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- PDB-7qp1: Crystal structure of metacaspase from candida glabrata with calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qp1
タイトルCrystal structure of metacaspase from candida glabrata with calcium
要素Metacaspase-1
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / METACASPASE / PROTEASE (プロテアーゼ) / CA2+-DEPENDENT ACTIVATION
機能・相同性calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Caspase-like domain superfamily / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / apoptotic process / 細胞核 / 細胞質基質 / Metacaspase-1
機能・相同性情報
生物種[Candida] glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Conchou, L. / Ballut, L. / Violot, S. / Aghajari, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular determinants of Candida glabrata metacaspase maturation and activation by calcium.
著者: Conchou, L. / Doumeche, B. / Galisson, F. / Violot, S. / Dugelay, C. / Diesis, E. / Page, A. / Bienvenu, A.L. / Picot, S. / Aghajari, N. / Ballut, L.
履歴
登録2021年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metacaspase-1
B: Metacaspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8406
ポリマ－87,6892
非ポリマー1514
水1267
1
A: Metacaspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9203
ポリマ－43,8451
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metacaspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9203
ポリマ－43,8451
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.370, 97.370, 54.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 69 through 253 or resid 310 through 392))
21chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLYSLYS(chain A and (resid 69 through 253 or resid 310 through 392))AA69 - 25369 - 253
12LYSLYSMETMET(chain A and (resid 69 through 253 or resid 310 through 392))AA310 - 392310 - 392
21ARGARGMETMETchain BBB69 - 39269 - 392

-
要素

#1: タンパク質 Metacaspase-1 /


分子量: 43844.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] glabrata (菌類) / 遺伝子: MCA1, CAGL0I10945g / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6FPX9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.89 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.6 / 詳細: (NH4)2SO4 0,2 M, 30% (m/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 11590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 10.7 % / Num. unique obs: 2039 / CC1/2: 0.823 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F6O

4f6o


解像度: 3→24.99 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 579 5.01 %
Rwork0.2078 10986 -
obs0.2104 11565 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.53 Å2 / Biso mean: 93.154 Å2 / Biso min: 46.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→24.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4014 0 4 7 4025
Biso mean--73.98 74.18 -
残基数----510
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1506X-RAY DIFFRACTION3.517TORSIONAL
12B1506X-RAY DIFFRACTION3.517TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3-3.30.35161440.304627412885
3.3-3.780.30951450.241327432888
3.78-4.750.2311440.188527502894
4.75-24.990.24171460.185727522898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4393-1.5375-0.18331.71590.60853.3282-0.09470.4213-0.82680.027-0.67070.562.3165-1.56910.5821.4232-0.41150.26291.1947-0.38741.2139-2.362617.0524-7.1638
26.07720.3124-0.51697.34151.46325.1698-0.46230.84650.0225-0.453-0.25071.55-0.0219-0.54620.50860.46730.05530.0990.7502-0.09650.702-3.044442.18543.8944
33.87040.0695-1.85925.04370.22724.5864-0.41560.1472-0.39870.695-0.22831.3970.1645-0.74410.6310.665-0.01910.20380.6941-0.10870.7055-4.912340.031812.3359
41.5235-1.95690.37775.122.08844.6524-0.74030.4532-1.06150.33820.16420.06120.5381-0.76840.54570.5633-0.03230.25570.6321-0.01570.7312-0.125832.27716.8543
51.46052.06591.87682.9562.69712.66071.3103-1.9701-1.07782.38570.8771-0.73161.70470.95830.32181.25760.16240.07751.10460.26251.450821.516530.7548.8824
68.1539-1.361-0.74225.1273-0.78648.3573-0.393-1.0684-0.67090.91130.8179-1.5980.13670.32920.06570.66940.1022-0.05480.79850.08570.811811.552642.85413.3628
71.9232-1.4363-0.32785.3581-0.11283.7189-0.63070.1751-1.1051-0.10460.432-1.13160.8629-0.52940.18930.7761-0.10350.19180.78390.02140.99143.787927.20138.0284
82.2927-1.90181.33774.15142.03324.382-0.08620.1444-0.1548-0.4617-0.3368-0.59620.69820.61820.28970.8387-0.01190.38320.731-0.06611.019510.617527.5445-1.843
94.2661-0.07010.00455.6403-1.31183.7238-0.39890.98640.0459-0.7905-0.19720.73980.488-0.7680.7090.8046-0.12040.07381.0797-0.21410.53410.762736.8836-7.5901
105.4195-2.249-0.5914.0436-1.59263.4640.16850.6595-0.3396-1.3623-0.4515-0.31560.307-0.51480.22271.0913-0.00380.26941.1525-0.23990.8183.690430.9512-10.1206
112.49880.26430.61991.38691.19435.8169-0.9584-0.3068-0.1720.0683-0.13680.43631.7523-0.68781.21771.3015-0.23720.34341.0638-0.02841.354915.90496.4487-10.9672
125.93090.9462-1.92016.03980.57363.7763-0.63910.1479-1.04450.24230.0025-0.10860.64140.24080.54140.62710.02830.13320.5873-0.08150.726735.68916.8777-25.9267
132.84210.1758-3.12513.5428-0.51843.7349-0.19742.08470.1264-1.8090.1542.7620.2162-1.2445-0.98361.03070.0353-0.23281.168-0.18520.873915.74134.0053-26.7904
144.0334-1.39112.05366.16441.16444.02670.15371.56860.9184-0.60270.06160.754-0.1149-0.4888-0.36550.62710.1121-0.06580.84780.00580.842131.338131.4024-31.4481
154.90281.5138-0.64793.37551.32324.0993-0.17210.72-0.07590.0336-0.37271.5050.9907-0.77670.19940.8373-0.09880.08580.7305-0.19990.911421.681516.9182-26.048
162.626-0.8859-1.24552.7092-2.1713.31990.0939-0.61090.49510.5360.09180.7556-0.0017-0.75590.24090.8666-0.03930.30050.8351-0.19350.951919.520223.1647-17.9949
176.18340.03060.57094.08160.71983.9894-0.4269-0.6017-0.57871.5742-0.0830.06030.96340.27180.60771.22110.05890.2790.90760.0830.526831.152618.7355-10.7317
184.9379-2.84110.69353.96780.36283.0423-0.4458-1.152-0.29550.81580.07480.5780.42620.26270.34211.26080.11840.35991.1324-0.12920.845124.939318.6726-7.8875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 69 through 92 )A69 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 130 )A93 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 166 )A131 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 185 )A167 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 186 through 198 )A186 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 199 through 213 )A199 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 214 through 235 )A214 - 235
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 236 through 315 )A236 - 315
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 316 through 356 )A316 - 356
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 357 through 392 )A357 - 392
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 69 through 92 )B69 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 93 through 185 )B93 - 185
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 186 through 198 )B186 - 198
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 199 through 213 )B199 - 213
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 214 through 235 )B214 - 235
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 236 through 314 )B236 - 314
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 315 through 356 )B315 - 356
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 357 through 392 )B357 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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