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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqe | ||||||
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タイトル | Nuclear factor one X - NFIX in P41212 | ||||||
![]() | Nuclear factor 1 X-type | ||||||
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機能・相同性 | ![]() RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Nuclear factor one X - NFIX in P41212 著者: Lapi, M. / Chaves-Sanjuan, A. / Gourlay, L.J. / Tiberi, M. / Polentarutti, M. / Demitri, N. / Bais, G. / Nardini, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qqdSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19577.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The first GSHM belongs to a Thrombin cleavage stie / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EPE / | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.5→45.97 Å / Num. obs: 3802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 113.17 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.85 Å / 冗長度: 26.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 366 / CC1/2: 0.603 / Rpim(I) all: 0.919 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7QQD 解像度: 3.5→45.59 Å / SU ML: -0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1005 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 121.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→45.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→45.59 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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