PDB-7qqj: Sucrose phosphorylase from Jeotgalibaca ciconiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qqj

タイトル

Sucrose phosphorylase from Jeotgalibaca ciconiae

要素

Sucrose phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / sucrose phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

sucrose phosphorylase / sucrose phosphorylase activity / :
類似検索 - 分子機能

生物種

Jeotgalibaca ciconiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Ubiparip, Z. / Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Desmet, T. / Thunnissen, A.M.W.H.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sucrose phosphorylase from Jeotgalibaca ciconiae
著者: Ubiparip, Z. / Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.M.W.H. / Desmet, T.

履歴

登録	2022年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qqj.cif.gz	387.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qqj.ent.gz	309.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qqj_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qqj_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	7qqj_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	7qqj_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qqiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sucrose phosphorylase

B: Sucrose phosphorylase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sucrose phosphorylase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sucrose phosphorylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.639, 90.828, 96.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.832, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 1 - 474 / Label seq-ID: 1 - 474

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Sucrose phosphorylase / Sucrose glucosyltransferase 分子量: 55955.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Jeotgalibaca ciconiae (バクテリア) 遺伝子: gtfA, EJN90_09285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S9HEG3, sucrose phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein was concentrated to 16 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: ...詳細: Protein was concentrated to 16 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5, 50 mM Na/K phosphate

結晶

マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein was concentrated to 16 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96546 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→48 Å / Num. obs: 54973 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.121 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.94-48	3	0.046	651	0.994	0.046	0.064
2.05-2.11	2.8	0.908	4272	0.336	0.885	1.269

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QQI

7qqi

解像度: 2.05→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 7.37 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2544	2719	4.948 %
R_work	0.1958	52229	-
all	0.199	-	-
obs	-	54948	98.669 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.944 Å²	0 Å²	0.442 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.426 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7846	0	8	329	8183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8061
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.645	10918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.28	1.582	17176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.14	5	945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.423	23.254	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.42	15	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.546	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	7099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.074	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.59	3.064	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.591	3.063	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.68	4.589	4729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.68	4.589	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.251	3.492	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.25	3.492	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.99	5.086	6189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.99	5.086	6190
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.462	36.035	9166
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.45	35.972	9126
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	15550

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10639	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10639	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.301	204	0.301	3848	X-RAY DIFFRACTION	99.3868
2.103-2.161	0.337	216	0.288	3786	X-RAY DIFFRACTION	99.6514
2.161-2.223	0.302	180	0.259	3721	X-RAY DIFFRACTION	99.8209
2.223-2.292	0.315	195	0.243	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.3578
2.292-2.367	0.272	165	0.215	3502	X-RAY DIFFRACTION	99.4036
2.367-2.45	0.264	183	0.214	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.1518
2.45-2.542	0.274	194	0.214	3193	X-RAY DIFFRACTION	99.1511
2.542-2.646	0.279	181	0.204	3047	X-RAY DIFFRACTION	98.4146
2.646-2.764	0.293	146	0.187	2980	X-RAY DIFFRACTION	98.4257
2.764-2.898	0.269	123	0.195	2841	X-RAY DIFFRACTION	98.2759
2.898-3.055	0.231	109	0.176	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.2409
3.055-3.24	0.226	124	0.167	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.4826
3.24-3.464	0.249	113	0.185	2432	X-RAY DIFFRACTION	99.3365
3.464-3.741	0.248	128	0.164	2218	X-RAY DIFFRACTION	98.4887
3.741-4.097	0.196	104	0.152	2021	X-RAY DIFFRACTION	97.1651
4.097-4.58	0.205	93	0.154	1851	X-RAY DIFFRACTION	97.006
4.58-5.286	0.215	100	0.163	1602	X-RAY DIFFRACTION	95.9955
5.286-6.469	0.28	64	0.215	1390	X-RAY DIFFRACTION	97.1925
6.469-9.128	0.277	62	0.216	1045	X-RAY DIFFRACTION	95.5134
9.128-48	0.236	35	0.233	575	X-RAY DIFFRACTION	91.1809

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関連情報:EMDBヘッダ

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