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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7qt0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Antibody FenAb136 - fentanyl complex | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody | ||||||
| Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-FD0 Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.07 Å | ||||||
Authors | Zeelen, J.P. / Straaten van, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
| Funding support | 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2023Title: A trypanosome-derived immunotherapeutics platform elicits potent high-affinity antibodies, negating the effects of the synthetic opioid fentanyl. Authors: Triller, G. / Vlachou, E.P. / Hashemi, H. / van Straaten, M. / Zeelen, J.P. / Kelemen, Y. / Baehr, C. / Marker, C.L. / Ruf, S. / Svirina, A. / Chandra, M. / Urban, K. / Gkeka, A. / Kruse, S. ...Authors: Triller, G. / Vlachou, E.P. / Hashemi, H. / van Straaten, M. / Zeelen, J.P. / Kelemen, Y. / Baehr, C. / Marker, C.L. / Ruf, S. / Svirina, A. / Chandra, M. / Urban, K. / Gkeka, A. / Kruse, S. / Baumann, A. / Miller, A.K. / Bartel, M. / Pravetoni, M. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N. / Verdi, J.P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7qt0.cif.gz | 1012.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7qt0.ent.gz | 843.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7qt0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qt0 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7qt2C ![]() 7qt3C ![]() 7qt4C ![]() 5h2bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24308.229 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 23696.059 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)#3: Chemical | ChemComp-FD0 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 2.0m M (NH4)2SO4, 0.1 M ADA/NaOH, 10 % Ethanol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.07→54.52 Å / Num. obs: 181970 / % possible obs: 97.51 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 35.64 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.0637 / Net I/σ(I): 7.29 |
| Reflection shell | Resolution: 2.07→2.14 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5982 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 17881 / CC1/2: 0.584 / % possible all: 96.49 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5H2B Resolution: 2.07→54.52 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 34.32 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 114.71 Å2 / Biso mean: 45.8176 Å2 / Biso min: 24.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.07→54.52 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
Citation



PDBj


Homo sapiens (human)

