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- PDB-7qrc: X-ray structure of Trypanosoma cruzi PEX14 in complex with a PEX5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrc
タイトルX-ray structure of Trypanosoma cruzi PEX14 in complex with a PEX5-PEX14 PPI inhibitor
要素Peroxin-14
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structure-based drug design / Inhibitor / Trypanosomiasis / Complex / PEX5-PEX14 PPI
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / peroxisomal membrane / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ET7 / Peroxisomal membrane protein PEX14
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Napolitano, V. / Popowicz, G.M. / Dawidowski, M. / Dubin, G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Accelerated Early staGe drug dIScovery (AEGIS)675555European Union
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-based design, synthesis and evaluation of a novel family of PEX5-PEX14 interaction inhibitors against Trypanosoma.
著者: Napolitano, V. / Mroz, P. / Marciniak, M. / Kalel, V.C. / Softley, C.A. / Janna Olmos, J.D. / Tippler, B.G. / Schorpp, K. / Rioton, S. / Frohlich, T. / Plettenburg, O. / Hadian, K. / Erdmann, ...著者: Napolitano, V. / Mroz, P. / Marciniak, M. / Kalel, V.C. / Softley, C.A. / Janna Olmos, J.D. / Tippler, B.G. / Schorpp, K. / Rioton, S. / Frohlich, T. / Plettenburg, O. / Hadian, K. / Erdmann, R. / Sattler, M. / Popowicz, G.M. / Dawidowski, M. / Dubin, G.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Peroxin-14
A: Peroxin-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9465
ポリマ－15,0412
非ポリマー9053
水45025
1
B: Peroxin-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0193
ポリマ－7,5211
非ポリマー4992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peroxin-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9272
ポリマ－7,5211
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.538, 25.416, 56.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 59 / Label seq-ID: 3 - 60

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

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要素

#1: タンパク質 Peroxin-14


分子量: 7520.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C3747_80g13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2WKZ5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ET7 / ~{N}-(5-ethyl-6-oxidanylidene-benzo[b][1,4]benzothiazepin-2-yl)-2-(4-fluorophenyl)ethanamide


分子量: 406.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19FN2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.21 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 39% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→42.94 Å / Num. obs: 6430 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / Num. unique obs: 527 / CC1/2: 0.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AON

5aon


解像度: 2.18→42.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 16.857 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2844 313 4.9 %RANDOM
Rwork0.2711 ---
obs0.2717 6111 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.34 Å2 / Biso mean: 39.349 Å2 / Biso min: 20.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.31 Å20 Å20.08 Å2
2---2.39 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→42.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数889 0 64 25 978
Biso mean--31.62 34.31 -
残基数----120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0131003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0781.7341361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5425128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54123.17141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.38615167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.819155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02768
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1668 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.234 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 23 -
Rwork-435 -
obs--94.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.7392-0.7777-3.59599.2249-0.01696.13560.0981-0.11120.22660.187-0.04620.85060.1441-0.6857-0.05190.0135-0.03940.02160.2738-0.00740.1658-6.31112.047411.9435
28.64941.94472.73848.33221.09195.04430.0789-0.1759-0.2210.2392-0.0285-0.7041-0.22680.4057-0.05040.0254-0.0186-0.01620.23890.0110.142613.32750.61412.258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B2 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2A2 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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