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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qt6 | ||||||
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タイトル | Room temperature In-situ SARS-CoV-2 MPRO with bound Z1367324110 | ||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Protease / Main protease / SARS-CoV-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Horrell, S. / Gildae, R.J. / Axford, D. / Owen, C.D. / Lukacik, P. / Strain-Damerell, C. / Owen, R.L. / Walsh, M.A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022 タイトル: xia2.multiplex: a multi-crystal data-analysis pipeline. 著者: Gildea, R.J. / Beilsten-Edmands, J. / Axford, D. / Horrell, S. / Aller, P. / Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Owen, C.D. / Lukacik, P. / Strain-Damerell, C. / Owen, R.L. / Walsh, M.A. / Winter, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qt6.cif.gz | 223.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qt6.ent.gz | 176.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qt6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qt6_validation.pdf.gz | 699.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qt6_full_validation.pdf.gz | 700.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qt6_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qt6_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qt6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qt5C 7qt7C 7qt8C 7qt9C 7aehS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.5837942 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33697.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-RZJ / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 11% (v/v) PEG 4K, 5% (v/v) DMSO, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→49.31 Å / Num. obs: 16050 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 2.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1586 / CC1/2: 0.331 / Rpim(I) all: 0.755 / Rrim(I) all: 2.551 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7AEH 解像度: 2.11→44.506 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 24.371 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.605 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→44.506 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 12.3917 Å / Origin y: 0.6592 Å / Origin z: 4.8364 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |