PDB-7qoz: Crystal structure of NAD-bound glycosomal malate dehydrogenase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qoz

タイトル

Crystal structure of NAD-bound glycosomal malate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Glycosomal enzyme / Trypanosoma cruzi

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Sonani, R.R. / Dubin, G.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of NAD-bound glycosomal malate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi
著者: Sonani, R.R. / Dubin, G.

履歴

登録	2021年12月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qoz.cif.gz	962 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qoz.ent.gz	807.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qoz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qoz_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qoz_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	7qoz_validation.xml.gz	100.9 KB	表示
CIF形式データ	7qoz_validation.cif.gz	142.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

E: Malate dehydrogenase

F: Malate dehydrogenase

G: Malate dehydrogenase

H: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

287 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Malate dehydrogenase

G: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

H: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

F: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.481, 84.802, 113.459
Angle α, β, γ (deg.)	97.600, 100.440, 110.080
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 35137.980 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: C3747_2g261, ECC02_003170 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2XLH9, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Morpheus B3 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.03M of each halide - Sodium floride, Sodium bromide, Sodium Iodide, 0.1M MES-imidazole pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.033184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46.84 Å / Num. obs: 211514 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / R_merge(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 10690

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NRZ

7nrz

解像度: 1.85→46.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 7.448 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	10332	4.9 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.176	201182	91.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.76 Å² / B_iso mean: 40.55 Å² / B_iso min: 19.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.16 Å²	0.27 Å²	-0.35 Å²
2-	-	1.75 Å²	-1.45 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→46.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19102	0	394	1176	20672
B_iso mean	-	-	38.19	43.94	-
残基数	-	-	-	-	2582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	19944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	19874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.646	27218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.477	1.573	45801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.056	5	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.603	21.303	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.171	15	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.9	15	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	22178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.9 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	742	-
R_work	0.271	15196	-
all	-	15938	-
obs	-	-	93.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4721	-0.1	-0.1472	0.1688	-0.0359	0.1393	-0.016	0.1166	-0.0001	0.0327	-0.0068	-0.015	-0.021	0.0112	0.0229	0.2806	-0.0471	0.007	0.2398	0.0103	0.2192	23.7194	-5.5198	20.2311
2	0.582	0.0407	-0.1844	0.1976	-0.0523	0.1133	0.0091	0.0412	0.0961	0.0571	0.0079	0.0672	-0.0133	0.0272	-0.0169	0.3034	-0.0121	0.0138	0.1667	0.004	0.2692	-13.4913	8.3452	35.9886
3	0.6014	0.179	-0.1446	0.1981	0.0098	0.1392	-0.0637	-0.1027	-0.1029	0.0251	-0.0122	-0.0292	-0.019	0.0535	0.0759	0.3052	-0.0021	0.0129	0.2069	0.0397	0.2336	18.9098	-23.2955	49.611
4	0.6312	-0.1352	0.0832	0.0965	-0.0207	0.0661	-0.0435	0.1021	-0.1791	0.0473	-0.0071	0.0515	-0.0433	-0.0138	0.0506	0.253	-0.0376	0.0376	0.2099	-0.0575	0.2841	-18.374	-25.1396	28.5294
5	1.3211	0.0695	0.2206	0.1965	0.0642	0.0797	0.0129	-0.0351	0.1697	0.0317	-0.0082	-0.0465	0.0914	0.0097	-0.0046	0.249	0.0007	-0.0143	0.2503	0.0073	0.2206	10.7043	-51.0118	-7.3821
6	0.6469	0.0022	0.2509	0.2887	-0.0309	0.2181	0.0509	0.0562	-0.0158	-0.0109	-0.0828	0.0352	0.0715	-0.0266	0.0319	0.288	-0.0268	-0.0089	0.2744	-0.0225	0.1535	4.4127	-8.3081	85.3975
7	1.198	0.0034	-0.0307	0.2117	-0.1077	0.1051	0.029	-0.0285	0.5725	-0.0516	-0.0709	0.0022	0.1182	0.0205	0.042	0.2053	-0.0263	0.0109	0.2159	-0.0497	0.477	-31.5596	-31.2876	-14.7352
8	2.1136	-0.3609	0.3732	0.0774	-0.0285	0.1445	0.0183	1.0993	0.8493	0.0543	-0.1882	-0.1375	0.1281	0.1801	0.1699	0.2026	-0.0085	0.0403	0.6245	0.5191	0.4713	-14.8926	-55.188	73.338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 403
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 404
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 401
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 402
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 401
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 401

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)