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万見
- PDB-7quu: Red1-Iss10 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7quu
タイトルRed1-Iss10 complex
要素
  • NURS complex subunit red1
  • Uncharacterized protein C7D4.14c
キーワードRNA / MTREC complex / RNA degradation / meiosis
機能・相同性
機能・相同性情報


MTREC complex / nucleolar peripheral inclusion body / cleavage body / sno(s)RNA processing / regulation of siRNA-mediated facultative heterochromatin formation / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex ...MTREC complex / nucleolar peripheral inclusion body / cleavage body / sno(s)RNA processing / regulation of siRNA-mediated facultative heterochromatin formation / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island / exosome (RNase complex) / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear body / chromatin / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative zinc-finger domain / NURS complex subunit red1 / Putative zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein C7D4.14c / NURS complex subunit red1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mackereth, C.D. / Kadlec, J. / Laroussi, H.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
ATIP-Avenir フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)IR-RMN-THC Fr3050 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of Red1 as a conserved scaffold of the RNA-targeting MTREC/PAXT complex.
著者: Foucher, A.E. / Touat-Todeschini, L. / Juarez-Martinez, A.B. / Rakitch, A. / Laroussi, H. / Karczewski, C. / Acajjaoui, S. / Soler-Lopez, M. / Cusack, S. / Mackereth, C.D. / Verdel, A. / Kadlec, J.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein C7D4.14c
B: NURS complex subunit red1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8922
ポリマ－11,8922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein C7D4.14c


分子量: 6592.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPAC7D4.14c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14269
#2: タンパク質・ペプチド NURS complex subunit red1


分子量: 5299.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: red1, iss3, SPAC1006.03c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTR8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic22D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D HN(CA)CO
152isotropic13D HNCA
162isotropic13D HN(CA)CB
172isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HNHA
192isotropic13D HA(CACO)NH
1102isotropic13D H(CCO)NH
1112isotropic13D H(CCO)NH
1123isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1133isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1142isotropic13D 1H-15N NOESY
1152isotropic23D 1H-13C NOESY
1164isotropic12D 1H-1H TOCSY
1174isotropic12D DQF-COSY
1184isotropic12D 1H-1H NOESY
1191isotropic12D TROSY-RDC isotropic
1201anisotropic12D TROSY-RDC phage

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1150 uM [U-99% 15N] Red1, 150 uM [U-99% 15N] Iss10, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution2500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Red1, 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Iss10, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O13C15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution3500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Red1, 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Iss10, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 100% D2O13C15N_D2O100% D2O
solution4150 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Red1, 150 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Iss10, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 100% D2O10c_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 uMRed1[U-99% 15N]1
150 uMIss10[U-99% 15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
500 uMRed1[U-99% 13C; U-99% 15N]2
500 uMIss10[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMTRISnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
500 uMRed1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
500 uMIss10[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMTRISnatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance3
150 uMRed1[U-99% 13C; U-99% 15N]4
150 uMIss10[U-99% 13C; U-99% 15N]4
20 mMTRISnatural abundance4
150 mMsodium chloridenatural abundance4
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance4
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7001PA TXI 700S4 H-C/N-D-05 Z BTO
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002TCI 800S6 H-C/N-D-05 Z P

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4.0.6Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyNMRFAMGoddardchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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