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- PDB-7qvl: OESTROGEN RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH COMPOUND 38 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qvl
タイトルOESTROGEN RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH COMPOUND 38
要素Estrogen receptor
キーワードGENE REGULATION / OESTROGEN RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / 14-3-3 protein binding / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / TBP-class protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / beta-catenin binding / response to estrogen / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / ATPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GZI / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Breed, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Potent and Orally Bioavailable Zwitterionic Series of Selective Estrogen Receptor Degrader-Antagonists.
著者: Scott, J.S. / Stead, D. / Barlaam, B. / Breed, J. / Carbajo, R.J. / Chiarparin, E. / Cureton, N. / Davey, P.R.J. / Fisher, D.I. / Gangl, E.T. / Grebe, T. / Greenwood, R.D. / Hande, S. / ...著者: Scott, J.S. / Stead, D. / Barlaam, B. / Breed, J. / Carbajo, R.J. / Chiarparin, E. / Cureton, N. / Davey, P.R.J. / Fisher, D.I. / Gangl, E.T. / Grebe, T. / Greenwood, R.D. / Hande, S. / Hatoum-Mokdad, H. / Hughes, S.J. / Hunt, T.A. / Johnson, T. / Kavanagh, S.L. / Klinowska, T.C.M. / Larner, C.J.B. / Lawson, M. / Lister, A.S. / Longmire, D. / Marden, S. / McGuire, T.M. / McMillan, C. / McMurray, L. / Morrow, C.J. / Nissink, J.W.M. / Moss, T.A. / O'Donovan, D.H. / Polanski, R. / Stokes, S. / Thakur, K. / Trueman, D. / Truman, C. / Tucker, M.J. / Wang, H. / Whalley, N. / Wu, D. / Wu, Y. / Yang, B. / Yang, W.
履歴
登録2022年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3124
ポリマ－57,3112
非ポリマー1,0012
水3,243180
1
A: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1562
ポリマ－28,6561
非ポリマー5011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1562
ポリマ－28,6561
非ポリマー5011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.330, 52.390, 85.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 28655.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-GZI / (2~{R})-3-[(1~{R},3~{R})-1-[5-fluoranyl-2-[2-(3-fluoranylpropylamino)ethoxy]-3-methyl-pyridin-4-yl]-3-methyl-1,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-2-yl]-2-methyl-propanoic acid


分子量: 500.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34F2N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.98 Å / Num. obs: 36588 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43.11 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 118318 / Scaling rejects: 58
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 2.882 / Num. unique obs: 2502 / CC1/2: 0.504 / Rpim(I) all: 1.954 / Rrim(I) all: 3.496 / % possible all: 91.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SUO

6suo


解像度: 1.9→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Rfactor Rfree error: 0.022 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1659 4.72 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 35146 93.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 146.5 Å2 / Biso mean: 48.07 Å2 / Biso min: 23.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1098 Å20 Å20.2216 Å2
2---4.3706 Å20 Å2
3---0.2608 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3446 0 72 180 3698
Biso mean--40.02 51.53 -
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1251SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes71HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes533HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3656HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion489SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4376SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3656HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4972HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.48
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 60 4.47 %
Rwork0.242 1283 -
all0.243 1343 -
obs--44.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4045-0.8545-0.78781.90520.26751.453-0.0565-0.2137-0.16480.01550.0241-0.05690.01960.25840.0325-0.09910.06230.0078-0.07840.0671-0.177720.2866-5.714922.9957
23.09840.1970.01151.0566-0.03911.9339-0.0076-0.055-0.03740.00010.09270.0808-0.1364-0.2112-0.0851-0.03470.06590.0225-0.120.0376-0.1305-4.09076.342423.3142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A303 - 552
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B308 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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