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Yorodumi- PDB-7qrd: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_10-25 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qrd | ||||||
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Title | Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_10-25 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of fat cell differentiation / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / estrogen receptor signaling pathway / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / protein localization to chromatin / lysine-acetylated histone binding / response to cAMP / nuclear receptor coactivator activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / methylation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / cell population proliferation / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: CARM1 Transition State Mimics Authors: Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qrd.cif.gz | 836.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qrd.ent.gz | 711.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qrd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7qphC 5ih3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 6 molecules ABCDLM
#1: Protein | Mass: 42783.402 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Carm1, Prmt4 Production host: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (butterflies/moths) References: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase #2: Protein/peptide | Mass: 1588.850 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Histone H3.1 / Source: (synth.) Mus musculus (house mouse) |
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-Non-polymers , 5 types, 585 molecules
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 20 mM Tris-HCl pH 7.5 50 mM NaCl 1 mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→46.1 Å / Num. obs: 105764 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 729 / CC1/2: 0.273 / Rpim(I) all: 1.604 / Rrim(I) all: 3.52 / % possible all: 95.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IH3 Resolution: 2→41.65 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 146.43 Å2 / Biso mean: 50.4733 Å2 / Biso min: 22.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→41.65 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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