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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qv3 | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis MutS2-collided disome complex (MutS2 conf.2; Leading 70S) | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Collision / MutS2 / disome / RQC / ssra / ribosomal collision / mRNA endonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() mismatch repair complex / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ATP-dependent activity, acting on DNA / mismatch repair / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis ...mismatch repair complex / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ATP-dependent activity, acting on DNA / mismatch repair / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.14 Å | ||||||
![]() | Filbeck, S. / Pfeffer, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bacterial ribosome collision sensing by a MutS DNA repair ATPase paralogue. 著者: Federico Cerullo / Sebastian Filbeck / Pratik Rajendra Patil / Hao-Chih Hung / Haifei Xu / Julia Vornberger / Florian W Hofer / Jaro Schmitt / Guenter Kramer / Bernd Bukau / Kay Hofmann / ...著者: Federico Cerullo / Sebastian Filbeck / Pratik Rajendra Patil / Hao-Chih Hung / Haifei Xu / Julia Vornberger / Florian W Hofer / Jaro Schmitt / Guenter Kramer / Bernd Bukau / Kay Hofmann / Stefan Pfeffer / Claudio A P Joazeiro / ![]() ![]() 要旨: Ribosome stalling during translation is detrimental to cellular fitness, but how this is sensed and elicits recycling of ribosomal subunits and quality control of associated mRNA and incomplete ...Ribosome stalling during translation is detrimental to cellular fitness, but how this is sensed and elicits recycling of ribosomal subunits and quality control of associated mRNA and incomplete nascent chains is poorly understood. Here we uncover Bacillus subtilis MutS2, a member of the conserved MutS family of ATPases that function in DNA mismatch repair, as an unexpected ribosome-binding protein with an essential function in translational quality control. Cryo-electron microscopy analysis of affinity-purified native complexes shows that MutS2 functions in sensing collisions between stalled and translating ribosomes and suggests how ribosome collisions can serve as platforms to deploy downstream processes: MutS2 has an RNA endonuclease small MutS-related (SMR) domain, as well as an ATPase/clamp domain that is properly positioned to promote ribosomal subunit dissociation, which is a requirement both for ribosome recycling and for initiation of ribosome-associated protein quality control (RQC). Accordingly, MutS2 promotes nascent chain modification with alanine-tail degrons-an early step in RQC-in an ATPase domain-dependent manner. The relevance of these observations is underscored by evidence of strong co-occurrence of MutS2 and RQC genes across bacterial phyla. Overall, the findings demonstrate a deeply conserved role for ribosome collisions in mounting a complex response to the interruption of translation within open reading frames. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 012346CDEFGJKLMNOPQRSTUWXYZu
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ABHVa
#7: RNA鎖 | 分子量: 8384.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 36157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1837880844 |
#14: RNA鎖 | 分子量: 24815.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1837880844 |
#28: RNA鎖 | 分子量: 949630.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1491848961 |
#33: RNA鎖 | 分子量: 496854.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 225184640 |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#34: タンパク質 | 分子量: 6794.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence derived from GenBank: CUB51505.1 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21478 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 24364.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21465 |
#36: タンパク質 | 分子量: 22874.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21466 |
#37: タンパク質 | 分子量: 17650.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21467 |
#38: タンパク質 | 分子量: 11140.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21468 |
#39: タンパク質 | 分子量: 17915.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21469 |
#40: タンパク質 | 分子量: 14901.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P12879 |
#41: タンパク質 | 分子量: 14335.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21470 |
#42: タンパク質 | 分子量: 11687.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21471 |
#43: タンパク質 | 分子量: 13952.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P04969 |
#44: タンパク質 | 分子量: 15248.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21472 |
#45: タンパク質 | 分子量: 13818.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P20282 |
#46: タンパク質 | 分子量: 7263.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P12878 |
#47: タンパク質 | 分子量: 10597.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21473 |
#48: タンパク質 | 分子量: 10153.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21474 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10220.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P12874 |
#50: タンパク質 | 分子量: 8990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21475 |
#51: タンパク質 | 分子量: 10607.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21476 |
#52: タンパク質 | 分子量: 9622.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 / 参照: UniProt: P21477 |
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 3分子 Ivw
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#54: タンパク質 | 分子量: 87547.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 168 参照: UniProt: P94545, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Collided disome from Bacillus subtilis / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 8297591 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5078 / 対称性のタイプ: POINT |