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万見
- PDB-7qst: Crystal structure of homing endonuclease-associated PhoVMA intein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qst
タイトルCrystal structure of homing endonuclease-associated PhoVMA intein (C1A)
要素V-type ATP synthase subunit A
キーワードHYDROLASE / intein / protein splicing / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / endonuclease activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Intein splicing domain / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region ...Intein splicing domain / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / V-type ATP synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Beyer, H.M. / Iwai, H.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland137995, 277335 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0025402, NNF17OC0027550 デンマーク
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Propagation of Homing Endonuclease-Associated Inteins.
著者: Beyer, H.M. / Iwai, H.
履歴
登録2022年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: reflns / struct
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.percent_possible_obs / _struct.title
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type ATP synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9846
ポリマ－42,5831
非ポリマー4015
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.080, 81.870, 67.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

HOH

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要素

#1: タンパク質 V-type ATP synthase subunit A


分子量: 42583.168 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: HA331_07965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A832T7H1
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM HEPES pH 8.0, 5 mM cadmium chloride, 5 mM magnesium chloride, 5 mM nickel (II) chloride, 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→43.54 Å / Num. obs: 16191 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 65.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.714 / Net I/σ(I): 17.28
反射 シェル解像度: 2.49→2.64 Å / Num. unique obs: 2599 / CC1/2: 0.874

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2cw7

2cw7


解像度: 2.49→43.51 Å / SU ML: 0.3837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.4004
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 810 5.01 %
Rwork0.1832 15368 -
obs0.1861 16178 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 5 15 2826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95463850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0559452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3461386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.640.36491340.27252544X-RAY DIFFRACTION99.55
2.64-2.850.32031340.24842543X-RAY DIFFRACTION99.93
2.85-3.130.3121340.23122547X-RAY DIFFRACTION99.81
3.13-3.590.27031360.20412572X-RAY DIFFRACTION99.96
3.59-4.520.23391340.16622559X-RAY DIFFRACTION99.85
4.52-43.510.19991380.1582603X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.90227911629-0.3513915645170.9208702943572.36772969851-0.3907252154313.23928607783-0.01148379075760.3163040166260.1419289684430.00749115124989-0.0496915277304-0.0985067479586-0.173361056211-0.03074737455490.06314047050810.446139793818-0.0311858734603-0.06799124128820.3200888809260.02715929624830.38425393586-18.2160069348-12.637387040421.7654254845
20.672041888770.323235998661-0.02155462516322.75603423296-3.543451159845.87228197828-0.2817734103780.3491836137210.0590384762747-0.6658556086110.142414374725-0.07748105269690.321367002847-0.4579993867890.03915871235480.660150524215-0.0747220667256-0.03319195075360.6514144365360.07541890529560.583903990337-29.6888433108-2.0449777968-2.0213969585
34.38054665498-1.4387893156-0.6062727360083.985359205030.3088496299371.75577112941-0.0643380330013-0.08988897435670.535021054020.3649650078520.1070743164690.0954227846333-0.246442162678-0.43337158781-0.07626530863160.7017703799670.0484602816203-0.1050704254510.6059267197960.01340109160680.458542405117-30.4251756976-4.2292947251126.0237343661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 293 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 294 through 376 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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