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万見
- PDB-7qup: D. melanogaster 13-protofilament microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qup
タイトルD. melanogaster 13-protofilament microtubule
要素
  • Tubulin alpha-1 chain
  • Tubulin beta-1 chain
キーワードCELL CYCLE / Cytyoskeleton / microtubules / cytomotive filaments
機能・相同性
機能・相同性情報


HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / astral microtubule / Neutrophil degranulation / lysosome localization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton ...HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / astral microtubule / Neutrophil degranulation / lysosome localization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin alpha-1 chain / Tubulin beta-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wagstaff, J. / Planelles-Herrero, V.J. / Derivery, E. / Lowe, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105184326 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Diverse cytomotive actins and tubulins share a polymerization switch mechanism conferring robust dynamics.
著者: James Mark Wagstaff / Vicente José Planelles-Herrero / Grigory Sharov / Aisha Alnami / Frank Kozielski / Emmanuel Derivery / Jan Löwe /
要旨: Protein filaments are used in myriads of ways to organize other molecules within cells. Some filament-forming proteins couple the hydrolysis of nucleotides to their polymerization cycle, thus ...Protein filaments are used in myriads of ways to organize other molecules within cells. Some filament-forming proteins couple the hydrolysis of nucleotides to their polymerization cycle, thus powering the movement of other molecules. These filaments are termed cytomotive. Only members of the actin and tubulin protein superfamilies are known to form cytomotive filaments. We examined the basis of cytomotivity via structural studies of the polymerization cycles of actin and tubulin homologs from across the tree of life. We analyzed published data and performed structural experiments designed to disentangle functional components of these complex filament systems. Our analysis demonstrates the existence of shared subunit polymerization switches among both cytomotive actins and tubulins, i.e., the conformation of subunits switches upon assembly into filaments. These cytomotive switches can explain filament robustness, by enabling the coupling of kinetic and structural polarities required for cytomotive behaviors and by ensuring that single cytomotive filaments do not fall apart.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
10A: Tubulin alpha-1 chain
10B: Tubulin beta-1 chain
10C: Tubulin alpha-1 chain
10D: Tubulin beta-1 chain
10E: Tubulin alpha-1 chain
11A: Tubulin alpha-1 chain
11B: Tubulin beta-1 chain
11C: Tubulin alpha-1 chain
11D: Tubulin beta-1 chain
11E: Tubulin alpha-1 chain
12A: Tubulin alpha-1 chain
12B: Tubulin beta-1 chain
12C: Tubulin alpha-1 chain
12D: Tubulin beta-1 chain
12E: Tubulin alpha-1 chain
13A: Tubulin alpha-1 chain
13B: Tubulin beta-1 chain
13C: Tubulin alpha-1 chain
13D: Tubulin beta-1 chain
13E: Tubulin alpha-1 chain
1A: Tubulin alpha-1 chain
1B: Tubulin beta-1 chain
1C: Tubulin alpha-1 chain
1D: Tubulin beta-1 chain
1E: Tubulin alpha-1 chain
2A: Tubulin alpha-1 chain
2B: Tubulin beta-1 chain
2C: Tubulin alpha-1 chain
2D: Tubulin beta-1 chain
2E: Tubulin alpha-1 chain
3A: Tubulin alpha-1 chain
3B: Tubulin beta-1 chain
3C: Tubulin alpha-1 chain
3D: Tubulin beta-1 chain
3E: Tubulin alpha-1 chain
4A: Tubulin alpha-1 chain
4B: Tubulin beta-1 chain
4C: Tubulin alpha-1 chain
4D: Tubulin beta-1 chain
4E: Tubulin alpha-1 chain
5A: Tubulin alpha-1 chain
5B: Tubulin beta-1 chain
5C: Tubulin alpha-1 chain
5D: Tubulin beta-1 chain
5E: Tubulin alpha-1 chain
6A: Tubulin alpha-1 chain
6B: Tubulin beta-1 chain
6C: Tubulin alpha-1 chain
6D: Tubulin beta-1 chain
6E: Tubulin alpha-1 chain
7A: Tubulin alpha-1 chain
7B: Tubulin beta-1 chain
7C: Tubulin alpha-1 chain
7D: Tubulin beta-1 chain
7E: Tubulin alpha-1 chain
8A: Tubulin alpha-1 chain
8B: Tubulin beta-1 chain
8C: Tubulin alpha-1 chain
8D: Tubulin beta-1 chain
8E: Tubulin alpha-1 chain
9A: Tubulin alpha-1 chain
9B: Tubulin beta-1 chain
9C: Tubulin alpha-1 chain
9D: Tubulin beta-1 chain
9E: Tubulin alpha-1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,330,720169
ポリマ－3,297,84565
非ポリマー32,875104
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Tubulin alpha-1 chain


分子量: 52772.324 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: alphaTub84B, tubA84B, CG1913
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P06603
#2: タンパク質 ...
Tubulin beta-1 chain / Beta-1-tubulin


分子量: 47681.707 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q24560
#3: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Microtubule / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.170 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 6.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 32 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 39594 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Resolution was determined against the atomic model, suing FSC 0.5
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3J1T

3j1t


Accession code: 3J1T / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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