PDB-7qtf: Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qtf

タイトル

Crystal Structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase PlaO1 in complex with sodium succinate

要素

PlaO1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Dioxygenase / non-heme iron / Fe(II) / alpha-ketoglutarate / 2-oxoglutarate / terpene synthesis / Phenalinolactone

機能・相同性

機能・相同性情報

taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Lukat, P. / Daum, M. / Bechthold, A. / Einsle, O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Thesis / 年: 2011
タイトル: Structural investigations on the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygense PlaO1 from Streptomyces sp. Tu6071
著者: Lukat, P.

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qtf.cif.gz	682.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qtf.ent.gz	574.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qtf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qtf_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qtf_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7qtf_validation.xml.gz	52.6 KB	表示
CIF形式データ	7qtf_validation.cif.gz	78 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qtdC 7qteC 7qtgC 1gqwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PlaO1

B: PlaO1

C: PlaO1

D: PlaO1

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.894, 108.172, 115.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.870, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	PlaO1 分子量: 33847.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: PlaO1 expressed with C-terminal TEV protease cleavage site and Strep-tag II after digestion with TEV protease 由来: (組換発現) Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア) 遺伝子: plaO1, STTU_1451 / プラスミド: pETTSC / 詳細 (発現宿主): modified pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q2I752

#1: タンパク質

PlaO1

分子量: 33847.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PlaO1 expressed with C-terminal TEV protease cleavage site and Strep-tag II after digestion with TEV protease
由来: (組換発現)

Streptomyces sp. Tu6071 (バクテリア)
遺伝子: plaO1, STTU_1451 / プラスミド: pETTSC / 詳細 (発現宿主): modified pET21a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q2I752

-
非ポリマー , 5種, 1078分子

#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 36 % Tacsimate pH 7.0 soak: 15 min 375 mM Na succinate, 250 mM NaHCO3 Cryo: 100 % Tacsimate pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→78.72 Å / Num. obs: 226503 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.57 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 857403 / Scaling rejects: 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.7 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.55-1.63	0.548	123600	33039	0.844	0.329	0.641	2.4	99.9
4.89-78.72	0.014	27291	7290	1	0.008	0.016	61.1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20-4459	精密化
autoPROC	1.0.5	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1gqw

1gqw

解像度: 1.55→48.46 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1729	11058	4.88 %
R_work	0.1505	215340	-
obs	0.1516	226398	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.29 Å² / B_iso mean: 27.7524 Å² / B_iso min: 10.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→48.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8943	0	77	1067	10087
B_iso mean	-	-	35.89	33.59	-
残基数	-	-	-	-	1117

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.56	0.2489	374	0.2449	7161	7535	100
1.56-1.58	0.2552	398	0.2372	7078	7476	100
1.58-1.6	0.2483	353	0.2246	7208	7561	100
1.6-1.62	0.2456	364	0.2163	7159	7523	100
1.62-1.64	0.2278	401	0.2031	7191	7592	100
1.64-1.67	0.2151	393	0.1892	7094	7487	100
1.67-1.69	0.1987	360	0.1771	7182	7542	100
1.69-1.72	0.209	383	0.1741	7127	7510	100
1.72-1.74	0.1925	372	0.1716	7143	7515	100
1.74-1.77	0.2152	346	0.1666	7261	7607	100
1.77-1.8	0.1954	361	0.1703	7123	7484	100
1.8-1.83	0.1958	398	0.1633	7165	7563	100
1.83-1.87	0.1867	339	0.1652	7172	7511	100
1.87-1.91	0.2018	347	0.1626	7203	7550	100
1.91-1.95	0.1575	372	0.1428	7179	7551	100
1.95-1.99	0.1741	341	0.1414	7232	7573	100
1.99-2.04	0.1724	347	0.1405	7135	7482	100
2.04-2.1	0.1758	373	0.1371	7176	7549	100
2.1-2.16	0.143	370	0.1326	7154	7524	100
2.16-2.23	0.1482	359	0.1299	7170	7529	100
2.23-2.31	0.1646	375	0.1361	7202	7577	100
2.31-2.4	0.158	379	0.1375	7155	7534	100
2.4-2.51	0.1657	359	0.1385	7223	7582	100
2.51-2.64	0.1791	386	0.1476	7150	7536	100
2.64-2.81	0.1727	372	0.1524	7165	7537	100
2.81-3.03	0.1865	361	0.1597	7209	7570	100
3.03-3.33	0.1704	365	0.1479	7184	7549	100
3.33-3.81	0.1491	352	0.1335	7232	7584	100
3.81-4.8	0.134	391	0.1184	7233	7624	100
4.8-48.46	0.1931	367	0.1756	7274	7641	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9578	0.2177	1.354	2.4009	0.1256	6.1908	-0.1055	0.3777	-0.0241	-0.361	-0.0754	-0.156	-0.0612	0.1841	0.2335	0.2347	0.0089	0.0151	0.2081	-0.004	0.1658	-0.1687	-11.1663	-6.4042
2	2.3352	-0.0606	1.071	1.5203	0.77	2.1807	0.0487	0.2206	0.086	-0.3636	-0.1673	0.0966	-0.0173	0.037	0.0895	0.2466	0.0343	-0.0218	0.1769	-0.0175	0.165	-9.9477	-18.2854	-10.1482
3	1.9083	-0.3205	0.8996	2.2134	0.2716	1.6914	0.0012	0.0332	0.0928	-0.2068	-0.176	0.5126	-0.096	-0.3115	0.1274	0.208	0.031	-0.0541	0.2264	-0.0642	0.2479	-19.0045	-11.6338	-6.203
4	1.1719	-0.4802	0.6725	0.2066	-0.1491	1.3151	0.0653	-0.0337	0.254	-0.0287	-0.2172	0.348	-0.1203	-0.2869	0.0587	0.1713	0.0446	-0.0392	0.2031	-0.0617	0.3082	-21.1748	-6.5933	4.7071
5	0.7566	0.2013	-0.01	0.7146	0.3272	0.8318	-0.0254	0.0359	0.0414	0.0063	-0.0313	0.0903	-0.0174	0.0081	0.0548	0.1292	-0.0037	0.0001	0.1276	-0.0168	0.1304	-5.1635	-11.3737	9.6875
6	4.5718	-3.8593	1.5036	6.6943	-2.2054	2.3031	-0.166	-0.0885	0.0541	0.1737	0.1418	0.788	-0.2391	-0.6587	0.0113	0.1581	0.0237	-0.0001	0.297	-0.0435	0.2645	-21.0564	-12.3188	20.4051
7	0.6514	-0.0931	-0.1207	0.8367	0.2188	1.4492	-0.0132	0.0121	-0.0095	-0.0077	-0.0756	0.1055	0.0321	-0.0834	0.084	0.1406	-0.0157	-0.0047	0.1465	-0.0043	0.1389	-7.9938	-13.5644	19.9868
8	0.9709	0.9401	0.109	1.2949	0.5012	0.907	-0.0433	0.0735	0.2632	-0.2024	-0.0564	0.2946	-0.1015	-0.098	0.0716	0.1631	0.0204	-0.04	0.1404	-0.005	0.1897	-10.0467	-3.6001	1.3937
9	0.8507	0.2716	0.1584	1.1995	-0.0923	2.2199	0.103	0.0065	0.0422	0.1206	-0.0115	0.3948	0.1788	-0.425	0.0013	0.2877	-0.0805	0.0814	0.2551	-0.0091	0.2783	-15.3508	-22.0588	26.2959
10	1.548	0.376	-0.1616	3.4956	-1.6149	3.455	-0.261	-0.0407	-0.1233	0.1524	0.1953	0.1501	0.1831	-0.4009	0.0133	0.2901	0.0034	0.0196	0.3096	-0.0445	0.3358	-14.0168	0.9635	30.8647
11	2.1948	0.6167	-0.5145	1.7393	-0.3603	1.5544	-0.0709	0.2518	0.0651	-0.539	0.0463	-0.1123	0.0505	0.0374	-0.0004	0.2592	0.0089	0.0192	0.1681	0.0151	0.1278	7.6604	14.7772	-8.2194
12	2.2884	-0.1207	-0.4513	2.1056	0.0755	1.1432	0.015	0.0899	-0.0023	-0.232	0.0182	-0.5197	0.031	0.2791	-0.0426	0.2159	0.023	0.0622	0.2404	0.0118	0.2757	21.5807	9.8199	-4.4163
13	1.7341	-0.3289	-0.8755	0.0937	0.2773	0.8658	0.0438	-0.03	-0.4103	0.0963	-0.0917	-0.395	0.2022	0.2822	0.0982	0.1916	0.0548	0.025	0.247	0.0024	0.3849	21.7224	1.4106	5.4358
14	0.5729	0.1825	-0.1025	0.7207	0.3497	1.2308	0.0017	-0.0103	-0.0334	-0.0238	0.006	-0.1232	0.0034	0.1371	-0.0148	0.1205	-0.0022	0.0028	0.1464	0.0165	0.1479	10.8589	13.1165	14.9718
15	1.2826	-0.5489	0.9379	0.9311	-0.3358	4.8773	0.0339	-0.0452	-0.0609	0.0387	-0.0602	-0.0424	0.1654	0.0626	0.006	0.1136	-0.0118	0.004	0.1228	0	0.1208	3.392	8.5996	24.3976
16	1.0634	1.0352	0.0042	1.5466	-0.0328	0.9963	0.0066	0.0683	-0.2847	-0.148	-0.0045	-0.3563	0.1466	0.1155	-0.0054	0.1632	0.0278	0.0152	0.1509	-0.0017	0.2041	11.7909	2.3884	2.9356
17	1.3059	0.3341	-0.3423	1.5462	0.2108	1.9808	0.1231	-0.1497	-0.0451	0.1957	0.0244	-0.2582	-0.1497	0.284	-0.1221	0.2295	-0.0474	-0.0448	0.2021	-0.0057	0.2164	13.0716	21.7283	27.4701
18	1.3531	-0.1599	0.0428	3.1915	1.2749	2.4232	-0.1298	-0.0845	-0.0545	0.1536	0.1325	-0.026	-0.1501	0.3234	0.0128	0.3094	-0.0112	0.0195	0.3397	0.0617	0.3149	11.7446	-1.3713	32.5038
19	1.7514	-0.272	0.5126	1.4094	-0.3642	1.566	-0.0817	-0.2845	-0.06	0.5553	0.0144	-0.0921	-0.1578	-0.005	0.0382	0.2784	-0.011	-0.0067	0.1809	0.0233	0.1323	3.0536	-14.7377	66.8357
20	2.1258	0.1259	0.556	2.3725	0.1401	1.5618	0.0209	-0.1438	0.0924	0.2355	-0.0664	-0.5632	-0.1059	0.3058	0.0502	0.2185	-0.047	-0.0726	0.2311	0.0521	0.2413	16.8065	-9.8988	64.4457
21	0.601	-0.1836	0.0991	0.7518	-0.1042	1.2694	-0.0151	-0.0434	0.109	0.0813	-0.057	-0.2309	-0.0765	0.1711	0.0486	0.1406	-0.013	-0.0169	0.1603	0.0321	0.1853	10.2824	-8.128	50.5247
22	2.5855	1.7773	0.1302	3.6743	0.494	1.489	-0.0708	0.0285	0.1341	-0.1121	0.004	-0.6148	-0.1594	0.6241	-0.0098	0.143	-0.035	-0.0004	0.303	0.0493	0.267	19.5355	-11.2766	37.4706
23	0.8887	-0.0112	-0.445	1.2922	-0.2311	2.3414	-0.0102	-0.0278	-0.0384	0.0113	-0.086	-0.0294	0.0609	0.1521	0.0933	0.1289	0.0227	-0.0037	0.1501	0.0174	0.1357	7.7958	-16.4765	40.9807
24	1.2905	0.0031	-1.2306	1.2568	0.006	4.3447	0.0444	0.0414	0.0337	-0.0799	-0.0723	-0.079	-0.144	0.0972	0.0201	0.1466	0.0101	-0.011	0.1405	0.0036	0.1337	2.5131	-8.4112	33.8174
25	1.1731	-1.0363	-0.041	1.601	-0.5853	1.105	-0.0258	-0.0671	0.2349	0.2045	-0.0496	-0.3443	-0.137	0.1466	0.056	0.179	-0.0276	-0.0293	0.1555	0.0132	0.1893	8.1713	-2.6325	55.8687
26	0.9211	-0.4064	0.2597	0.8301	-0.0955	2.8366	0.131	0.0648	0.0491	-0.1781	-0.0337	-0.3256	0.1768	0.3685	-0.0069	0.3108	0.0742	0.0786	0.2297	0.0124	0.2575	12.89	-21.6987	32.0435
27	1.6853	0.4755	0.4754	5.636	2.7934	4.0479	-0.2714	0.0973	-0.0589	-0.2991	0.2761	-0.1625	0.1145	0.5689	-0.0015	0.3174	-0.0031	-0.0035	0.333	0.0587	0.3118	12.4119	0.9903	26.1833
28	4.0417	-0.4149	-3.1642	2.4674	1.2408	7.8035	-0.2226	-0.4844	-0.0487	0.4639	-0.0116	-0.1252	0.1923	0.1426	0.255	0.2484	0.0046	-0.0208	0.2176	0.0044	0.1493	-4.9461	11.0114	63.5877
29	3.2739	0.389	-1.5036	1.2725	0.6817	2.2924	0.0782	-0.3269	-0.061	0.4656	-0.2045	0.158	0.157	0.0751	0.0899	0.2944	-0.0368	0.0433	0.1864	-0.0251	0.1586	-14.872	18.389	66.0752
30	2.5166	-0.0748	-0.7201	2.2809	-0.2085	1.732	0.0698	-0.1331	-0.0671	0.1807	-0.0381	0.4403	0.0125	-0.2446	-0.0414	0.2387	-0.0283	0.058	0.2151	-0.0234	0.23	-23.5335	11.4489	61.2087
31	1.484	0.4109	-0.7999	0.1077	-0.2213	1.5227	0.013	0.0438	-0.2883	0.027	-0.0877	0.2866	0.1783	-0.2531	0.0452	0.2003	-0.0421	0.0332	0.2262	-0.023	0.3108	-24.0367	5.9661	49.725
32	0.9168	-0.0833	-0.2166	1.1034	-0.3492	1.2092	-0.0115	-0.0613	-0.0685	0.0728	-0.0141	0.0807	0.0187	0.0022	0.025	0.1251	-0.001	0.0034	0.1203	-0.0139	0.1145	-7.6821	11.3342	46.9275
33	3.9468	2.8628	-1.2892	4.7998	-1.6933	2.0304	-0.1411	0.2202	-0.0714	-0.2029	0.1655	0.6151	0.2479	-0.4749	-0.0673	0.1496	-0.0266	0.0006	0.2576	-0.0274	0.2415	-22.0554	12.1229	34.4882
34	0.8716	0.0558	0.1267	1.182	-0.153	1.46	0.0113	-0.0035	0.0152	0.0811	-0.0218	0.0909	0.0292	-0.074	0.0084	0.1117	0.0192	0.0111	0.1304	-0.0069	0.1256	-11.6148	16.616	38.7429
35	1.3463	0.4175	0.8405	0.8627	0.4142	3.6839	0.002	-0.0393	-0.0416	-0.0293	-0.0929	0.1001	0.155	-0.1355	0.0758	0.1449	0.0075	0.0093	0.1501	0.0078	0.1471	-5.493	8.4504	33.0554
36	1.1743	-1.1952	-0.0174	1.3252	0.1247	1.0373	-0.0239	-0.1007	-0.3166	0.1678	-0.0095	0.3107	0.1546	-0.0789	0.0121	0.1909	-0.0268	0.0355	0.1492	0.0065	0.1973	-13.8103	3.3729	54.7159
37	1.2416	-0.3745	-0.1314	1.9907	-0.275	2.3531	0.1271	0.0377	-0.0252	-0.1615	-0.0651	0.2884	-0.2189	-0.4333	-0.0348	0.2099	0.0465	-0.0479	0.2434	-0.0008	0.2585	-15.5817	22.0104	29.3011
38	1.4876	-0.0176	0.0449	2.9689	-1.2151	2.7544	-0.14	0.0545	0.0298	-0.2064	0.0757	0.0261	-0.1233	-0.3209	0.049	0.2841	0.0082	0.0137	0.2958	-0.0451	0.3189	-13.9903	-1.5325	25.0542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 23 )	A	9 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 45 )	A	24 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 78 )	A	46 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 112 )	A	79 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 150 )	A	113 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 151 through 169 )	A	151 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 170 through 212 )	A	170 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 213 through 254 )	A	213 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 255 through 274 )	A	255 - 274
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 275 through 288 )	A	275 - 288
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 45 )	B	3 - 45
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 46 through 80 )	B	46 - 80
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 81 through 102 )	B	81 - 102
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 103 through 196 )	B	103 - 196
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 197 through 212 )	B	197 - 212
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 213 through 254 )	B	213 - 254
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 255 through 274 )	B	255 - 274
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 275 through 288 )	B	275 - 288
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 4 through 45 )	C	4 - 45
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 46 through 79 )	C	46 - 79
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 80 through 150 )	C	80 - 150
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 151 through 169 )	C	151 - 169
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 170 through 196 )	C	170 - 196
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 197 through 212 )	C	197 - 212
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 213 through 254 )	C	213 - 254
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 255 through 274 )	C	255 - 274
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 275 through 288 )	C	275 - 288
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 9 through 23 )	D	9 - 23
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 24 through 45 )	D	24 - 45
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 46 through 78 )	D	46 - 78
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 79 through 112 )	D	79 - 112
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 113 through 150 )	D	113 - 150
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 151 through 169 )	D	151 - 169
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 170 through 196 )	D	170 - 196
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 197 through 212 )	D	197 - 212
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 213 through 254 )	D	213 - 254
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 255 through 274 )	D	255 - 274
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 275 through 288 )	D	275 - 288

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1078分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 1078分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1078分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)