PDB-7qqi: Sucrose phosphorylase from Faecalibaculum rodentium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qqi

タイトル

Sucrose phosphorylase from Faecalibaculum rodentium

要素

Aamy domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / sucrose phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Faecalibaculum rodentium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Ubiparip, Z. / Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Desmet, T. / Thunnissen, A.M.W.H.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sucrose phosphorylase from Faecalibaculum rodentium
著者: Ubiparip, Z. / Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.M.W.H. / Desmet, T.

履歴

登録	2022年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qqi.cif.gz	365 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qqi.ent.gz	287.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qqi_validation.pdf.gz	421.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qqi_full_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示
XML形式データ	7qqi_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	7qqi_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s9vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Aamy domain-containing protein

ヘテロ分子

57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.798, 94.409, 104.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aamy domain-containing protein 分子量: 56898.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Faecalibaculum rodentium (バクテリア) 遺伝子: AALO17_25870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140DYJ4
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: 1 ...詳細: Protein was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: 1 M Na citrate, 0.1 M Tris, pH 7.0, 0.2 M NaCl

結晶

マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM Tris, pH 7.8, 100 mM NaCl. Drops were prepared by mixing protein and reservoir solution at a 1:1 volume ratio. Composition reservoir solution: 1 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.965459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.36→46 Å / Num. obs: 95834 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.45-45.81	4.5	0.026	660	0.999	0.019	0.032
1.36-1.38	5	1.27	4676	0.45	0.933	1.583

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S9V

6s9v

解像度: 1.36→46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 3.355 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	4844	5.059 %
R_work	0.1495	90904	-
all	0.151	-	-
obs	-	95748	99.564 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.567 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.915 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.483 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3918	0	8	448	4374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4064
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	1.644	5513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.586	8563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.556	5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.472	21.847	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.739	15	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.923	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.079	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.372	1.507	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.357	1.506	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.711	2.276	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.714	2.278	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.036	1.794	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.035	1.794	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.46	2.592	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.46	2.592	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.062	18.941	4797
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.805	18.494	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.317	3	7783

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.395	0.303	368	0.282	6652	X-RAY DIFFRACTION	99.8862
1.395-1.434	0.292	340	0.261	6473	X-RAY DIFFRACTION	99.8534
1.434-1.475	0.288	347	0.245	6265	X-RAY DIFFRACTION	99.3688
1.475-1.521	0.218	343	0.207	6062	X-RAY DIFFRACTION	98.3267
1.521-1.57	0.225	307	0.187	5945	X-RAY DIFFRACTION	99.9361
1.57-1.625	0.219	304	0.173	5798	X-RAY DIFFRACTION	99.9672
1.625-1.687	0.203	311	0.149	5569	X-RAY DIFFRACTION	99.915
1.687-1.756	0.219	294	0.145	5377	X-RAY DIFFRACTION	99.9647
1.756-1.834	0.198	259	0.142	5176	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
1.834-1.923	0.168	268	0.135	4916	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
1.923-2.027	0.192	231	0.131	4740	X-RAY DIFFRACTION	99.8193
2.027-2.15	0.171	246	0.123	4439	X-RAY DIFFRACTION	99.3427
2.15-2.298	0.166	198	0.121	4206	X-RAY DIFFRACTION	99.7734
2.298-2.483	0.163	218	0.12	3942	X-RAY DIFFRACTION	99.7841
2.483-2.719	0.172	178	0.135	3594	X-RAY DIFFRACTION	99.3416
2.719-3.04	0.175	177	0.147	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.1693
3.04-3.51	0.174	171	0.147	2883	X-RAY DIFFRACTION	98.899
3.51-4.297	0.137	128	0.12	2476	X-RAY DIFFRACTION	98.9362
4.297-6.072	0.151	98	0.146	1966	X-RAY DIFFRACTION	98.9928
6.072-46	0.211	58	0.175	1140	X-RAY DIFFRACTION	97.3193

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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