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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qp0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of metacaspase from candida glabrata with magnesium | ||||||
![]() | Metacaspase-1 | ||||||
![]() | APOPTOSIS / METACASPASE / PROTEASE / CA2+-DEPENDENT ACTIVATION | ||||||
機能・相同性 | calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Caspase-like domain superfamily / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / apoptotic process / nucleus / cytosol / Metacaspase-1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Conchou, L. / Ballut, L. / Violot, S. / Aghajari, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and molecular determinants of Candida glabrata metacaspase maturation and activation by calcium. 著者: Conchou, L. / Doumeche, B. / Galisson, F. / Violot, S. / Dugelay, C. / Diesis, E. / Page, A. / Bienvenu, A.L. / Picot, S. / Aghajari, N. / Ballut, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qp1C ![]() 4f6oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43844.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6FPX9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.2 M Mg Acetate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→38.38 Å / Num. obs: 87056 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.44 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.8 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 25834 / CC1/2: 0.76 / Rrim(I) all: 0.859 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4F6O 解像度: 1.6→38.38 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.03 Å2 / Biso mean: 27.6477 Å2 / Biso min: 10.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→38.38 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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