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- PDB-7qvk: NM-02 in complex with HER2-ECD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qvk
タイトルNM-02 in complex with HER2-ECD
要素
  • NM-02
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードONCOPROTEIN / receptor tyrosine protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / PLCG1 events in ERBB2 signaling / neuromuscular junction development / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / positive regulation of Rho protein signal transduction / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / oligodendrocyte differentiation / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / coreceptor activity / Schwann cell development / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / GRB2 events in ERBB2 signaling / myelination / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neurogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of translation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / Signaling by ERBB2 ECD mutants / neuromuscular junction / neuron differentiation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / presynaptic membrane / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / early endosome / receptor complex / endosome membrane / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cowan, R. / Hall, G. / Carr, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Co-crystallisation and humanisation of an anti-HER2 single-domain antibody as a theranostic tool.
著者: Sawmynaden, K. / Wong, N. / Davies, S. / Cowan, R. / Brown, R. / Tang, D. / Henry, M. / Tickle, D. / Matthews, D. / Carr, M. / Bakrania, P. / Hoi Ting, H. / Hall, G.
履歴
登録2022年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_assembly
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly.details
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
BBB: NM-02
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7654
ポリマ－83,9572
非ポリマー8082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.767, 105.767, 185.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / ...Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / p185erbB2


分子量: 69622.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, MLN19, NEU, NGL / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04626, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体 NM-02


分子量: 14334.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
細胞株 (発現宿主): ExpiCHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.578768 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65199 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13% PEG6000 (w/v), 0.1 M MES pH 6.5, 7% 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→65.324 Å / Num. obs: 22490 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 101.26 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 19.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4001 / CC1/2: 0.34 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MY6

5my6


解像度: 3.1→65.324 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.777 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.38 / ESU R Free: 0.497 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3299 1186 5.284 %Random selection
Rwork0.2751 21261 --
all0.278 ---
obs0.2747 22447 99.858 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 105.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.441 Å2-1.721 Å20 Å2
2---3.441 Å2-0 Å2
3---11.163 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→65.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4783 0 53 0 4836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0174457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.6586767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5861.58610284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4045623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73522.627255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.89115764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7871530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2510.24754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.22367
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.22326
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0820.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1070.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.5860.21
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.05211.3372504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.05311.3352503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.35816.9833123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.35716.9853124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.34511.632459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.34511.632459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.34617.3553644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.34517.3563645
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.966134.5545371
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.966134.5725372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.399570.4471538X-RAY DIFFRACTION99.563
3.18-3.2670.456950.4171511X-RAY DIFFRACTION99.9378
3.267-3.3620.418800.3941447X-RAY DIFFRACTION100
3.362-3.4660.361030.3651423X-RAY DIFFRACTION100
3.466-3.5790.415750.3561380X-RAY DIFFRACTION100
3.579-3.7050.366530.3021362X-RAY DIFFRACTION100
3.705-3.8450.281860.2731287X-RAY DIFFRACTION100
3.845-4.0010.279700.2581248X-RAY DIFFRACTION100
4.001-4.1790.283780.2531195X-RAY DIFFRACTION99.9215
4.179-4.3830.25570.2231156X-RAY DIFFRACTION100
4.383-4.620.275690.2021099X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.90.203570.1961026X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.2380.307570.2181003X-RAY DIFFRACTION99.9057
5.238-5.6580.274400.226916X-RAY DIFFRACTION100
5.658-6.1970.338420.234863X-RAY DIFFRACTION100
6.197-6.9280.277460.234774X-RAY DIFFRACTION100
6.928-7.9970.389510.243680X-RAY DIFFRACTION100
7.997-9.790.281320.251593X-RAY DIFFRACTION100
9.79-13.8260.373200.258481X-RAY DIFFRACTION100
13.826-65.3240.534180.458279X-RAY DIFFRACTION97.3771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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