185	1943	X-RAY DIFFRACTION	99.5623
1.947-2.027	0.257	75	0.184	1888	X-RAY DIFFRACTION	99.6953
2.027-2.117	0.231	98	0.187	1780	X-RAY DIFFRACTION	99.7875
2.117-2.22	0.277	85	0.183	1716	X-RAY DIFFRACTION	99.5578
2.22-2.34	0.205	97	0.174	1631	X-RAY DIFFRACTION	99.7115
2.34-2.482	0.239	48	0.172	1571	X-RAY DIFFRACTION	99.8766
2.482-2.653	0.217	78	0.164	1467	X-RAY DIFFRACTION	99.549
2.653-2.865	0.232	70	0.172	1351	X-RAY DIFFRACTION	99.7893
2.865-3.138	0.18	56	0.159	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.4697
3.507-4.048	0.207	60	0.147	1012	X-RAY DIFFRACTION	99.3512
4.048-4.954	0.188	45	0.143	845	X-RAY DIFFRACTION	99.4413
4.954-6.99	0.325	18	0.187	701	X-RAY DIFFRACTION	99.4467

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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