+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nrz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of malate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi | |||||||||
![]() | Malate dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Glycosomal enzyme / Trypanosoma cruzi | |||||||||
Function / homology | ![]() malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sonani, R.R. / Kurpiewska, K. / Lewinski, K. / Dubin, G. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Distinct sequence and structural feature of trypanosoma malate dehydrogenase. Authors: Sonani, R.R. / Kurpiewska, K. / Lewinski, K. / Dubin, G. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 966.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 810.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 550.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 580.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 93.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 125.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2dfdS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 34106.832 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: CL Brener / Gene: Tc00.1047053506503.69 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 488 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density meas: 53.82 Mg/m3 / Density % sol: 55.09 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM Sodium nitrate, 30 mM Sodium Phosphate 30 mM Ammonium Sulphate, 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→23.319 Å / Num. obs: 91983 / % possible obs: 98.86 % / Redundancy: 11.8 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 15.18 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / Redundancy: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8774 / CC1/2: 0.512 / CC star: 0.823 / % possible all: 95.83 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2DFD Resolution: 2.6→23.319 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.49 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.61 Å2 / Biso mean: 57.4447 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→23.319 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|