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万見
- PDB-7qpb: Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qpb
タイトルCatalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle
要素
  • Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
  • hybrid foldamer-peptide macrocycle
キーワードLIGASE / Hect / E3 ligase catalytic domain / ubiquitin protein ligase / transferase activity / catalytic activity
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / motor learning / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / locomotory exploration behavior / androgen receptor signaling pathway / postsynaptic cytosol ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / motor learning / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / locomotory exploration behavior / androgen receptor signaling pathway / postsynaptic cytosol / protein K48-linked ubiquitination / progesterone receptor signaling pathway / protein autoubiquitination / ovarian follicle development / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / negative regulation of TORC1 signaling / proteasome complex / response to progesterone / positive regulation of protein ubiquitination / response to cocaine / regulation of circadian rhythm / brain development / regulation of synaptic plasticity / response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / rhythmic process / synaptic vesicle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-protein ligase E3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.342 Å
データ登録者Dengler, S. / Howard, R.T. / Morozov, V. / Tsiamantas, C. / Douat, C. / Suga, H. / Huc, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HU 1766/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Display Selection of a Hybrid Foldamer-Peptide Macrocycle.
著者: Dengler, S. / Howard, R.T. / Morozov, V. / Tsiamantas, C. / Huang, W.E. / Liu, Z. / Dobrzanski, C. / Pophristic, V. / Brameyer, S. / Douat, C. / Suga, H. / Huc, I.
履歴
登録2022年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
B: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
C: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
D: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
H: hybrid foldamer-peptide macrocycle
I: hybrid foldamer-peptide macrocycle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1146
ポリマ－56,1146
非ポリマー00
水1,02757
1
C: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
H: hybrid foldamer-peptide macrocycle

A: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, In the absence of the reducing agent, the protein undergoes spontenous oxidation forming a dimer thrhough an intermolecular Cys820-Cys820 disulfide bond. The ...根拠: native gel electrophoresis, In the absence of the reducing agent, the protein undergoes spontenous oxidation forming a dimer thrhough an intermolecular Cys820-Cys820 disulfide bond. The formation of the disulfide bond-mediated dimer in solution can be confirmed by non-reducing native gel electrophoresis.
  • 28.1 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0573
ポリマ－28,0573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1610 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
2
A: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
C: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
H: hybrid foldamer-peptide macrocycle

A: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
C: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
H: hybrid foldamer-peptide macrocycle


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, In the absence of the reducing agent, the protein undergoes spontenous oxidation forming a dimer thrhough an intermolecular Cys820-Cys820 disulfide bond. The ...根拠: native gel electrophoresis, In the absence of the reducing agent, the protein undergoes spontenous oxidation forming a dimer thrhough an intermolecular Cys820-Cys820 disulfide bond. The formation of the disulfide bond-mediated dimer in solution can be confirmed by non-reducing native gel electrophoresis.
  • 56.1 kDa, 6 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1146
ポリマ－56,1146
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5290 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
3
D: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
I: hybrid foldamer-peptide macrocycle

B: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0573
ポリマ－28,0573
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1580 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
4
B: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
D: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
I: hybrid foldamer-peptide macrocycle

B: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
D: Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A
I: hybrid foldamer-peptide macrocycle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1146
ポリマ－56,1146
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5290 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.910, 59.050, 67.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Isoform I of Ubiquitin-protein ligase E3A / E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6- ...E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6-associated protein / Oncogenic protein-associated protein E6-AP / Renal carcinoma antigen NY-REN-54


分子量: 12961.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE3A, E6AP, EPVE6AP, HPVE6A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05086, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド hybrid foldamer-peptide macrocycle


分子量: 2133.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.342→29.53 Å / Num. obs: 24491 / % possible obs: 98.35 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06614 / Rpim(I) all: 0.04175 / Rrim(I) all: 0.07841 / Net I/σ(I): 11.91
反射 シェル解像度: 2.342→2.426 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6111 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 2402 / CC1/2: 0.669 / CC star: 0.895 / Rpim(I) all: 0.3868 / Rrim(I) all: 0.7249 / % possible all: 97.05

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C4Z

1c4z


解像度: 2.342→29.53 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1225 5 %
Rwork0.2149 --
obs0.2173 24488 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.342→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3381 0 306 57 3744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.625123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.807563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003645
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.342-2.440.32741330.28142526X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.550.33481360.27592592X-RAY DIFFRACTION99
2.55-2.680.32951370.27392595X-RAY DIFFRACTION99
2.68-2.850.3631350.26932571X-RAY DIFFRACTION99
2.85-3.070.31451380.25112615X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.380.27641340.23512555X-RAY DIFFRACTION98
3.38-3.860.2671380.20372604X-RAY DIFFRACTION99
3.86-4.860.22441360.18562594X-RAY DIFFRACTION98
4.87-29.530.21991380.18632611X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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