PDB-7qss: Crystal structure of homing endonuclease-associated TliVMA intein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qss

タイトル

Crystal structure of homing endonuclease-associated TliVMA intein (C1A)

要素

V-type ATP synthase alpha chain

キーワード

HYDROLASE / intein / protein splicing / endonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

intein-mediated protein splicing / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / endonuclease activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus litoralis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Beyer, H.M. / Iwai, H.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Propagation of Homing Endonuclease-Associated Inteins.
著者: Beyer, H.M. / Iwai, H.

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月6日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: refine / reflns / struct Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_starting_model ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_starting_model / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.percent_possible_obs / _struct.title
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qss.cif.gz	233.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qss.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qss_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qss_full_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示
XML形式データ	7qss_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	7qss_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qstSC 7qsuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (27) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (26) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: V-type ATP synthase alpha chain

ヘテロ分子

49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.800, 96.180, 96.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	V-type ATP synthase alpha chain / V-ATPase subunit A 分子量: 48936.395 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / 遺伝子: atpA, OCC_09254 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H3ZKG9, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM magnesium formate and 15% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→27.96 Å / Num. obs: 65400 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.21 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.569 / Net I/σ(I): 13.32
反射シェル	解像度: 1.56→1.65 Å / Num. unique obs: 10414 / CC_1/2: 0.807

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QST

7qst

解像度: 1.56→27.96 Å / SU ML: 0.1829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8598
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2095	3270	5 %
R_work	0.1812	62124	-
obs	0.1826	65394	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→27.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3450	0	3	433	3886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	3567
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1388	4818
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0722	543
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2003	493

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.58	0.292	139	0.2725	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.58-1.61	0.2863	140	0.2735	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.61-1.63	0.3366	141	0.2593	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.63-1.66	0.2736	141	0.2438	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2722	141	0.241	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2294	141	0.2267	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.72-1.76	0.2689	140	0.2222	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.76-1.8	0.2165	142	0.2022	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.2429	140	0.1977	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.84-1.89	0.2353	143	0.1965	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.89-1.94	0.2204	141	0.2166	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.94-1.99	0.2394	140	0.1979	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.99-2.06	0.2034	142	0.1866	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.06-2.13	0.2252	142	0.183	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.13-2.22	0.2316	141	0.185	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.22-2.32	0.2363	140	0.1901	2662	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.32-2.44	0.2132	143	0.1818	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.59	0.2107	143	0.1824	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.59-2.79	0.2107	143	0.1871	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.79-3.07	0.2273	145	0.1794	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.07-3.52	0.1943	144	0.1628	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.52-4.43	0.1836	145	0.1528	2752	X-RAY DIFFRACTION	98.44
4.43-27.96	0.1662	153	0.1624	2898	X-RAY DIFFRACTION	99.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.226015257728	0.083871165481	-0.124711863927	1.78518724362	-0.963456119693	1.28525859366	0.00903661787855	-0.0270364064328	-0.064318257406	-0.088222102727	-0.0205376997574	0.0991663328417	0.181378265	-0.0172306171537	0.0099643365556	0.193473954868	0.021308179807	-0.00358415753089	0.164663790609	-0.00935571861341	0.207830657433	15.0050227766	-0.619420597794	16.2529691613
2	1.14371530254	-0.385111457707	-1.34081601822	1.01526025714	1.14997382265	3.35660584563	0.0194727068535	-0.195517057382	-0.0061459175593	0.128387657198	-0.11775791138	0.114428135123	-0.0866359408956	-0.0260885427406	0.0956162438466	0.212165713625	-0.0315533958696	-0.000282076812244	0.213223666684	0.0196215306003	0.197019799372	6.0518469002	23.3870768148	35.9350029508
3	1.97144641048	-0.151109547194	-0.788347400271	1.15049743566	0.429614165342	2.23907824415	0.0548472579846	-0.164404479581	0.0115044776452	0.188059888714	-0.000471687609193	-0.0578873997224	-0.0724893471252	0.164340308981	0.0229957202498	0.133103858668	-0.012533108931	-0.00215583468206	0.132046728005	-0.00455195330347	0.127950959056	15.0947851321	21.7374024123	26.4253208223
4	0.376041973918	-0.0872845027167	0.0850941973135	0.554728231889	-0.54065160969	1.6535573632	-0.0221474047204	0.0181508552557	0.0199883601769	-0.0247512272104	-0.0176273635205	-0.0575085057779	-0.0762531740645	0.102447470807	0.0407705392859	0.139835502708	-0.000755138022447	0.00830095031543	0.164507170969	-0.00619617746655	0.182847551822	18.941111605	17.06871874	6.14409200304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 110 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 111 through 220 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 221 through 287 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 288 through 429 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)