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- PDB-7qt9: Room temperature In-situ SARS-CoV-2 MPRO with bound Z4439011584 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qt9
タイトルRoom temperature In-situ SARS-CoV-2 MPRO with bound Z4439011584
要素Non-structural protein 6
キーワードVIRAL PROTEIN / Protease / Main protease / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Horrell, S. / Gildae, R.J. / Axford, D. / Owen, C.D. / Lukacik, P. / Strain-Damerell, C. / Owen, R.L. / Walsh, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Science and Technology Funding Council 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: xia2.multiplex: a multi-crystal data-analysis pipeline.
著者: Gildea, R.J. / Beilsten-Edmands, J. / Axford, D. / Horrell, S. / Aller, P. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Owen, C.D. / Lukacik, P. / Strain-Damerell, C. / Owen, R.L. / Walsh, M.A. / Winter, G.
履歴
登録2022年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2233
ポリマ－33,6971
非ポリマー5262
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area14290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.199, 54.485, 115.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.092, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 6 / Non-structural protein 8 / Papain-like proteinase


分子量: 33697.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7M2P846
#2: 化合物 ChemComp-UJ1 / N-(5-tert-butyl-1H-pyrazol-3-yl)-N-[(1R)-2-[(2-ethyl-6-methylphenyl)amino]-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]propanamide


分子量: 447.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 11% (v/v) PEG 4K, 5% (v/v) DMSO, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→56.846 Å / Num. obs: 10345 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.183 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.241 / Num. unique obs: 1038 / CC1/2: 0.305 / Rpim(I) all: 0.578 / Rrim(I) all: 1.38 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AEH

7aeh


解像度: 2.43→56.846 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 21.705 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.571 / ESU R Free: 0.248 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 543 5.252 %
Rwork0.1496 9796 -
all0.152 --
obs-10339 97.87 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 45.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.609 Å2-0 Å20.211 Å2
2---0.549 Å2-0 Å2
3---0.998 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→56.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 37 23 2407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.643328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3591.5765206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1615305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3523.033122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg8.494101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.81815386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg0.055151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3551511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.22142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2270.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.270.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1170.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8313.3631220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8263.3621219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9125.0471525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9135.0491526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4833.731227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4823.7321228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.015.4671803
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0095.4681804
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.56339.3712584
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.56239.362584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.4930.381420.268724X-RAY DIFFRACTION97.3316
2.493-2.5620.306310.273721X-RAY DIFFRACTION98.0443
2.562-2.6360.277480.251660X-RAY DIFFRACTION97.5207
2.636-2.7170.298420.237631X-RAY DIFFRACTION96.1429
2.717-2.8060.299320.237647X-RAY DIFFRACTION98.4058
2.806-2.9040.252380.226625X-RAY DIFFRACTION98.6607
2.904-3.0140.276410.196615X-RAY DIFFRACTION99.3939
3.014-3.1370.251320.175556X-RAY DIFFRACTION97.8369
3.137-3.2760.204360.154557X-RAY DIFFRACTION99.1639
3.276-3.4360.119230.148540X-RAY DIFFRACTION98.0836
3.436-3.6220.231250.135511X-RAY DIFFRACTION98.1685
3.622-3.8410.17260.126484X-RAY DIFFRACTION98.646
3.841-4.1060.156260.104457X-RAY DIFFRACTION98.9754
4.106-4.4350.115290.1422X-RAY DIFFRACTION98.0435
4.435-4.8570.157140.095387X-RAY DIFFRACTION97.8049
4.857-5.4290.136150.107362X-RAY DIFFRACTION97.9221
5.429-6.2670.174160.126306X-RAY DIFFRACTION96.1194
6.267-7.6690.133130.131267X-RAY DIFFRACTION97.2222
7.669-10.8210.10790.098205X-RAY DIFFRACTION94.6903
10.821-56.8460.3450.14119X-RAY DIFFRACTION92.5373
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.1659 Å / Origin y: 0.7661 Å / Origin z: 13.0578 Å
111213212223313233
T0.0136 Å20.0164 Å2-0.0104 Å2-0.027 Å2-0.0139 Å2--0.0103 Å2
L2.381 °21.3085 °2-0.4748 °2-2.2119 °2-0.3 °2--1.4999 °2
S0.0048 Å °-0.1186 Å °-0.0003 Å °0.0081 Å °-0.0437 Å °-0.0066 Å °0.0197 Å °0.0182 Å °0.0389 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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