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万見
- PDB-7qt3: Antibody FenAb609 - fentanyl complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qt3
タイトルAntibody FenAb609 - fentanyl complex
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody
機能・相同性Chem-7V7
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zeelen, J.P. / Straaten van, M. / Stebbins, C.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: A trypanosome-derived immunotherapeutics platform elicits potent high-affinity antibodies, negating the effects of the synthetic opioid fentanyl.
著者: Triller, G. / Vlachou, E.P. / Hashemi, H. / van Straaten, M. / Zeelen, J.P. / Kelemen, Y. / Baehr, C. / Marker, C.L. / Ruf, S. / Svirina, A. / Chandra, M. / Urban, K. / Gkeka, A. / Kruse, S. ...著者: Triller, G. / Vlachou, E.P. / Hashemi, H. / van Straaten, M. / Zeelen, J.P. / Kelemen, Y. / Baehr, C. / Marker, C.L. / Ruf, S. / Svirina, A. / Chandra, M. / Urban, K. / Gkeka, A. / Kruse, S. / Baumann, A. / Miller, A.K. / Bartel, M. / Pravetoni, M. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N. / Verdi, J.P.
履歴
登録2022年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
C: Antibody heavy chain
D: Antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7636
ポリマ－96,0904
非ポリマー6732
水8,989499
1
A: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3823
ポリマ－48,0452
非ポリマー3361
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19570 Å2
2
C: Antibody heavy chain
D: Antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3823
ポリマ－48,0452
非ポリマー3361
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.273, 111.414, 114.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Antibody heavy chain


分子量: 24326.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody light chain


分子量: 23719.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): FREESTYLE 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-7V7 / N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide / フェンタニル


分子量: 336.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20 % (W/V) PEG6000, 0,1 M NaCitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.19 Å / Num. obs: 109391 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.31
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 10846 / CC1/2: 0.608 / % possible all: 99.71

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QT0

7qt0


解像度: 1.7→45.19 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 5478 5 %
Rwork0.201 103981 -
obs0.2025 109391 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.56 Å2 / Biso mean: 37.2081 Å2 / Biso min: 16.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→45.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6592 0 50 499 7141
Biso mean--30.41 38.13 -
残基数----855
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.720.53251730.51324794
1.72-1.740.48031800.4443419100
1.74-1.760.46241810.42273442100
1.76-1.780.46991790.39533387100
1.78-1.80.38031810.36913441100
1.8-1.830.34931830.32493462100
1.83-1.860.3121800.29423435100
1.86-1.880.27861820.27923451100
1.88-1.910.30721800.25633429100
1.91-1.940.23711810.22993432100
1.94-1.980.26941810.21823463100
1.98-2.010.26571800.22323426100
2.01-2.050.26071830.22913466100
2.05-2.090.27091820.21863456100
2.09-2.140.25391820.21753453100
2.14-2.190.26921810.21083431100
2.19-2.240.22421820.19853465100
2.24-2.30.25041820.2053464100
2.3-2.370.25011820.19783457100
2.37-2.450.24411820.20773452100
2.45-2.540.26541840.20363507100
2.54-2.640.25211820.20313452100
2.64-2.760.24581850.20763504100
2.76-2.90.25071820.20923468100
2.9-3.090.24051860.20323519100
3.09-3.320.20751840.19653492100
3.32-3.660.22451860.18783528100
3.66-4.190.18921860.15893536100
4.19-5.270.14081890.1343571100
5.27-45.190.17871970.16813726100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38-1.1649-2.02650.57850.61386.0605-0.05290.2477-0.0931-0.089-0.02160.2579-0.2823-0.6610.05510.55380.05410.02260.24390.01450.2619-44.719719.5903-6.4797
22.6257-0.22920.64172.8489-0.40471.4518-0.0604-0.12070.10120.27810.06190.1353-0.4125-0.0455-0.03350.61730.05180.03090.2248-0.00890.2094-40.825625.76332.8149
30.9493-0.57720.77851.95830.17743.95430.06270.04020.00440.20410.0921-0.0013-0.1885-0.1362-0.19810.45470.0240.02710.17340.00680.1959-39.475617.3824-1.5017
43.78220.47-0.811.8417-0.44967.02940.0224-0.1516-0.6762-0.9174-0.08740.18450.8451-0.1704-0.03070.1595-0.0182-0.01750.23590.02070.3335-40.7806-11.0463-15.8895
52.0736-0.63090.53223.0038-0.15533.82720.0513-0.0991-0.3319-0.0092-0.0550.3355-0.2159-0.32090.05320.12530.01540.00530.21380.02180.2462-41.8523-3.758-11.4739
62.4883.48910.24165.61032.01963.97590.2448-0.0777-0.3641-0.108-0.13011.1165-0.3489-0.95440.12460.08170.038-0.10850.46970.06570.4801-49.474-2.7615-16.8289
70.2121-1.2858-0.32122.53390.42020.6829-0.1468-0.10680.08750.950.1414-0.3113-0.41310.0703-0.02480.6706-0.0216-0.0940.2771-0.020.2533-27.63978.653712.2042
80.9602-0.51160.97561.8869-1.22554.13490.20230.2417-0.0238-0.4072-0.156-0.05220.09530.1738-0.05440.19040.03830.01020.23320.00720.1718-28.6672-11.8636-18.2484
91.732-0.1337-0.62740.11610.02973.4329-0.01570.18340.11-0.7633-0.00330.08640.0508-0.1906-0.01850.6620.00280.02070.21440.02580.2556-78.9345.3652-0.6066
101.1639-1.00540.10472.5656-0.75034.3784-0.00370.0150.1114-0.55070.0456-0.0961-0.2149-0.0218-0.06260.4879-0.02790.04530.19340.01390.2663-75.16338.01042.9238
111.64160.67540.09084.0597-0.20492.20380.03850.063-0.1556-0.4677-0.1069-0.0036-0.5408-0.1044-0.01280.40370.0892-0.01410.25010.01680.2294-77.9624-18.4205-13.7039
122.3061-0.7001-1.06230.41710.18760.6468-0.26160.2070.0237-0.61490.10690.9866-0.7827-0.65140.05310.53980.1733-0.15090.4322-0.00310.3409-85.6716-17.0203-17.4734
130.3644-0.4189-0.12783.3391.64530.54760.0731-0.09710.03390.01070.0508-0.30570.0410.0585-0.13060.3519-0.01850.05350.25370.00650.254-64.4925-7.688813.3693
140.762-0.67111.15521.6051-1.64534.53820.17610.197-0.0192-0.7188-0.1733-0.0328-0.13220.26920.00010.43930.03630.04410.26950.01150.2288-65.9353-27.4738-17.9462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 82 )A25 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 125 )A83 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 151 )A126 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 208 )A152 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 209 through 219 )A209 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 113 )B1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 114 through 212 )B114 - 212
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 42 )C1 - 42
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 43 through 117 )C43 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 118 through 208 )C118 - 208
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 209 through 219 )C209 - 219
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 113 )D1 - 113
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 114 through 212 )D114 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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