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- PDB-7qs0: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qs0
タイトルCrystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM10
要素Tripartite motif-containing protein 10
キーワードLIGASE / E3 / TRIM / TRIM10 / B30.2 domain / SPRY domain / PRYSPRY domain
機能・相同性
機能・相同性情報


host-mediated suppression of symbiont invasion / erythrocyte differentiation / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / innate immune response / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRIM10, RING-HC finger / SPRY domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...TRIM10, RING-HC finger / SPRY domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM10
著者: Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 10
B: Tripartite motif-containing protein 10
C: Tripartite motif-containing protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4277
ポリマ－60,1793
非ポリマー2484
水1,36976
1
A: Tripartite motif-containing protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2464
ポリマ－20,0601
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tripartite motif-containing protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1222
ポリマ－20,0601
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tripartite motif-containing protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0601
ポリマ－20,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.991, 65.991, 103.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA306 - 4803 - 177
21BB306 - 4803 - 177
12AA306 - 4803 - 177
22CC306 - 4803 - 177
13BB306 - 4813 - 178
23CC306 - 4813 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 10 / B30-RING finger protein / RING finger protein 9


分子量: 20059.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM10, RFB30, RNF9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9UDY6
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→38.32 Å / Num. obs: 22199 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.3890.3511.821740.9860.1330.401100
8.91-38.329.20.0623850.9970.0220.06697.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6umb

6umb


解像度: 2.3→38.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 20.474 / SU ML: 0.236 / SU R Cruickshank DPI: 0.5129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.513 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1155 5.2 %RANDOM
Rwork0.2038 ---
obs0.2065 21014 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.72 Å2 / Biso mean: 50.251 Å2 / Biso min: 25.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20.65 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----4.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→38.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4214 0 16 76 4306
Biso mean--58.02 48.22 -
残基数----529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134359
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.6475931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1481.5759173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7885529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.27820.04247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76915669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3581542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021117
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A53260.09
12B53260.09
21A51600.11
22C51600.11
31B51730.12
32C51730.12
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 76 -
Rwork0.237 1581 -
all-1657 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90650.3402-0.57832.4412-1.54575.7898-0.01770.2286-0.139-0.2787-0.0524-0.22210.46470.50030.07010.07060.0347-0.00430.0741-0.00140.103748.2903-24.9849-4.401
21.73680.1735-1.47572.3079-0.75424.27840.01070.09790.04820.00680.06690.12440.0017-0.1219-0.07760.00130.0025-0.00060.0202-0.00130.011437.4226-19.77212.5741
33.2025-0.0702-1.59692.96520.42285.1069-0.2803-0.2881-0.13970.24660.15010.10950.46570.16470.13020.14740.02030.02120.05560.02810.032356.794-42.03428.4604
41.8995-0.9976-0.87562.45330.70594.857-0.11740.00870.1793-0.00820.1695-0.13020.00850.3124-0.05210.066-0.0564-0.01160.09230.01890.03661.6847-35.133520.0604
54.17020.5239-0.64213.7503-1.28640.5402-0.21840.5932-0.1083-0.44650.18940.12180.1817-0.24290.02910.4371-0.02920.03470.4297-0.02250.309552.3015-9.431825.13
62.8073-1.1227-0.80133.57250.42443.8679-0.0758-0.29770.1357-0.10330.1075-0.1152-0.0797-0.1573-0.03170.4329-0.06940.00660.1988-0.03350.114161.4503-1.986924.6819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A305 - 344
2X-RAY DIFFRACTION2A345 - 481
3X-RAY DIFFRACTION3B306 - 409
4X-RAY DIFFRACTION4B410 - 481
5X-RAY DIFFRACTION5C306 - 331
6X-RAY DIFFRACTION6C332 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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