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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qq7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CYP142 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor at partial occupancy with PEG | ||||||
![]() | Steroid C26-monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP / Cytochrome / P450 / Inhibitor / tuberculosis / cholesterol / monooxygenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Snee, M. / Levy, C. / Kavanagh, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CYP142 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor at partial occupancy with PEG 著者: Kavanagh, M. / Snee, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1016 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1017.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xkrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 44371.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cyp142, cyp142A1, Rv3518c, MTV023.25c / 詳細 (発現宿主): Pet21 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WPL5, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] |
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-非ポリマー , 7種, 473分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EIQ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EIQ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-EIQ / ~{ | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 8% PEG 20000, 8% PEG 550MME, 0.1M sodium acetate pH4.5, 0.2M KBr Temp details: 4C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→55.31 Å / Num. obs: 62174 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 20.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3085 / CC1/2: 0.841 / Rrim(I) all: 0.864 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XKR 解像度: 1.6→50.8 Å / SU ML: 0.1567 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4135 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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