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万見
- PDB-7qp4: Complex of a Gemini-cholesterol analogue with Retinoid-related Or... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qp4
タイトルComplex of a Gemini-cholesterol analogue with Retinoid-related Orphan Receptor gamma
要素
  • HIS-VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE-VAL
  • Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / ROR / inverse agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-ECK / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rochel, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Org Chem Front / 年: 2022
タイトル: Development of novel Gemini-cholesterol analogues for retinoid-related orphan receptors
著者: Gomez-Bouzo, U. / Fall, A. / Osz, J. / Fall, Y. / Rochel, N. / Santalla, H.
履歴
登録2022年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
P: HIS-VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0819
ポリマ－61,9003
非ポリマー1,1826
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.381, 99.381, 129.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 30014.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド HIS-VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE-VAL


分子量: 1870.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ECK / (3~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{S},17~{R})-17-[(6~{R})-2,10-dimethyl-2-oxidanyl-undecan-6-yl]-10,13-dimethyl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol


分子量: 472.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.8M NH4 acetate, 0.1M Hepes pH = 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.979957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.83 Å / Num. obs: 32145 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 8.18
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 3197 / CC1/2: 0.124

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L0L

3l0l


解像度: 2.3→40.83 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 1053 3.3 %random
Rwork0.178 30838 --
obs0.18 31891 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 187.23 Å2 / Biso mean: 67.4463 Å2 / Biso min: 28.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→40.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3836 0 84 194 4114
Biso mean--81.35 67.73 -
残基数----468
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.40.381210.3141363494
2.4-2.530.33091320.29053873100
2.53-2.690.29821340.26163897100
2.69-2.90.27731300.22113848100
2.9-3.190.27761270.20123884100
3.19-3.650.24121360.15563889100
3.65-4.60.1961380.13123881100
4.6-40.830.20981350.16213932100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01785.1292-3.87578.7401-4.46833.92-0.4831-0.0842-1.1287-0.368-0.229-0.37230.65170.46920.8320.54670.01790.07260.4596-0.00280.5231-40.174-17.0467-3.7403
23.66774.8975-0.1768.647-0.62511.3249-0.07520.2318-0.2443-0.20360.0855-0.6784-0.02260.30510.00840.3480.04070.10870.4316-0.00660.3778-26.36495.4094-13.8512
35.08960.98540.71686.4563-1.39365.0734-0.17950.5255-0.0233-0.39330.09370.51420.1326-0.24780.10630.3767-0.0040.10110.4724-0.04380.3841-44.0797-3.8327-13.2869
45.85610.3142-1.68959.1186-4.99658.62730.1172-0.4750.34120.7180.0611-0.1593-0.3503-0.2435-0.17510.4136-0.0842-0.02170.3572-0.05670.3567-28.904211.9891-5.1522
58.5420.34153.45984.0248-1.19049.1775-0.03540.128-0.052-0.03170.07280.45890.2001-0.6636-0.02820.33820.02620.08980.3328-0.05010.3284-47.7422-7.9222-3.6719
62.93090.9256-1.73147.141-4.88723.669-0.15080.67290.4926-0.53080.53440.4257-0.2299-0.882-0.34020.66130.0711-0.06080.6635-0.04490.5749-40.77196.5461-10.0997
75.5159-4.76326.09944.1765-5.26236.7229-0.5314-0.69181.1670.0831-0.1197-0.7652-0.6352-0.58530.6920.4880.0055-0.08270.4849-0.04750.4481-42.926711.9674-47.41
86.8247-3.06421.1247.3554-2.56444.14630.36460.58140.7957-0.6109-0.8883-1.79460.03480.73080.51760.358-0.02470.04290.5210.11310.5991-19.2411-9.7226-42.4609
98.7858-6.00263.22674.9934-4.29165.8813-0.5701-0.73410.60780.88860.4962-0.7843-0.1774-0.13630.01390.4574-0.0358-0.0280.3636-0.0110.396-32.6128-7.589-32.6682
108.2495-2.2313-2.89114.0327-0.6439.0017-0.1461-0.1330.31360.16760.17040.2854-0.2367-0.68690.01530.3314-0.0376-0.09710.3697-0.00580.3839-44.2631-1.7119-38.1672
118.0539-3.4682.36586.655-5.28248.18940.29140.6753-0.1853-1.0098-0.21590.10030.7106-0.0837-0.07220.52510.055-0.02220.338-0.0320.3946-27.5886-15.1699-46.5549
127.7057-0.9106-1.7353.7552-0.84137.8987-0.01060.1232-0.0616-0.0983-0.02780.2350.0976-0.75660.04560.3145-0.0853-0.04680.3633-0.01630.2836-48.49831.7516-47.6705
132.68250.98440.42322.5848-2.34252.8509-0.0623-0.5524-0.06410.22250.160.77071.1522-0.4472-0.0080.7931-0.1176-0.00530.56170.07120.7121-42.7345-3.1963-58.6926
149.8023-3.93336.00255.985-5.17035.383-0.1498-1.6189-1.3724-0.2510.5570.08610.0153-0.7368-0.31420.9607-0.1653-0.00211.10180.17840.9774-41.8601-17.1745-39.2878
157.19217.31374.82129.01622.76596.06840.8452-1.67890.4271.2616-1.50981.79112.6868-1.52120.39161.2197-0.29220.06971.29460.15620.644-43.3084-3.5052-26.8369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 265 through 284 )A265 - 284
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 285 through 337 )A285 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 338 through 368 )A338 - 368
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 369 through 410 )A369 - 410
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 411 through 456 )A411 - 456
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 457 through 497 )A457 - 497
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 264 through 284 )B264 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 285 through 312 )B285 - 312
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 313 through 337 )B313 - 337
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 338 through 368 )B338 - 368
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 369 through 410 )B369 - 410
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 411 through 456 )B411 - 456
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 457 through 470 )B457 - 470
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 471 through 484 )B471 - 484
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'P' and (resid 479 through 493 )P479 - 493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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