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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qqb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the envelope glycoprotein complex of Puumala virus in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing human antibody ADI-42898 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / hantavirus (ハンタウイルス) / neutralizing antibodies (中和抗体) / fusion proteins / bunyavirus (ブニヤウイルス目) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / virion membrane / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Puumala orthohantavirus (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Serris, A. / Rey, F.A. / Guardado-Calvo, P. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023 タイトル: Structural and mechanistic basis of neutralization by a pan-hantavirus protective antibody. 著者: Mittler, E. / Serris, A. / Esterman, E.S. / Florez, C. / Polanco, L.C. / O'Brien, C.M. / Slough, M.M. / Tynell, J. / Groning, R. / Sun, Y. / Abelson, D.M. / Wec, A.Z. / Haslwanter, D. / ...著者: Mittler, E. / Serris, A. / Esterman, E.S. / Florez, C. / Polanco, L.C. / O'Brien, C.M. / Slough, M.M. / Tynell, J. / Groning, R. / Sun, Y. / Abelson, D.M. / Wec, A.Z. / Haslwanter, D. / Keller, M. / Ye, C. / Bakken, R.R. / Jangra, R.K. / Dye, J.M. / Ahlm, C. / Rappazzo, C.G. / Ulrich, R.G. / Zeitlin, L. / Geoghegan, J.C. / Bradfute, S.B. / Sidoli, S. / Forsell, M.N.E. / Strandin, T. / Rey, F.A. / Herbert, A.S. / Walker, L.M. / Chandran, K. / Guardado-Calvo, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qqb.cif.gz | 436.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qqb.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7qqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qqb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6y5fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABHL
#1: タンパク質 | 分子量: 95672.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Puumala orthohantavirus (ウイルス) 細胞株 (発現宿主): S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A0A0B4U5I0, UniProt: A0A6M3W7M6 #2: 抗体 | 分子量: 31558.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 cells 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
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-糖 , 2種, 3分子
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 |
-非ポリマー , 2種, 27分子
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25%(w/v) PEG 1000, 0.1M Hepes 7.5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→39.89 Å / Num. obs: 43057 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 495751 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6Y5F 解像度: 2.6→39 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 209.45 Å2 / Biso mean: 85.6355 Å2 / Biso min: 44.1 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39 Å
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