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万見
- PDB-7qom: A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus havin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qom
タイトルA mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability
要素
  • Nitrile hydratase
  • Nitrile hydratase subunit beta
キーワードLYASE / heterotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain ...Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / nitrile hydratase / Nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Aeribacillus pallidus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Van Wyk, J.C. / Cowan, D.A. / Danson, M.J. / Tsekoa, T.L. / Sayed, M.F. / Sewell, B.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation in South Africa 英国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability
著者: Van Wyk, J.C. / Cowan, D.A. / Danson, M.J. / Tsekoa, T.L. / Sayed, M.F. / Sewell, B.T.
履歴
登録2022年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrile hydratase
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3824
ポリマ－50,2872
非ポリマー942
水7,692427
1
A: Nitrile hydratase
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子

A: Nitrile hydratase
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7638
ポリマ－100,5754
非ポリマー1894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area22470 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area32880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.180, 106.180, 82.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-417-

HOH

21B-449-

HOH

31B-508-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitrile hydratase


分子量: 23755.188 Da / 分子数: 1 / 断片: chain A / 変異: S169R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeribacillus pallidus (バクテリア)
プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84FS5, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Nitrile hydratase subunit beta / NHase


分子量: 26532.098 Da / 分子数: 1 / 断片: chain B / 変異: M43K, T150A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeribacillus pallidus (バクテリア)
プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84FS6, nitrile hydratase
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG400, 100mM magnesium chloride, 100mM MES (2[N-Morpholino]ethanesulfonic acid), 10-40mg/ml protein, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→44.69 Å / Num. obs: 310298 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 83831 / Χ2: 1.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dpp

2dpp


解像度: 1.45→44.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.928 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1843 4175 5 %RANDOM
Rwork0.1424 ---
obs0.1444 79484 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.62 Å2 / Biso mean: 15.001 Å2 / Biso min: 7.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→44.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3493 0 2 427 3922
Biso mean--14.65 28.63 -
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.9684995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00936300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3825450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52623.222180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8715644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5881531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02771
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.29936272
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 284 -
Rwork0.252 5748 -
all-6032 -
obs--98.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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