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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qpi | ||||||
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タイトル | Structure of lamprey VDR in complex with 1,25D3 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / VDR / complex / agonist | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrous cycle ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrous cycle / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / progesterone receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / hippocampus development / response to progesterone / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rochel, N. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Advances in Vitamin D Receptor Function and Evolution Based on the 3D Structure of the Lamprey Ligand-Binding Domain. 著者: Sigueiro, R. / Bianchetti, L. / Peluso-Iltis, C. / Chalhoub, S. / Dejaegere, A. / Osz, J. / Rochel, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qpi.cif.gz | 119.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qpi.ent.gz | 91.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qpi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qpi_validation.pdf.gz | 768.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qpi_full_validation.pdf.gz | 774.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qpi_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qpi_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qppC 2hc4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32406.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) 遺伝子: VDR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7ZZY9 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1591.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-VDX / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 3350 25%, Tris 0.1M pH 8.5, magnesium chloride 0.2M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.495→41.29 Å / Num. obs: 9594 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.76 |
反射 シェル | 解像度: 2.495→2.584 Å / Num. unique obs: 855 / CC1/2: 0.694 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HC4 解像度: 2.5→24.76 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.58 Å2 / Biso mean: 36.3013 Å2 / Biso min: 9.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→24.76 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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