PDB-7qph: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_22-31...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qph

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_22-31 K27 acetylated

要素

Histone H3 22-31 K27 acetylated
Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / endochondral bone morphogenesis / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CARM1 Transition State Mimics
著者: Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2022年1月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qph.cif.gz	811.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qph.ent.gz	693.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qph_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qph_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7qph_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	7qph_validation.cif.gz	80 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qph	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qrdC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

E: Histone H3 22-31 K27 acetylated

H: Histone H3 22-31 K27 acetylated

G: Histone H3 22-31 K27 acetylated

F: Histone H3 22-31 K27 acetylated

ヘテロ分子

169 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.343, 99.184, 208.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-553- HOH

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3 22-31 K27 acetylated 分子量: 1044.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-QVR / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol 分子量: 277.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris HCl pH8.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.25 Å / Num. obs: 123546 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.572 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6017 / CC_1/2: 0.546 / R_pim(I) all: 0.742 / R_rim(I) all: 1.744 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc2_4400	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 1.9→48.25 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	6145	4.98 %
R_work	0.1832	117216	-
obs	0.1845	123361	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.95 Å² / B_iso mean: 50.9468 Å² / B_iso min: 22.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11216	0	417	641	12274
B_iso mean	-	-	69.45	47.69	-
残基数	-	-	-	-	1372

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3818	228	0.3439	3808	4036	99
1.92-1.94	0.3483	205	0.3141	3873	4078	100
1.94-1.97	0.3242	181	0.2997	3838	4019	100
1.97-1.99	0.2939	205	0.2804	3852	4057	100
1.99-2.02	0.3298	192	0.2544	3870	4062	100
2.02-2.05	0.2789	220	0.2393	3867	4087	100
2.05-2.08	0.2763	231	0.2279	3841	4072	100
2.08-2.11	0.2529	178	0.2144	3887	4065	100
2.11-2.14	0.2354	188	0.2033	3861	4049	100
2.14-2.17	0.2311	210	0.1969	3884	4094	100
2.17-2.21	0.2446	206	0.205	3878	4084	100
2.21-2.25	0.2369	219	0.1999	3858	4077	100
2.25-2.3	0.2278	207	0.1906	3859	4066	100
2.3-2.34	0.2319	193	0.1969	3910	4103	100
2.34-2.39	0.2492	184	0.1985	3910	4094	100
2.39-2.45	0.2081	208	0.1933	3871	4079	100
2.45-2.51	0.2334	202	0.1875	3927	4129	100
2.51-2.58	0.2252	203	0.182	3895	4098	100
2.58-2.65	0.1891	196	0.1837	3912	4108	100
2.65-2.74	0.2257	206	0.1786	3882	4088	100
2.74-2.84	0.21	200	0.1933	3927	4127	100
2.84-2.95	0.2418	190	0.1998	3920	4110	100
2.95-3.09	0.2422	209	0.2101	3923	4132	100
3.09-3.25	0.2237	208	0.1925	3930	4138	100
3.25-3.45	0.2174	199	0.1834	3959	4158	100
3.45-3.72	0.2137	197	0.1702	3953	4150	100
3.72-4.09	0.1652	227	0.1491	3937	4164	100
4.09-4.68	0.1491	209	0.1336	4008	4217	100
4.68-5.9	0.1801	197	0.1499	4055	4252	100
5.9-48.25	0.1895	247	0.1964	4121	4368	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3053	-1.0018	-0.3651	1.9475	0.3392	2.1885	-0.1072	0.0172	0.3982	0.1137	-0.0031	-0.1256	-0.2047	0.0477	0.1146	0.3394	-0.096	-0.0287	0.2773	0.0049	0.297	55.0794	40.378	134.6211
2	1.2498	0.1173	0.6945	-0.0558	0.1563	1.025	0.1079	0.0087	-0.0729	0.0633	-0.0394	0.0099	0.0702	0.1133	-0.0795	0.2323	-0.0198	0.006	0.2151	0.0036	0.3089	46.2704	12.1056	118.4945
3	1.3975	-0.0255	0.3972	2.9811	1.0738	1.354	0.0217	0.0357	0.0537	0.2178	0.0095	-0.1255	-0.0774	0.1833	-0.0347	0.2938	-0.1089	0.0279	0.3546	0.0154	0.2671	61.5755	20.9606	123.1295
4	0.6065	-0.0253	-0.2839	2.3938	0.3346	1.7008	-0.0113	0.0417	0.0216	-0.0531	-0.024	-0.2532	0.0593	0.252	0.0516	0.2307	-0.0537	0.0052	0.3031	0.0466	0.2917	62.2283	18.985	121.6194
5	2.6058	-1.2013	0.3665	3.5066	0.8079	1.1192	-0.0081	-0.006	-0.256	0.3112	-0.2097	0.2791	0.2532	-0.2732	0.2018	0.3438	-0.1183	0.0789	0.2849	0.0186	0.3035	53.3241	17.4764	115.7373
6	2.1329	-0.4009	-0.0204	0.9494	0.9621	3.5815	0.2527	0.1386	0.2744	-0.1633	-0.048	0.0179	-0.5121	-0.3347	-0.193	0.3604	0.0768	0.0622	0.2526	0.0842	0.3077	19.6579	19.3707	115.0731
7	1.1206	0.8609	0.2986	0.6318	0.0832	0.8502	0.2668	-0.1625	0.089	0.2955	-0.1526	0.0706	-0.1683	-0.0284	-0.1084	0.4621	0.005	0.0546	0.3588	-0.0205	0.2932	32.8471	27.1107	144.6193
8	3.9676	-0.1731	1.2069	0.8956	0.7878	4.2301	0.2365	-0.4247	0.1005	0.0844	-0.0971	0.1202	0.1826	-0.4417	-0.1457	0.3369	0.0025	0.0727	0.3114	0.0049	0.2849	17.2416	21.5373	138.2866
9	1.3488	0.2383	0.969	1.0297	1.5263	3.1344	0.1365	-0.2901	0.004	0.1835	-0.0404	0.0399	0.0842	-0.5132	-0.089	0.3697	-0.0023	0.0479	0.3769	0.0792	0.2867	17.1218	22.1802	140.6859
10	1.508	-0.3359	0.6601	2.0552	-0.1269	4.0551	0.3347	0.0236	0.0765	-0.2313	-0.1066	-0.4047	-0.4865	0.0124	-0.1966	0.3917	-0.0508	0.0708	0.3427	-0.008	0.3855	24.8991	29.5468	142.2261
11	3.4912	0.263	-0.9769	1.7593	-0.5697	2.794	0.1412	0.1179	0.628	0.152	-0.0258	0.0023	-0.7012	-0.1337	-0.1107	0.5473	0.042	0.06	0.3262	0.0195	0.3435	22.5164	41.381	178.0749
12	1.7347	-0.7526	0.3929	0.0366	0.211	0.7456	0.127	0.0091	0.0891	-0.0244	-0.1054	-0.0479	-0.0171	-0.143	-0.0511	0.2906	-0.0302	0.0449	0.2409	0.0097	0.3279	29.801	12.6042	194.3795
13	2.2885	-0.2378	0.1155	2.7177	-0.72	1.5649	0.0334	0.0837	-0.0945	-0.0539	-0.0698	0.1623	-0.1691	-0.2164	0.0161	0.2607	0.0389	0.0749	0.3185	-0.0153	0.2324	14.9673	22.2563	189.4394
14	1.4453	-0.2413	-0.7063	2.1419	-0.442	1.9917	0.0271	0.0518	-0.0672	0.1299	-0.077	0.2369	-0.0763	-0.3395	0.055	0.2494	0.0098	0.0485	0.3126	-0.0663	0.2876	14.1596	20.4658	190.8991
15	4.2483	1.0237	-0.1607	3.7404	-1.0846	2.5779	-0.0391	0.2503	-0.2449	-0.1393	-0.1047	-0.2278	0.0896	-0.002	0.1054	0.3409	0.0276	0.0675	0.2957	-0.0405	0.3282	22.8854	18.4701	196.885
16	1.7908	0.2379	-0.2966	1.4567	-0.5796	2.0346	0.1068	-0.0892	0.2194	0.139	-0.0111	0.0402	-0.2931	0.0811	-0.1004	0.3019	-0.0523	0.0411	0.2655	-0.0454	0.2964	56.9646	18.1045	197.8234
17	1.34	-0.9932	0.5055	0.5224	-0.2741	0.364	0.1487	0.2999	0.0441	-0.1804	-0.1125	-0.0523	-0.0532	-0.0127	-0.0288	0.399	-0.0464	0.0254	0.4799	0.0326	0.3114	44.0939	26.7855	168.1623
18	3.3871	-0.2492	1.0776	1.0319	-0.3788	3.7642	0.1574	0.449	0.071	-0.2011	-0.0445	-0.0519	0.2809	0.2086	-0.1138	0.3268	-0.0187	0.0364	0.2968	0.048	0.2717	59.2922	20.2344	174.4154
19	1.3301	-0.23	0.9675	1.154	-1.5194	2.499	0.0831	0.4372	0.0546	-0.213	-0.1009	0.0089	-0.0176	0.408	0.0149	0.3576	-0.0315	0.0208	0.4063	-0.0317	0.2861	59.4101	20.8898	172.0727
20	2.184	-0.3415	0.1939	1.9918	-0.0572	4.8377	0.1516	0.117	-0.0177	-0.0531	-0.0467	0.3779	-0.1479	-0.2544	-0.1353	0.3074	-0.0086	-0.0452	0.3313	0.0084	0.3379	52.14	28.5366	170.5444
21	2.0169	2.3796	2.3111	6.0469	0.9286	7.2249	-0.171	0.1911	-1.2132	-1.1557	-0.064	0.9315	1.7443	-0.8097	0.1587	0.6035	-0.116	0.032	0.4758	-0.0524	0.655	48.8137	31.03	130.7013
22	2.008	0.1352	0.6624	7.1498	-1.2195	2.0086	0.2479	-1.2273	-0.116	0.9083	0.2696	-0.0059	-0.4411	0.7915	-0.5041	0.5143	0.0531	0.035	0.6445	-0.0259	0.586	27.5996	21.2186	123.5697
23	2.0142	-0.8314	3.2062	2.0013	-1.4464	7.0963	0.2957	-0.0176	-1.4478	0.0144	-0.6277	-0.4189	0.6208	0.6408	0.3092	0.5938	-0.0769	0.121	0.487	-0.0073	0.7006	28.3057	31.6157	181.9287
24	6.1677	-1.6372	-0.5026	6.0409	-0.2846	6.7512	0.4795	1.0368	0.1612	-1.2141	-0.073	0.2439	-0.5691	-0.658	-0.4218	0.5418	0.0158	0.0068	0.4935	0.0629	0.4286	48.9556	20.4892	189.1986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)	A	136 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:336)	A	283 - 336
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 337:365)	A	337 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 366:445)	A	366 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 446:478)	A	446 - 478
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 136:282)	B	136 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 283:336)	B	283 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 337:365)	B	337 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 366:445)	B	366 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 446:478)	B	446 - 478
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 136:282)	C	136 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 283:336)	C	283 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 337:365)	C	337 - 365
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 366:445)	C	366 - 445
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 446:478)	C	446 - 478
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 136:282)	D	136 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 283:336)	D	283 - 336
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 337:365)	D	337 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 366:445)	D	366 - 445
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 446:478)	D	446 - 478
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 24:27)	E	24 - 27
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain F and resid 24:27)	F	24 - 27
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain G and resid 24:27)	G	24 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain H and resid 24:27)	H	24 - 27

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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