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- PDB-7qv0: Covalent complex between Scalindua brodae amxFabZ and amxACP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qv0
タイトルCovalent complex between Scalindua brodae amxFabZ and amxACP
要素
  • Acyl carrier protein
  • Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / lipid biosynthesis / ladderane / acyl carrier protein / dehydratase (脱水酵素) / FabZ / ACP
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / HotDog domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GC5 / Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Barends, T. / Dietl, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724362European Union
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of an unusual 3-hydroxyacyl dehydratase (FabZ) from a ladderane-producing organism with an unexpected substrate preference.
著者: Dietl, A. / Wellach, K. / Mahadevan, P. / Mertes, N. / Winter, S.L. / Kutsch, T. / Walz, C. / Schlichting, I. / Fabritz, S. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02023年4月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
B: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
C: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
D: Acyl carrier protein
E: Acyl carrier protein
F: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7729
ポリマ－76,4086
非ポリマー1,3633
水543
1
A: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
B: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
C: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
D: Acyl carrier protein
E: Acyl carrier protein
F: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
B: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
C: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
D: Acyl carrier protein
E: Acyl carrier protein
F: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,54418
ポリマ－152,81712
非ポリマー2,7276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)94.789, 94.789, 158.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))A4 - 76
121(chain 'A' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))A84 - 141
131(chain 'A' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))A202
141(chain 'A' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))A301
251(chain 'B' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))B4 - 76
261(chain 'B' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))B84 - 141
271(chain 'B' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))B202
281(chain 'B' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))B301
391(chain 'C' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))C4 - 76
3101(chain 'C' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))C84 - 141
3111(chain 'C' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))C202
3121(chain 'C' and (resid 4 through 76 or resid 84 through 141 or resid 202 through 301))C301
1132chain 'E'E2 - 84
2142chain 'D'D2 - 84
3152chain 'F'F2 - 84

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase


分子量: 15942.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EHL2
#2: タンパク質 Acyl carrier protein /


分子量: 9526.851 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EN18
#3: 化合物 ChemComp-GC5 / S-[2-[3-[[(2R)-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (Z)-hex-2-enethioate


分子量: 454.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H31N2O8PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % / 解説: needle-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→45.4 Å / Num. obs: 17797 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 76.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.49→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 927 / CC1/2: 0.683

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y52

6y52
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.49→45.4 Å / SU ML: 0.1868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.0634
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 904 5.08 %
Rwork0.2407 16893 -
obs0.2424 17797 60.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 134.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→45.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5179 0 84 3 5266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00545335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88097183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046903
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.39052009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.650.5683180.5079294X-RAY DIFFRACTION6.49
2.65-2.850.3764470.3597795X-RAY DIFFRACTION17.49
2.85-3.140.36121030.31581895X-RAY DIFFRACTION41.32
3.14-3.590.29372310.27534381X-RAY DIFFRACTION94.43
3.59-4.520.25582240.21654702X-RAY DIFFRACTION99.84
4.52-45.40.26282810.23434826X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29617704913-1.34508436774-1.516291906953.05702832317-1.638157221316.61227561950.0137409131435-0.3516767274580.1342316719570.0121674716104-0.157349256614-0.175373793571-0.5578760973040.170038504571-0.00403381779634-0.0276398770420.0346967818847-0.06660708839480.390622525328-0.0232211961090.1590405686641.413266589758.6832685035420.3658134123
25.32363330466-0.03782544907751.876103473852.6023495703-1.829488669455.74241506799-0.127255554207-0.3923570366110.2819887852470.283258337480.0382913931821-0.445931714041-0.6414576419450.866222536567-0.01029743448980.0523997971154-0.1773656773220.05469420741651.279572881140.2120389455150.5739669746739.36668250959.5289404451515.8482949783
35.844820403420.0948339150485-0.02888349777813.933429403891.116763237525.754592288620.0302942885813-0.13069630577-0.0315303537075-0.0324683756905-0.33508106914-0.31670619350.1161429514180.510545407373-0.02763417557810.006315377332370.1316176532970.1234612985110.6423830764890.2326858405920.30675927902723.97572920881.687874639883.73492493966
40.524066015638-0.574336532404-0.08028920519530.6274094244020.0403702392690.670861449975-0.8245085739420.8409097660860.51124343711-1.253457924050.691353681586-0.1550851709040.3922385776670.9980479567920.0001454450788592.09397090412-0.3160148957770.1710361442141.628112303640.478488680321.457154965637.462508140525.8032395628-11.9394662802
50.1776685865560.218839385938-0.1234461547570.266543320765-0.1487335153090.09676550567980.4214583974161.768768402750.104201377822-0.7502535326590.870248396004-1.12815661533-1.222023553830.121620934772-2.522609269E-81.847239006490.1968827470450.7105665550472.78384477831-0.3775791847932.259891235849.53629637841.17264136187-14.0518046972
60.461338326215-0.2487167721390.4319936846880.325135998134-0.1149432391570.4592697357880.142309150024-0.04776622161460.360086094639-0.6072704153090.7156753837082.087821377180.396362550904-0.8679227381091.24997858605E-81.04944525994-0.34159846395-0.2529668451551.99860261237-0.01865084297872.25070904527-25.2754361808-8.9383345843214.9832861151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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