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万見
- PDB-7qus: SARS-CoV-2 Spike, C3 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qus
タイトルSARS-CoV-2 Spike, C3 symmetry
要素Spike glycoprotein,Fibritin
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 Spike
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion ...virion component / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike glycoprotein, N-terminal domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike glycoprotein, N-terminal domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LINOLEIC ACID / Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Yang, Y. / Liu, J.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Pathogen-sugar interactions revealed by universal saturation transfer analysis.
著者: Charles J Buchanan / Ben Gaunt / Peter J Harrison / Yun Yang / Jiwei Liu / Aziz Khan / Andrew M Giltrap / Audrey Le Bas / Philip N Ward / Kapil Gupta / Maud Dumoux / Tiong Kit Tan / Lisa ...著者: Charles J Buchanan / Ben Gaunt / Peter J Harrison / Yun Yang / Jiwei Liu / Aziz Khan / Andrew M Giltrap / Audrey Le Bas / Philip N Ward / Kapil Gupta / Maud Dumoux / Tiong Kit Tan / Lisa Schimaski / Sergio Daga / Nicola Picchiotti / Margherita Baldassarri / Elisa Benetti / Chiara Fallerini / Francesca Fava / Annarita Giliberti / Panagiotis I Koukos / Matthew J Davy / Abirami Lakshminarayanan / Xiaochao Xue / Georgios Papadakis / Lachlan P Deimel / Virgínia Casablancas-Antràs / Timothy D W Claridge / Alexandre M J J Bonvin / Quentin J Sattentau / Simone Furini / Marco Gori / Jiandong Huo / Raymond J Owens / Christiane Schaffitzel / Imre Berger / Alessandra Renieri / / James H Naismith / Andrew J Baldwin / Benjamin G Davis /
要旨: Many pathogens exploit host cell-surface glycans. However, precise analyses of glycan ligands binding with heavily modified pathogen proteins can be confounded by overlapping sugar signals and/or ...Many pathogens exploit host cell-surface glycans. However, precise analyses of glycan ligands binding with heavily modified pathogen proteins can be confounded by overlapping sugar signals and/or compounded with known experimental constraints. Universal saturation transfer analysis (uSTA) builds on existing nuclear magnetic resonance spectroscopy to provide an automated workflow for quantitating protein-ligand interactions. uSTA reveals that early-pandemic, B-origin-lineage severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike trimer binds sialoside sugars in an "end-on" manner. uSTA-guided modeling and a high-resolution cryo-electron microscopy structure implicate the spike N-terminal domain (NTD) and confirm end-on binding. This finding rationalizes the effect of NTD mutations that abolish sugar binding in SARS-CoV-2 variants of concern. Together with genetic variance analyses in early pandemic patient cohorts, this binding implicates a sialylated polylactosamine motif found on tetraantennary N-linked glycoproteins deep in the human lung as potentially relevant to virulence and/or zoonosis.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年6月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年6月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification ..._em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id
改定 1.42025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein,Fibritin
B: Spike glycoprotein,Fibritin
C: Spike glycoprotein,Fibritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,98254
ポリマ－419,2083
非ポリマー14,77451
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area57520 Å2
ΔGint85 kcal/mol
Surface area130720 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "A"
d_3ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLNGLNASPASPAA14 - 113914 - 1139
d_12NAGNAGNAGNAGAP1301
d_13NAGNAGNAGNAGAQ1302
d_14NAGNAGNAGNAGAR1303
d_15NAGNAGNAGNAGAS1304
d_16NAGNAGNAGNAGAT1305
d_17NAGNAGNAGNAGAU1306
d_18NAGNAGNAGNAGAV1307
d_19NAGNAGNAGNAGAW1308
d_110NAGNAGNAGNAGAX1309
d_111NAGNAGNAGNAGAY1310
d_112NAGNAGNAGNAGAZ1311
d_113NAGNAGNAGNAGAAA1312
d_114NAGNAGNAGNAGDD1
d_115NAGNAGNAGNAGEE1
d_116NAGNAGNAGNAGFF1
d_117NAGNAGFUCFUCGG1 - 2
d_118EICEICEICEICABA1313
d_21GLNGLNASPASPBB14 - 113914 - 1139
d_22NAGNAGNAGNAGBCA1301
d_23NAGNAGNAGNAGBDA1302
d_24NAGNAGNAGNAGBEA1303
d_25NAGNAGNAGNAGBFA1304
d_26NAGNAGNAGNAGBGA1305
d_27NAGNAGNAGNAGBHA1306
d_28NAGNAGNAGNAGBIA1307
d_29NAGNAGNAGNAGBJA1308
d_210NAGNAGNAGNAGBKA1309
d_211NAGNAGNAGNAGBLA1310
d_212NAGNAGNAGNAGBMA1311
d_213NAGNAGNAGNAGBNA1312
d_214NAGNAGNAGNAGHH1
d_215NAGNAGNAGNAGII1
d_216NAGNAGNAGNAGJJ1
d_217NAGNAGFUCFUCKK1 - 2
d_218EICEICEICEICBOA1313
d_31GLNGLNASPASPCC14 - 113914 - 1139
d_32NAGNAGNAGNAGCQA1302
d_33NAGNAGNAGNAGCRA1303
d_34NAGNAGNAGNAGCSA1304
d_35NAGNAGNAGNAGCTA1305
d_36NAGNAGNAGNAGCUA1306
d_37NAGNAGNAGNAGCVA1307
d_38NAGNAGNAGNAGCWA1308
d_39NAGNAGNAGNAGCXA1309
d_310NAGNAGNAGNAGCYA1310
d_311NAGNAGNAGNAGCZA1311
d_312NAGNAGNAGNAGCAB1312
d_313NAGNAGNAGNAGCBB1313
d_314NAGNAGNAGNAGLL1
d_315NAGNAGNAGNAGMM1
d_316NAGNAGNAGNAGNN1
d_317NAGNAGFUCFUCOO1 - 2
d_318EICEICEICEICCPA1301

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein,Fibritin / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Collar protein / Whisker antigen control protein


分子量: 139735.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: S, 2, wac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2, UniProt: P10104
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID / リノ-ル酸


分子量: 280.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SARS-CoV-2 Spike, C3 symmetry / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)2697049
31Enterobacteria phage T4 (ファージ)10665
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 551582 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 52.22 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00227333
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.448937170
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04084389
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00364728
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.71414011
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.44926616055E-12
ens_1d_3CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.79984999977E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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