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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qoy | ||||||
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タイトル | A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability | ||||||
要素 |
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キーワード | LYASE (リアーゼ) / heterotetramer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrile hydratase / indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / : / transition metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeribacillus pallidus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Van Wyk, J.C. / Cowan, D.A. / Danson, M.J. / Tsekoa, T.L. / Sayed, M.F. / Sewell, B.T. | ||||||
資金援助 | 南アフリカ, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability 著者: Van Wyk, J.C. / Cowan, D.A. / Danson, M.J. / Tsekoa, T.L. / Sayed, M.F. / Sewell, B.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qoy.cif.gz | 207.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qoy.ent.gz | 163.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qoy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qoy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qomC 2dppS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24802.357 Da / 分子数: 1 / 断片: chain A / 変異: S169R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeribacillus pallidus (バクテリア) プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84FS5, nitrile hydratase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26532.098 Da / 分子数: 1 / 断片: chain B / 変異: M43K, T150A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeribacillus pallidus (バクテリア) プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84FS6, nitrile hydratase |
#3: 化合物 | ChemComp-3CO / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG400, 100mM magnesium chloride, 100mM MES (2[N-Morpholino]ethanesulfonic acid), 10-40mg/ml protein, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→75.16 Å / Num. obs: 310298 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 83831 / Χ2: 1.48 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2dpp 解像度: 1.45→75.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.928 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.62 Å2 / Biso mean: 15.001 Å2 / Biso min: 7.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→75.16 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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