PDB-7qnj: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT F254I COMPLEXED WITH FE, NAD+, AND GLYCEROL

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structures of lactaldehyde reductase, FucO, link enzyme activity to hydrogen bond networks and conformational dynamics.
著者: Zavarise, A. / Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qnj.cif.gz	311 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qnj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qnfC 7qniC 7r0pC 7r3dC 7r5tC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

BBB: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

85.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.139, 86.217, 148.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41531.320 Da / 分子数: 2 / 変異: F254I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 75.09mM Sodium acetate trihydrate, pH 4.5, 15%w/v PEG 3350, 225mM NAF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→29.43 Å / Num. obs: 88890 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.73 % / B_iso Wilson estimate: 12.82 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 5.85 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4211 / CC_1/2: 0.847 / R_pim(I) all: 0.303 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 1.66→29.427 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.784 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1833	4492	5.058 %
R_work	0.1543	84312	-
all	0.156	-	-
obs	-	88804	99.821 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.441 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.825 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.947 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.772 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→29.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5702	0	144	610	6456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	6020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.28	1.64	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.37	1.579	13258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.4	5	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.057	22.383	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.778	15	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.386	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	5512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.208	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.888	1.776	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.887	1.775	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.415	2.662	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.415	2.664	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.503	2.023	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.503	2.024	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.409	2.938	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.409	2.939	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.519	23.049	7010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.366	22.511	6852

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.703	0.258	330	0.231	6029	X-RAY DIFFRACTION	98.0571
1.703-1.749	0.226	353	0.214	5972	X-RAY DIFFRACTION	100
1.749-1.8	0.23	312	0.198	5854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.855	0.217	263	0.181	5733	X-RAY DIFFRACTION	99.9833
1.855-1.916	0.202	294	0.176	5509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.916-1.983	0.204	290	0.163	5344	X-RAY DIFFRACTION	99.9468
1.983-2.058	0.188	293	0.157	5154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.058-2.142	0.192	265	0.154	4969	X-RAY DIFFRACTION	99.9809
2.142-2.238	0.167	258	0.143	4794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.238-2.347	0.164	267	0.143	4543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.347-2.474	0.166	199	0.136	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.474-2.624	0.174	233	0.139	4132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.624-2.805	0.192	211	0.145	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.805-3.029	0.171	189	0.143	3639	X-RAY DIFFRACTION	99.9478
3.029-3.318	0.166	177	0.146	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
3.318-3.71	0.176	155	0.149	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.283	0.156	134	0.135	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.283-5.245	0.17	113	0.145	2328	X-RAY DIFFRACTION	99.9181
5.245-7.413	0.208	105	0.185	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
7.413-29.42	0.168	51	0.149	1055	X-RAY DIFFRACTION	97.8761

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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