[日本語] English
万見
- PDB-7qqb: Crystal structure of the envelope glycoprotein complex of Puumala... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qqb
タイトルCrystal structure of the envelope glycoprotein complex of Puumala virus in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing human antibody ADI-42898
要素
  • Envelope polyprotein
  • Single Chain Variable Fragment (scFv) of ADI-42898
キーワードVIRAL PROTEIN / hantavirus / neutralizing antibodies / fusion proteins / bunyavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virion membrane / cell surface / signal transduction ...: / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virion membrane / cell surface / signal transduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Puumala orthohantavirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Serris, A. / Rey, F.A. / Guardado-Calvo, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0011 フランス
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic basis of neutralization by a pan-hantavirus protective antibody.
著者: Mittler, E. / Serris, A. / Esterman, E.S. / Florez, C. / Polanco, L.C. / O'Brien, C.M. / Slough, M.M. / Tynell, J. / Groning, R. / Sun, Y. / Abelson, D.M. / Wec, A.Z. / Haslwanter, D. / ...著者: Mittler, E. / Serris, A. / Esterman, E.S. / Florez, C. / Polanco, L.C. / O'Brien, C.M. / Slough, M.M. / Tynell, J. / Groning, R. / Sun, Y. / Abelson, D.M. / Wec, A.Z. / Haslwanter, D. / Keller, M. / Ye, C. / Bakken, R.R. / Jangra, R.K. / Dye, J.M. / Ahlm, C. / Rappazzo, C.G. / Ulrich, R.G. / Zeitlin, L. / Geoghegan, J.C. / Bradfute, S.B. / Sidoli, S. / Forsell, M.N.E. / Strandin, T. / Rey, F.A. / Herbert, A.S. / Walker, L.M. / Chandran, K. / Guardado-Calvo, P.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope polyprotein
B: Envelope polyprotein
H: Single Chain Variable Fragment (scFv) of ADI-42898
L: Single Chain Variable Fragment (scFv) of ADI-42898
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,4778
ポリマ－254,4634
非ポリマー2,0144
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.876, 109.304, 149.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABHL

#1: タンパク質 Envelope polyprotein / M polyprotein


分子量: 95672.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Puumala orthohantavirus (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A0B4U5I0, UniProt: A0A6M3W7M6
#2: 抗体 Single Chain Variable Fragment (scFv) of ADI-42898


分子量: 31558.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 27分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25%(w/v) PEG 1000, 0.1M Hepes 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.89 Å / Num. obs: 43057 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 495751
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.711.92.9125316844570.5030.8793.0430.9100
9.73-39.899.70.02989579250.9990.010.0357.498.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y5F

6y5f


解像度: 2.6→39 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 --
Rwork0.212 --
obs-43057 100 %
原子変位パラメータBiso max: 209.45 Å2 / Biso mean: 85.6355 Å2 / Biso min: 44.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7674 0 134 26 7834

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る